[發明專利]基于亞細胞定位特異性的關鍵蛋白質識別方法

有效

• 申請號: 201410399693.6
• 申請日: 2014-08-14
• 公開（公告）號: CN104156634B
• 公開（公告）日: 2017-02-01
• 發明（設計）人: 王建新;彭小清;李敏;羅軍偉;鐘堅成
• 申請（專利權）人: 中南大學
• 主分類號: G06F19/18
• 分類號: G06F19/18
• 代理公司: 長沙市融智專利事務所43114
• 代理人: 黃美成

1.一種基于蛋白質亞細胞定位特異性的關鍵蛋白質識別方法，其特征在于，包括以下步驟：

步驟1：建立亞細胞定位的蛋白質相互作用子網；

輸入一組蛋白質的亞細胞定位信息和一組蛋白質相互作用數據，其中蛋白質的亞細胞定位信息包括細胞骨架、細胞核、內質網、細胞質、高爾基體、線粒體、核內體、細胞膜、溶酶體、細胞外基質和液泡共11種亞細胞定位信息；首先在蛋白質相互作用數據中去掉重復相互作用和自相互作用的數據；然后依據亞細胞定位信息以及經過上述處理后的蛋白質相互作用數據構建11個蛋白質亞細胞定位相互作用子網；

步驟2：衡量各個蛋白質亞細胞定位相互作用子網的蛋白質關鍵性得分的可信度；

根據各個蛋白質亞細胞定位相互作用子網的規模，給每個蛋白質亞細胞定位相互作用子網的蛋白質關鍵性得分的可信度進行打分，可信度的計算公式如下：

其中，|S_i|為子網S_i中蛋白質的數目，|S_max|為子網S_max中蛋白質的數目，S_max是包含有最多蛋白質的子網；

步驟3：計算所有蛋白質的關鍵性綜合得分：

將細胞內所有蛋白質的關鍵性綜合得分初始化為0；基于蛋白質在蛋白質亞細胞定位相互作用子網的關鍵性得分以及不同蛋白質亞細胞定位相互作用子網的蛋白質關鍵性得分的可信度，按可信度的從高到底依次更新各個子網中的蛋白質的關鍵性綜合得分；

關鍵性綜合得分的更新公式為：

C_Ess(p)=C_Ess(p)C_Ess(p)≥Ess(Si,p)C_Ess(p)+(S_Ess(Si,p)-C_Ess(p))*P(Si)otherwise;]]>

其中，S_Ess(S_i，p)是采用中心性方法在蛋白質亞細胞定位相互作用子網S_i上計算的蛋白質p的關鍵性得分；P(S_i)為子網S_i的蛋白質關鍵性得分的可信度；

步驟4：輸出結果：對細胞內所有蛋白質按關鍵性綜合得分排序并輸出排序結果。

2.根據權利要求1所述的基于蛋白質亞細胞定位特異性的關鍵蛋白質識別方法，其特征在于，不同物種的蛋白質亞細胞定位數據從COMPARTMENTS數據庫中獲得，蛋白質相互作用數據從公共數據庫中獲得，所述的公共數據庫包括DIP和Biogrid數據庫。