[發明專利]一種蕓薹屬異源六倍體的SSR分子標記方法及其引物

有效

• 申請號: 201410258363.5
• 申請日: 2014-06-11
• 公開（公告）號: CN104059971A
• 公開（公告）日: 2014-09-24
• 發明（設計）人: 楊素;周偉軍;耿鑫鑫;李蘭;崔鵬;臧麗麗
• 申請（專利權）人: 浙江大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 杭州天勤知識產權代理有限公司 33224
• 代理人: 胡紅娟

技術領域

本發明涉及植物分子標記技術，具體涉及一種蕓薹屬異源六倍體的SSR分子標記方法及其引物。

背景技術

蕓薹屬(Brassica spp.)是十字花科(Brassicaceae,曾名Cruciferae)植物中最為重要的一個屬。在我國，蕓薹屬作物的種植非常廣泛，包括許多重要的蔬菜、油料、藥用及飼料作物。由禹氏三角(U N.Genomic analysis in Brassica with special reference to the experimental formation of B.napus and peculiar mode of fertilization[J].The Journal of Japanese Botany,1935,7:389-452)可知，三個異源四倍體【甘藍型油菜(B.napus，2n＝38，AACC)、芥菜型油菜(B.juncea，2n＝34，AABB)和埃塞俄比亞芥(B.carinata，2n＝36，BBCC)】分別是來源于三個二倍體種【白菜型油菜(B.rapa，2n＝20，AA)、甘藍(B.oleracea,2n＝18，CC)、黑芥(B.nigra，2n＝16，BB)】的基因組。植物多倍化后由于多個染色體組的累積效應使其表現出許多新的表型，更適合農業生產上的需要。蕓薹屬A、B、C三個基因組被認為是起源于一個古老的六倍體的祖先(Lysak M A,et al.Chromosome triplication found across the tribe Brassiceae[J].Genome Research,2005,15:516–525)。在自然界中，不存在含有A、B和C三個基因組的六倍體蕓薹屬植物(AABBCC)，然而可以通過人工方法合成出包含三個基因組的蕓薹屬新植物。

在近期研究中，Pradhan等人在文獻(Successful induction of trigenomic hexaploid Brassica from a triploid hybrid of B.napus.and B.nigra Koch.Euphytica,2010,176:87–98)及文獻(Synthesis of a Brassica trigenomic allohexaploid(B.carinata×B.rapa)de novo and its stability in subsequent generations.Theor Appl Genet,2010,121:1431–1440)中，通過蕓薹屬不同物種之間的雜交(B.napus ×B.nigra,B.carinata×B.rapa)人工合成了包含A、B、C全部基因組的異源六倍體蕓薹屬新植物。據推測，這些異源六倍體蕓薹屬新植物將能夠適應較強的氣候變化，具有抗熱和抗干旱的能力，耐重金屬或耐鹽堿地上生長緩沖能力可能會比傳統的二倍體或四倍體的親屬物種高得多。

蕓薹屬很多農藝性狀都受多基因控制，其遺傳改良較為復雜。通過分子標記對異源六倍體蕓薹屬新植物進行早期選擇、預測，利用遺傳圖譜，把優良的基因分離出來，對多基因控制的復雜的性狀進行遺傳改良，可以提高目標基因的選擇效率，加速育種進程。常見的分子標記包括AFLP、RAPD、SRAP、SSR，其中SSR(Simple Sequence Repeat，簡單重復序列)標記，又叫微衛星(Microsatellites)標記，具有數量豐富、共顯性、重復性、實驗操作簡單等優點，越來越多的應用在遺傳圖譜的構建、遺傳多樣性分析、指紋圖譜分析中。

迄今為止，雖然蕓薹屬二倍體和四倍體物種的分子標記及遺傳圖譜的構建已有報道，但是異源六倍體蕓薹屬新植物的分子標記及遺傳圖譜的構建尚未見報道。

發明內容

本發明提供了一組用于構建蕓薹屬異源六倍體遺傳圖譜的引物，這些引物能特異性地擴增出蕓薹屬異源六倍體中含有的SSR分子標記，利用這些SSR分子標記能構建出蕓薹屬異源六倍體的遺傳圖譜。

用于構建蕓薹屬異源六倍體遺傳圖譜的引物，包括217對，其堿基序列分別如SEQ ID No.1/2～433/434所示。

與常見的蕓薹屬二倍體和四倍體相比，蕓薹屬異源六倍體中含有更多的同源序列，通過常規方法設計SSR分子標記的擴增引物會產生更多的非特異性條帶，擴增結果不可信。本發明的這組引物是通過如下方法設計并篩選獲得的：