[發(fā)明專利]一種結(jié)核分枝桿菌利福平耐藥突變的檢測方法及試劑盒和應用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201410309303.1
• 申請日: 2014-06-30
• 公開（公告）號: CN105219843A
• 公開（公告）日: 2016-01-06
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 張馳宇;樊路娟;姚瑾;藍柯
• 申請（專利權(quán)）人: 中國科學院上海巴斯德研究所
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12Q1/04
• 代理公司: 上海一平知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 31266
• 代理人: 馬莉華;崔佳佳

1.一種用于檢測結(jié)核分枝桿菌利福平耐藥相關(guān)基因的待測突變位點上是否存在突變的檢測試劑盒，其特征在于，所述試劑盒中包括：

正向引物和反向引物，

其中，所述正向引物和反向引物中一個引物為辨別性引物，所述辨別性引物以其3'末端堿基起算第1-8位的任意1個或多個堿基對應待測突變位點，但與野生型或突變型序列相應區(qū)段上堿基序列完全匹配，并且所述的辨別性引物的3'末端核苷戊糖3號C的羥基是ddC；

并且所述正向引物和反向引物中另一引物位于基因突變位點下游或上游且與相應區(qū)段上堿基序列完全匹配；

高保真DNA聚合酶；和

非高保真DNA聚合酶；

其中，所述的正向引物和/或反向引物用于擴增含所述待測突變位點的擴增產(chǎn)物；并且所述的待測突變位點選自下組：

rpoB基因的對應于rpoB蛋白中第516位氨基酸的密碼子序列、第526位氨基酸密碼子序列、第531位氨基酸的密碼子序列、或其組合。

2.如權(quán)利要求1所述的試劑盒，其特征在于，所述的待測突變位點上的堿基序列突變形式選自下組：D516V、H526Y、H526R、S531L、或其組合。

3.如權(quán)利要求1所述的試劑盒，其特征在于，所述的辨別性引物選自下組：

(1)、Fusion-D516V-Blocked-F：5'-TGTAGTCCCGTGCATGAAGGCGCCAGCTGAGCCAATTCATGGA-ddC-3'(SEQIDNO:1)；

(2)、Fusion-526-Blocked-F：5'-TGTAGTCCCGTGCATGAAGGCGCTGTCGGGGTTGACCCA-ddC-3'(SEQIDNO:2)；

(3)、Fusion-S531L-Blocked-F：5'-TGTAGTCCCGTGCATGAAGGCCCCACAAGCGCCGACTGT-ddC-3'(SEQIDNO:3)；

或其組合。

4.如權(quán)利要求1-3所述的檢測試劑盒的用途，用于檢測結(jié)核分枝桿菌利福平耐藥突變。

5.一種用于檢測結(jié)核分枝桿菌利福平耐藥突變的引物組，其特征在于，所述引物組包括：

正向引物和反向引物，

其中，所述正向引物和反向引物中一個引物為辨別性引物，所述辨別性引物以其3'末端堿基起算第1-8位的任意1個或多個堿基對應待測突變位點，但與野生型或突變型序列相應區(qū)段上堿基序列完全匹配，并且所述的辨別性引物的3'末端核苷戊糖3號C的羥基是ddC；

并且所述正向引物和反向引物中另一引物位于基因突變位點下游或上游且與相應區(qū)段上堿基序列完全匹配；

所述的正向引物和/或反向引物用于擴增含所述待測突變位點的擴增產(chǎn)物；并且所述的待測突變位點選自下組：

rpoB基因的對應于rpoB蛋白中第516位氨基酸的密碼子序列、第526位氨基酸密碼子序列、第531位氨基酸的密碼子序列、或其組合。

6.如權(quán)利要求5所述的引物組，其特征在于，所述的引物組包括：

(a)一種或多種選自下組的辨別性引物：

Fusion-D516V-Blocked-F：5'-TGTAGTCCCGTGCATGAAGGCGCCAGCTGAGCCAATTCATGGA-ddC-3'(SEQIDNO:1)；

Fusion-526-Blocked-F：5'-TGTAGTCCCGTGCATGAAGGCGCTGTCGGGGTTGACCCA-ddC-3'(SEQIDNO:2)；

Fusion-S531L-Blocked-F：5'-TGTAGTCCCGTGCATGAAGGCCCCACAAGCGCCGACTGT-ddC-3'(SEQIDNO:3)；

(b)任選的共用引物：

TB-Primer-R：5'-CCGATGTTGGGCCCCTC-3'(SEQIDNO:4)；

(c)任選的通用引物：

Adaptor-TB-F：5'-TGTAGTCCCGTGCATGAAGGC-3'(SEQIDNO:5)。