[發明專利]一種梨果實果汁含量主效QTL位點的SNP分子標記引物及其應用

有效

• 申請號: 201410277426.1
• 申請日: 2014-06-19
• 公開（公告）號: CN104032024B
• 公開（公告）日: 2017-01-04
• 發明（設計）人: 張紹鈴;吳俊;李雷廷;姚改芳;劉倫;楊雅楠;謝智華
• 申請（專利權）人: 南京農業大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 南京天華專利代理有限責任公司32218
• 代理人: 傅婷婷,徐冬濤

技術領域

本發明屬于分子遺傳育種領域，涉及一種梨果實果汁含量主效QTL位點的SNP分子標記引物及其應用。

背景技術

我國是世界梨屬(Pyrus?L.)植物最主要的起源地之一，遺傳多樣性豐富。梨的栽培種分布廣泛，除了海南省和臺灣省，都有栽培。梨果肉脆嫩多汁，酸甜可口，深受消費者喜愛。梨果汁液的含量不僅影響鮮果的風味，還含有豐富的有利于人體健康的營養成分，例如梨汁性涼并能清熱鎮靜，在夏季具有解渴消暑的作用，梨汁中所含的配糖體及鞣酸等成分，能祛痰止咳，對咽喉有養護作用；梨汁中也含有較多糖類物質和維生素，易被人體吸收，增進食欲，對肝臟具有保護作用；梨汁中的果膠含量很高，有助于消化、通利大便。因此，果汁含量的多少是選育梨新品種時的重要評價指標之一。

由于絕大多數梨品種是自交不親和的，梨的遺傳組成表現高度雜合性；同時，由于多年生果樹的農藝性狀多數表現為數量性狀遺傳特征，有關梨的重要性狀遺傳規律研究相對滯后，也難以開展目標性狀的遺傳改良。近年來，隨著分子標記技術的迅速發展、高密度的分子遺傳圖譜的出現，以及數量性狀作圖方法的不斷完善，使得數量性狀基因座(QTL)定位變成了現實，也為提高目標數量性狀優良基因型選擇的可能性、準確性及預見性奠定了基礎。利用分子標記定位數量性狀QTL，其實質就是分析分子標記與目標性狀QTL之間的連鎖關系，即利用已知座位的分子標記來定位未知座位的QTL，通過計算分子標記與QTL之間的交換率，來確定QTL的具體位置。基于獲得的標記基因型分離與數量性狀表型之間的關系，可直接確定控制數量性狀位點，開發可應用于分子標記輔助選擇育種的技術，這已在許多重要農作物上取得了成功應用。

目前有關梨數量性狀的QTL定位研究仍屬起步階段，已有的研究主要是針對一些病害或生長性狀，對梨果汁含量性狀的QTL定位及檢測QTL位點上的多態性表達果汁含量差異的SNP分子標記的開發應用研究尚未有報道。因此，開展梨果汁含量性狀的QTL定位，基于相應序列信息開發SNP分子標記，并建立雜交后代早期輔助選擇技術體系，對于提高梨果實品質，提高育種效率，節約生產成本顯得尤為重要。

發明內容

本發明的目的是定位梨果實果汁含量主效QTL，根據貢獻位點序列信息開發基于高分辨率溶解曲線鑒定梨果實果汁含量的SNP特異標記Pyd05_008，檢測QTL位點qJuice上的多態性表達果汁含量的差異。通過該分子標記可以預測梨果汁含量的高低，為實現果汁含量性狀的早期鑒定和篩選提供分子輔助選擇技術支持。

本發明的目的可通過如下技術方案實現：

一種與梨果實果汁含量主效QTL位點緊密連鎖的SNP標記引物，其中：

正向引物JUICE‐F：5’‐ACACGCTGAATAGTTGGACTT‐3’(SEQ?ID?NO.1)，

反向引物JUICE‐R：5’‐GGTACGACTGAGAAGCTTTAAGT‐3’(SEQ?ID?NO.2)。

本發明所述的SNP標記引物對在梨分子育種中的應用，利用所述的引物對基于高分辨率溶解曲線鑒定檢測登錄號為AJSU00000000的梨基因組序列scaffold171.0的第123191個堿基處是否存在一個與梨果實果汁含量相關的QTL位點qJuice，同時檢測QTL位點qJuice上的多態性表達果實果汁含量的差異，預測梨果實果汁含量的高低，以實現梨果實果汁含量性狀的早期鑒定和篩選。

其中，所述的梨果實果汁含量多是指每100g果肉榨取的果汁重量比值大于或等于40％，梨果實果汁含量少是指每100g果肉榨取的果汁重量比值小于20％。

本發明所述的SNP標記引物對在檢測梨果實果汁含量主效QTL位點qJuice及其SNP多態性中的應用。

本發明所述的引物用于檢測梨果實果汁含量主效QTL位點的SNP標記方法：利用權利要求1所述的SNP標記引物對梨基因組DNA進行HRM反應，如果擴增產物序列大小在215bp，表明存在一個與梨果汁含量相關的QTL位點qJuice；PCR循環結束后進行熔解，最后，在480II的Gene?Scanning軟件中1.5version自動生成擴增產物的熔解曲線，分別以已知梨果汁含量相關的QTL位點qJuice上表達果汁含量多的品種和表達果汁含量少的品種為對照，檢測QTL位點qJuice上的多態性表達果汁含量的差異。如果未知品種得到的擴增產物的熔解曲線與對照的顏色相同、線型相似，則表示在果汁含量主效QTL位點qJuice上的多態性表達的果汁含量和對照相似。