[發(fā)明專利]一種Indel分子標(biāo)記芯片的利用方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201410268224.0
• 申請(qǐng)日: 2014-06-16
• 公開（公告）號(hào): CN104017880A
• 公開（公告）日: 2014-09-03
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 溫常龍;于拴倉;許勇;王永勤;董從娟
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 北京市農(nóng)林科學(xué)院
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68
• 代理公司: 北京五洲洋和知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11387
• 代理人: 劉春成;榮紅穎

1.一種Indel分子標(biāo)記芯片的利用方法，其特征在于，依次包括如下步驟：

根據(jù)Indel分子標(biāo)記設(shè)計(jì)合成覆蓋全基因組的Indel探針步驟；

合成的Indel探針點(diǎn)樣于基片的點(diǎn)樣步驟：先將合成的Indel探針干粉用去離子水配制成濃度為18-22μM的Indel探針溶液，再將所述探針溶液與點(diǎn)樣緩沖液等體積混合均勻，然后將混合均勻的樣品轉(zhuǎn)移至多孔板上，并將基片置于點(diǎn)樣儀上，按點(diǎn)樣儀的點(diǎn)樣程序?qū)⑺龆嗫装迳系臉悠伏c(diǎn)樣于基片上，從而得到Indel分子標(biāo)記芯片；

所述Indel分子標(biāo)記芯片的固定步驟；

在固定后的所述Indel分子標(biāo)記芯片上進(jìn)行雜交的步驟：首先，根據(jù)點(diǎn)樣模式，在固定后的芯片周圍貼上相應(yīng)的圍欄或反應(yīng)艙，在所述圍欄或反應(yīng)艙內(nèi)加入預(yù)雜交液，38-42℃放置15-20min后去除預(yù)雜交液；然后，將包含Indel分子標(biāo)記的模板進(jìn)行98℃10min變性，變性后即刻將裝有所述模板的離心管置于冰水混合物中并于-20℃條件下放置5-10min；之后，向裝有所述模板的離心管中加入雜交緩沖液，混合均勻后加入至已經(jīng)過預(yù)雜交液處理的芯片的圍欄或反應(yīng)艙中，其中所述模板與雜交緩沖液的體積比為1:4-6；最后，將芯片置于濕盒，在40℃～60℃烘箱中進(jìn)行雜交，雜交時(shí)間為1～16h；

雜交后的Indel分子標(biāo)記芯片的洗脫與掃描步驟：吸去芯片上的溶液后加入洗液，于38-42℃下放置5-10min，再吸干或離心甩干芯片，進(jìn)行基因芯片熒光掃描。

2.根據(jù)權(quán)利要求1的利用方法，其特征在于，在所述點(diǎn)樣步驟中，在向所述基片點(diǎn)樣之前將多孔板在離心機(jī)上離心以使樣品沉淀到孔的底部。

3.根據(jù)權(quán)利要求1的利用方法，其特征在于，所述基片為氨基基片或醛基基片。

4.根據(jù)權(quán)利要求3的利用方法，其特征在于，在所述固定步驟中，當(dāng)所述基片為氨基基片時(shí)，所述Indel分子標(biāo)記芯片放置于254nm紫外條件下輻照400-800mJ，然后至于烘箱80℃水合30min；或者所述Indel分子標(biāo)記芯片直接置于烘箱80℃水合30-60min；當(dāng)所述基片為醛基基片時(shí)，所述Indel分子標(biāo)記芯片平放于濕盒過夜固定或直接放在點(diǎn)樣儀平臺(tái)上過夜固定。

5.根據(jù)權(quán)利要求1的利用方法，其特征在于，在所述雜交步驟中，所述預(yù)雜交液為上海艮馳生物科技有限公司編號(hào)為GCB02002的預(yù)雜交液A，所述雜交緩沖液為上海艮馳生物科技有限公司編號(hào)為GCB02003的雜交緩沖液B。

6.根據(jù)權(quán)利要求1的利用方法，其特征在于，在所述洗脫與掃描步驟中，所述洗液為上海艮馳生物科技有限公司編號(hào)為GCB02004的洗液C1和編號(hào)為GCB02005的洗液C2。

7.根據(jù)權(quán)利要求1的利用方法，其特征在于，所述Indel探針的堿基序列如序列表SEQ?ID?NO:1和/或SEQ?ID?NO:2所示。

8.權(quán)利要求7所述的利用方法在鑒定和/或篩選黃瓜抗枯萎病和/或靶斑病方面的應(yīng)用。