[發明專利]基于高通量基因組測序的綿羊肉和鴨肉混合肉類成分的定量檢測方法

有效

• 申請號: 201410422528.8
• 申請日: 2014-08-25
• 公開（公告）號: CN105368921B
• 公開（公告）日: 2019-01-29
• 發明（設計）人: 曾鵬;王磊;劉心;程時鋒;黃佳穎
• 申請（專利權）人: 深圳華大基因科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;G16B30/00
• 代理公司: 上海一平知識產權代理有限公司 31266
• 代理人: 馬莉華;崔佳佳

1.一種測定混合肉類中綿羊肉和鴨肉成分的定量檢測方法，其特征在于，包含以下步驟：

(a) 提供一待測樣品；

(b) 從所述樣品中，提取全基因組DNA；

(c) 用上一步驟的全基因組DNA，構建PCR-free文庫；

(d) 對上一步驟的PCR-free文庫進行測序，從而獲得所述待測樣品的全基因組DNA讀序；

(f) 將所述讀序與動物全基因組DNA標準序列進行比對，從而獲得匹配的讀序 ；

(g) 計算與所述動物物種全基因組DNA標準序列相匹配的匹配讀序的堿基數總長占總讀序堿基數長度的百分比，即讀序的比對率；

(h) 基于所述的讀序比對率，根據制作的標準曲線計算所述待測樣品中各動物源性成分的含量；

并且，在步驟(c)中包括以下步驟：

先將所述的全基因組DNA打斷為150-350bp的片段，然后再構建文庫；和

對于所述的經處理的片段化DNA進行純化，從而獲得大小為200-300bp的DNA片段；

其中，在步驟(h)中，通過與標準曲線的比較及通過擬合公式的計算，得出所述待測樣品中動物源性成分的含量；

并且，所述的標準曲線包括，綿羊和鴨的2種不同動物的全基因組DNA的“讀序比對率－質量含量百分比”標準曲線；

并且，所述的綿羊的擬合公式如下式I所示：

Y=1.1809X (I)

式中，Y為綿羊肉的質量百分比，按樣本的總質量計算；

其中，X為混合肉樣本中比對到綿羊染色體基因組的所有讀長的堿基數之和/測序中所有讀長堿基數的總和；

和/或

所述的鴨肉的擬合公式如下式II所示：

Y’=1.345X’ (II)

式中，Y’為鴨肉的質量百分比，按樣本的總質量計算；

其中，X’為混合肉樣本中比對到鴨染色體基因組的所有讀長的堿基數之和/測序中所有讀長堿基數的總和。

2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，在步驟(h)中，所述的標準曲線包括二種或多種不同動物的全基因組DNA的“讀序比對率－質量含量百分比”標準曲線。

3.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述的樣品為：生的、熟制的、半熟制的、腌制的、熏制的、冷凍和/或冷藏的肉類和/或水產樣品，以及它們的組合。

4.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法還設置陽性對照組。

5.如權利要求1所述的方法，其特征在于，在步驟(c)中包括以下步驟：

先將所述的全基因組DNA打斷為150-250bp的片段，然后再構建文庫；和

對于所述的經處理的片段化DNA進行純化，從而獲得大小為240-250bp的DNA片段。

6.如權利要求1所述的方法，其特征在于，在步驟(d)中，用選自下組的測序儀器進行測序：Ion Proton^TM System，Life Technologies 的proton或PGM, Illumina HiSeq, ABISOLiD, Roche 454。

7.如權利要求6所述的方法，其特征在于，使用Ion Proton^TM System進行測序。