[發明專利]一種Indel分子標記芯片的利用方法

有效

• 申請號: 201410268224.0
• 申請日: 2014-06-16
• 公開（公告）號: CN104017880A
• 公開（公告）日: 2014-09-03
• 發明（設計）人: 溫常龍;于拴倉;許勇;王永勤;董從娟
• 申請（專利權）人: 北京市農林科學院
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京五洲洋和知識產權代理事務所(普通合伙) 11387
• 代理人: 劉春成;榮紅穎

1.一種Indel分子標記芯片的利用方法，其特征在于，依次包括如下步驟：

根據Indel分子標記設計合成覆蓋全基因組的Indel探針步驟；

合成的Indel探針點樣于基片的點樣步驟：先將合成的Indel探針干粉用去離子水配制成濃度為18-22μM的Indel探針溶液，再將所述探針溶液與點樣緩沖液等體積混合均勻，然后將混合均勻的樣品轉移至多孔板上，并將基片置于點樣儀上，按點樣儀的點樣程序將所述多孔板上的樣品點樣于基片上，從而得到Indel分子標記芯片；

所述Indel分子標記芯片的固定步驟；

在固定后的所述Indel分子標記芯片上進行雜交的步驟：首先，根據點樣模式，在固定后的芯片周圍貼上相應的圍欄或反應艙，在所述圍欄或反應艙內加入預雜交液，38-42℃放置15-20min后去除預雜交液；然后，將包含Indel分子標記的模板進行98℃10min變性，變性后即刻將裝有所述模板的離心管置于冰水混合物中并于-20℃條件下放置5-10min；之后，向裝有所述模板的離心管中加入雜交緩沖液，混合均勻后加入至已經過預雜交液處理的芯片的圍欄或反應艙中，其中所述模板與雜交緩沖液的體積比為1:4-6；最后，將芯片置于濕盒，在40℃～60℃烘箱中進行雜交，雜交時間為1～16h；

雜交后的Indel分子標記芯片的洗脫與掃描步驟：吸去芯片上的溶液后加入洗液，于38-42℃下放置5-10min，再吸干或離心甩干芯片，進行基因芯片熒光掃描。

2.根據權利要求1的利用方法，其特征在于，在所述點樣步驟中，在向所述基片點樣之前將多孔板在離心機上離心以使樣品沉淀到孔的底部。

3.根據權利要求1的利用方法，其特征在于，所述基片為氨基基片或醛基基片。

4.根據權利要求3的利用方法，其特征在于，在所述固定步驟中，當所述基片為氨基基片時，所述Indel分子標記芯片放置于254nm紫外條件下輻照400-800mJ，然后至于烘箱80℃水合30min；或者所述Indel分子標記芯片直接置于烘箱80℃水合30-60min；當所述基片為醛基基片時，所述Indel分子標記芯片平放于濕盒過夜固定或直接放在點樣儀平臺上過夜固定。

5.根據權利要求1的利用方法，其特征在于，在所述雜交步驟中，所述預雜交液為上海艮馳生物科技有限公司編號為GCB02002的預雜交液A，所述雜交緩沖液為上海艮馳生物科技有限公司編號為GCB02003的雜交緩沖液B。

6.根據權利要求1的利用方法，其特征在于，在所述洗脫與掃描步驟中，所述洗液為上海艮馳生物科技有限公司編號為GCB02004的洗液C1和編號為GCB02005的洗液C2。

7.根據權利要求1的利用方法，其特征在于，所述Indel探針的堿基序列如序列表SEQ?ID?NO:1和/或SEQ?ID?NO:2所示。

8.權利要求7所述的利用方法在鑒定和/或篩選黃瓜抗枯萎病和/或靶斑病方面的應用。