[發明專利]一種海洋環境放線菌群落檢測基因芯片及應用

有效

• 申請號: 201410148433.1
• 申請日: 2014-04-14
• 公開（公告）號: CN103866044A
• 公開（公告）日: 2014-06-18
• 發明（設計）人: 王敬敬;黃志勇;梁亞杰;韓一凡;王興彪;張曉霞
• 申請（專利權）人: 中國科學院天津工業生物技術研究所
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12Q1/04
• 代理公司: 青島海昊知識產權事務所有限公司 37201
• 代理人: 曾慶國

技術領域

本發明屬于分子檢測技術領域，具體涉及一種海洋環境放線菌群落檢測基因芯片及應用，本發明的芯片能識別海洋環境中不同科的放線菌。

背景技術

近岸海域作為各種海洋功能區的集中地帶，是最為脆弱的生態區之一，也是海洋環境質量評價的重要區域。目前海洋環境質量的監測方法大致可以分為兩大類:化學監測和生物監測。前者著重監測海洋環境各介質中污染物的存在形式和濃度。后者主要監測海洋環境中浮游生物、底棲生物、海草、紅樹植物、珊瑚等生物種類組成和數量分布。細菌作為一類多樣性最高的生命形式，在地球化學循環（碳循環，氮循環，硫循環，磷循環和金屬循環等）中承擔著重要的生態功能。細菌復雜的群落結構、功能、相互作用和動態變化對海洋生態功能的維持有著重要意義。因此，增加對海洋環境各個細菌種類組成和數量分布的監測，對建立、健全近岸海域海洋環境質量綜合評價體系來說十分必要。

發明內容

本發明所要解決的技術問題是提供一種檢測海洋環境放線菌群落的基因芯片及應用，即可平行、快速、高通量的檢測海洋環境放線菌群落，使基因芯片技術更好的應用于海洋環境監測，從而彌補現有技術的不足。

本發明的基因芯片，包括有芯片載體，以及固定在芯片載體上的，用于檢測海水中酸微菌科、Iamiaceae菌科、分枝桿菌科、纖維素單胞菌科、間孢囊菌科、微桿菌科、微球菌科、類諾卡氏菌科、丙酸桿菌科和腈基降解菌科的探針;

其中用于檢測酸微菌科微生物的核酸探針，其核苷酸序列為SEQ?ID?NO:1；

用于檢測Iamiaceae菌科微生物的核酸探針，其核苷酸序列為SEQ?ID?NO:4；

用于檢測分枝桿菌科微生物的核酸探針，其核苷酸序列為SEQ?ID?NO:7；

用于檢測纖維素單胞菌科微生物的核酸探針，其核苷酸序列為SEQ?ID?NO:10；

用于檢測間孢囊菌科微生物的核酸探針，其核苷酸序列為SEQ?ID?NO:13；

用于檢測微桿菌科微生物的核酸探針，其核苷酸序列為SEQ?ID?NO:16；

用于檢測微球菌科微生物的核酸探針，其核苷酸序列為SEQ?ID?NO:19；

用于檢測類諾卡氏菌科微生物的核酸探針，其核苷酸序列為SEQ?ID?NO:22；

用于檢測丙酸桿菌科微生物的核酸探針，其核苷酸序列為SEQ?ID?NO:25；

用于檢測腈基降解菌科微生物的核酸探針，其核苷酸序列為SEQ?ID?NO:28；

其中，用于檢測酸微菌科微生物的核酸探針，還可以包括核苷酸序列為SEQID?NO:2-3中的任一種或幾種；

用于檢測Iamiaceae菌科微生物的核酸探針，還可以包括核苷酸序列為SEQ?ID?NO:5-6中的任一種或幾種；

用于檢測分枝桿菌科微生物的核酸探針，還可以包括核苷酸序列為SEQ?ID?NO:8-9中的任一種或幾種；

用于檢測纖維素單胞菌科微生物的核酸探針，還可以包括核苷酸序列為SEQ?ID?NO:11-12中的任一種或幾種；

用于檢測間孢囊菌科微生物的核酸探針，還可以包括核苷酸序列為SEQ?ID?NO:14-15中的任一種或幾種；

用于檢測微桿菌科微生物的核酸探針，還可以包括核苷酸序列為SEQ?ID?NO:17-18中的任一種或幾種；

用于檢測微球菌科微生物的核酸探針，還可以包括核苷酸序列為SEQ?ID?NO:20-21中的任一種或幾種；

用于檢測類諾卡氏菌科微生物的核酸探針，還可以包括核苷酸序列為SEQ?ID?NO:23-24中的任一種或幾種；

用于檢測丙酸桿菌科微生物的核酸探針，還可以包括核苷酸序列為SEQ?ID?NO:26-27中的任一種或幾種；

用于檢測腈基降解菌科微生物的核酸探針，還可以包括核苷酸序列為SEQ?ID?NO:29-30中的任一種或幾種；

在本發明的基因芯片上還固定有雜交陽性對照質控探針、雜交陰性對照質控探針、表面化學質控探針中的任一種或幾種，

其中雜交陽性對照質控探針的核苷酸序列為SEQ?ID?NO:31；

雜交陰性對照質控探針的核苷酸序列為SEQ?ID?NO:32；