[發(fā)明專利]抗腫瘤藥物生物標(biāo)志物的篩選方法及其應(yīng)用有效
| 申請?zhí)枺?/td> | 201410130154.2 | 申請日： | 2014-04-01 |
| 公開（公告）號： | CN104975063B | 公開（公告）日： | 2020-04-03 |
| 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人： | 熊磊 | 申請（專利權(quán)）人： | 埃提斯生物技術(shù)（上海）有限公司 |
| 主分類號： | C12Q1/02 | 分類號： | C12Q1/02;C12Q1/6886;C12N5/09 |
| 代理公司： | 上海一平知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 31266 | 代理人： | 馬莉華;崔佳佳 |
| 地址： | 201114 上海市閔行區(qū)*** | 國省代碼： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 腫瘤 藥物 生物 標(biāo)志 篩選 方法 及其 應(yīng)用 | ||
1.一種篩選抗腫瘤藥物生物標(biāo)志物的方法，其特征在于，包括步驟：
(a)提供腫瘤細(xì)胞作為起始細(xì)胞，其中所述的腫瘤細(xì)胞來自相同對象的相同腫瘤組織；
(b)對所述的起始細(xì)胞進(jìn)行傳代和建系，并對獲得的細(xì)胞系進(jìn)行細(xì)胞特征信息檢測，從而獲得至少5株存在細(xì)胞特征差異、且基因組高度同源的腫瘤細(xì)胞系；
(c)對(b)中獲得的腫瘤細(xì)胞系，進(jìn)行抗腫瘤藥物敏感性測試，并基于對所述抗腫瘤藥物的敏感性對所述腫瘤細(xì)胞系進(jìn)行分型；和
(d)基于分型結(jié)果，對所述腫瘤細(xì)胞系的細(xì)胞特征信息進(jìn)行分析，從而確定與所述抗腫瘤藥物敏感性相關(guān)的差異性標(biāo)志物，所得的差異性標(biāo)志物即所述抗腫瘤藥物生物標(biāo)志物，并且在步驟(b)中，獲得10-500株所述的腫瘤細(xì)胞系，所述細(xì)胞特征信息檢測是基因組信息檢測；和/或所述細(xì)胞特征差異是基因組差異，并且所述的基因組差異包括：單個(gè)或多個(gè)基因的差異、單個(gè)或多個(gè)基因組區(qū)域的差異，所述的細(xì)胞特征差異包括：單個(gè)或多個(gè)基因甲基化水平的差異、單個(gè)或多個(gè)基因組區(qū)域甲基化水平的差異。
2.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述的基因組差異由任意兩株細(xì)胞之間的差異性距離(d)表示。
3.如權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，所述的差異性距離包括選自下組：皮爾遜距離、歐氏距離、曼哈頓距離、切比雪夫距離、閔可夫斯基距離、標(biāo)準(zhǔn)化歐氏距離、馬氏距離、夾角余弦、漢明距離、杰卡德距離、信息熵、或其組合。
4.如權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，當(dāng)差異性距離為皮爾遜距離時(shí)，OPP組中任意兩株細(xì)胞的平均差異性距離d>0,且顯著小于CCLE組內(nèi)任意兩株細(xì)胞的平均距離(P<0.05)。
5.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述的分型包括將所述腫瘤細(xì)胞劃分為選自下組的類型：
(i)敏感型，所述敏感型腫瘤細(xì)胞系的藥物敏感性與對照細(xì)胞相比顯著上升；
(ii)普通型，所述敏感型腫瘤細(xì)胞系的藥物敏感性與對照細(xì)胞相比無顯著差異：
(iii)耐藥型，所述耐藥型腫瘤細(xì)胞系的藥物敏感性與對照細(xì)胞相比顯著下降。
6.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述的腫瘤細(xì)胞包括來自實(shí)體腫瘤或非實(shí)體腫瘤的細(xì)胞。
7.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述建系方法包括以下步驟：
(i)分離腫瘤組織并剪碎平鋪于培養(yǎng)器皿中，并加入培養(yǎng)液培養(yǎng)5-10天，從而獲得粗培養(yǎng)體系；
(ii)去除(i)中的粗培養(yǎng)體系中的成纖維細(xì)胞，獲得所述的腫瘤細(xì)胞并進(jìn)行分離，并分別繼續(xù)培養(yǎng)為不同的細(xì)胞群落，即建系獲得的細(xì)胞系。
8.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述的細(xì)胞特征信息包括：
1)人類基因組DNA或RNA的序列、高級結(jié)構(gòu)、以及修飾；
2)蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)、以及修飾；
3)生物大分子的相互作用信息，包括物理及化學(xué)層面作用；
4)細(xì)胞代謝物相關(guān)信息；
5)生物圖像信息等。
9.如權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，所述的差異性距離d滿足0＜d≤0.9。
10.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述的基因組信息檢測包括：外顯子檢測、基因表達(dá)譜檢測、CNVs檢測、全基因組測序、或其組合。
11.如權(quán)利要求9所述的方法，其特征在于，所述的差異性距離d滿足0＜d≤0.6。
12.如權(quán)利要求11所述的方法，其特征在于，所述的差異性距離d滿足0＜d≤0.3。
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