[發明專利]與番茄果實顏色性狀相關的分子標記及應用

有效

• 申請號: 201410273647.1
• 申請日: 2014-06-18
• 公開（公告）號: CN104087576B
• 公開（公告）日: 2017-04-19
• 發明（設計）人: 黃三文;祝光濤;林濤;張俊紅;倫堯堯;杜永臣;王孝宣
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院蔬菜花卉研究所
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/68
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司11002
• 代理人: 王文君

技術領域

本發明涉及基因工程及分子生物學領域，具體地說，涉及與番茄果實顏色性狀相關的分子標記。

背景技術

番茄果實顏色是一個重要的農藝性狀，同時直接影響著消費者的需求。早期經典遺傳試驗證明番茄果實的顏色由果皮和果肉顏色共同決定，番茄果皮的顏色分為黃色和透明兩種，由y基因決定，黃色果皮對無色果皮為顯性，黃色果皮的產生是因為果實在成熟過程中果皮中大量積累黃色的類黃酮類物質，無色果皮中缺少該物質的積累。果肉的顏色主要由紅色和黃色，由r基因控制，不同顏色果皮和果肉的組合會產生不同外觀顏色的果實。栽培番茄的果肉多為紅色，因為果皮顏色的不同出現了紅果和粉果兩種。前人的研究表明，控制果皮顏色的y基因是一個轉錄因子SlMYB12,此基因的表達導致番茄果皮中積累大量類黃酮而為黃色，最終果實呈現為紅色，粉果的果皮中因沒有類黃酮的積累而呈現粉色。但是影響該基因表達的關鍵位點卻一直沒有發現,目前為止，尚未發現與果皮顏色直接相關的分子標記。

在我國番茄的消費以鮮食為主，粉果番茄因其果皮較薄、質地松軟、口感較佳而受到消費者的青睞。現在育種中，對不同果實材料的篩選由于缺少與果皮顏色控制基因相關的分子標記，往往借助成熟期表型鑒定的傳統方法，這種方法具有很強的滯后性，并且耗費大量的人力和物力。開發與果皮顏色相關的分子標記，不僅從苗期就可完成果實顏色的鑒定，同時可以大規模地對不同材料進行篩選，具有重要的應用價值和社會效益。

隨著分子數量遺傳學、分子生物學技術的飛速發展，有關分子遺傳標記和標記輔助選擇的研究廣泛開展，并在植物育種中應用，產生了巨大的影響。InDel(insertion-deletion)插入缺失標記，此類標記的設計是根據在等位基因位點上一定數量的核苷酸插入或缺失而產生的長度多態性變異，根據發生插入或缺失位點的兩側保守序列分別設計引物，進行該區域的PCR擴增，即為InDel標記。SNP(single nucleotide polymorphism)主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性，此類標記因具有廣泛的基因組分布性，同時可進行大規模群體篩選。SNP檢測技術主要包括因芯片技術、Taqman技術、分子信標技術和焦磷酸測序法等，隨著檢測技術的不斷進步，SNP標記得到了更為廣泛的應用。

分子育種，即分子標記輔助選擇育種，是指利用DNA分子標記對育種材料進行選擇，綜合改良作物的重要經濟性狀，是傳統遺傳育種與現代分子生物學有機結合的育種方法。分子育種為農作物育種開辟了一條新的途徑，隨著現代生物技術的發展，分子標記在農作物育種中的作用將日益突出。在番茄育種中，育種專家希望選擇與番茄果實顏色密切相關的DNA標記，以實現早期選種和提高育種準確性的目標，從而加快遺傳育種進程。

發明內容

本發明的目的是提供一套與番茄果實顏色性狀高度相關的分子標記及應用。

為了實現本發明目的，本發明的與番茄果實顏色性狀相關的分子標記，包含2個SNP標記和2個InDel標記：

第1個SNP標記SNP-p位于番茄SlMYB12基因起始密碼子上游第8616bp處，此處堿基為C的為一般為紅果番茄，此處堿基為A的一般為粉果番茄；

第2個SNP標記SNP-s位于番茄SlMYB12基因起始密碼子下游第307bp處，此處堿基為C的為紅果番茄，此處堿基為T的為粉果番茄；

第1個InDel標記InDel-p是位于番茄SlMYB12基因起始密碼子上游約4kb處大小為603bp的DNA序列，該序列缺失的為粉果番茄；所述序列的核苷酸序列如Seq ID No.1所示；

第2個InDel標記InDel-i位于番茄SlMYB12基因起始密碼子下游第248bp處，該位點后具有一個A插入的為粉果番茄。

本發明還提供用于檢測上述分子標記的特異性引物對，其中：

用于檢測標記SNP-p的特異性引物對為：

正向引物F5’-GCCTTCTTCTACACCCTT-3’(Seq ID No.2)

反向引物R5’-ACACCAGTGCTCCTCCTA-3’(Seq ID No.3)。

用于檢測標記SNP-s和標記InDel-i的特異性引物對為：

正向引物F5’-AATAATGGGAAGAACACC-3’(Seq ID No.4)

反向引物R5’-TTCTGGACCTAGACTAAA-3’(Seq ID No.5)。