[發明專利]一種利用SNP開發與SNP緊密連鎖的SNP-SSR分子標記的方法

有效

• 申請號: 201410220172.X
• 申請日: 2014-05-22
• 公開（公告）號: CN103966335A
• 公開（公告）日: 2014-08-06
• 發明（設計）人: 鄧志英;田紀春;陳芳;李文靜;陳建省
• 申請（專利權）人: 山東農業大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 濟南金迪知識產權代理有限公司 37219
• 代理人: 朱家富

1.一種利用SNP開發與SNP緊密連鎖的SNP-SSR分子標記的方法，其特征在于，步驟如下：

(1)根據待開發樣品的已知SNP分子標記在遺傳圖譜上的位置確定該標記所在區段對應的已知遺傳物理圖譜的近緣物種的位置，查找獲得SNP標記延伸序列；

(2)將步驟(1)的SNP標記延伸序列在待開發樣品的基因組測序數據庫進行比對，根據相似度≥99％的條件，選取長度范圍為50kb到100kb的序列片段；

(3)以重復序列長度≥20bp，按照二堿基重復型的重復次數不小于10次，三堿基重復型的重復次數不小于7次，四堿基重復型的重復次數不小于5次的標準，對完全型、不完全型、復合型三種SSR進行查找，獲得SSR位點；

(4)根據步驟(3)獲得的SSR位點的側翼區域設計引物，經PCR擴增和測序，選取帶型穩定清晰的，獲得待驗證分子標記；

(5)利用步驟(4)的待驗證分子標記的引物，PCR擴增不同品系的待開發樣品，選取結果具有多樣性的分子標記，制得SNP-SSR分子標記。

2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(1)中的待開發樣品為小麥，所述的已知遺傳物理圖譜的近緣物種為粗山羊草。

3.如權利要求2所述的方法，其特征在于，所述的小麥的已知SNP分子標記在遺傳圖譜上的位置確定該標記所在區段對應的粗山羊草的位置，為登陸數據庫查找SNP標記延伸序列。

4.如權利要求2所述的方法，其特征在于，所述的待開發樣品為小麥D基因組。

5.如權利要求4所述的方法，其特征在于，所述SNP標記延伸序列在待開發樣品的基因組測序數據庫進行比對是指登陸小麥D基因組測序數據庫進行比對。

6.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(3)中的查找，為采用SSRHunter軟件進行查找。

7.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(4)中的設計引物，為采用Primer5.0軟件進行引物設計。

8.如權利要求7所述的方法，其特征在于，所述步驟(4)中設計引物的條件為：

SSR位點的開始和結束位置分別距5′和3′端不少于20bp；引物長度18～25bp；退火溫度Tm值50～65℃，且上游引物和下游引物的Tm值相差不大于5℃；PCR擴增產物長度100～400bp；軟件評分80分以上，引物不能產生二級結構。

9.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(5)中的多樣性為PCR產物帶型清晰且在不同的材料中帶型有差異。