[發明專利]抗腫瘤藥物生物標志物的篩選方法及其應用

有效

• 申請號: 201410130154.2
• 申請日: 2014-04-01
• 公開（公告）號: CN104975063B
• 公開（公告）日: 2020-04-03
• 發明（設計）人: 熊磊
• 申請（專利權）人: 埃提斯生物技術（上海）有限公司
• 主分類號: C12Q1/02
• 分類號: C12Q1/02;C12Q1/6886;C12N5/09
• 代理公司: 上海一平知識產權代理有限公司 31266
• 代理人: 馬莉華;崔佳佳

本發明公開了一種抗腫瘤藥物生物標志物的篩選方法及其應用。具體地，所述的方法包括步驟：(a)提供腫瘤細胞作為起始細胞，其中所述的腫瘤細胞來自相同對象的相同腫瘤組織；(b)對所述的起始細胞進行傳代和建系，并對獲得的細胞系進行進行基因組信息檢測，從而獲得至少5株存在基因組差異且高度同源的腫瘤細胞系；(c)對(b)中獲得的腫瘤細胞系，進行抗腫瘤藥物敏感性測試，并基于對所述抗腫瘤藥物的敏感性對所述腫瘤細胞系進行分型；和(d)基于分型結果，對所述腫瘤細胞系的基因組信息進行分析，從而確定所述抗腫瘤藥物生物標志物。本發明方法可最大程度的降低不同腫瘤細胞系之間的背景噪音，以助于高效地、準確地篩選出抗腫瘤藥物的生物標志物。

技術領域

本發明涉及腫瘤治療領域。具體地，涉及一種篩選抗腫瘤藥物生物標志物的方法。

背景技術

抗腫瘤藥物的療效主要由其基因組的異常表達決定，因腫瘤基因組的不穩定性及腫瘤間的異質性，抗腫瘤藥物往往僅在某一群病人身上有效。例如靶向BCR-Abl的格列衛在BCR-ABL融合表達的慢性粒細胞白血病病人中五年生存率可達90%以上，靶向EGFR的易瑞沙成功用于EGFR突變的非小細胞肺癌，ALK抑制劑Crizotinib也僅批準用于ALK陽性的病人。在生物標志物如BCR-ABL的融合，EGFR突變,ALK融合的指征下，可以有效地判斷出“有效人群”和“無效人群”，從而提高療效、降低毒副作用。2011年8月美國FDA出臺文件，建議申請新藥臨床研究時，同時提交選擇敏感病人的分子診斷試劑盒，目前正在審批的候選藥物中，25%附有個體化藥物特征的生物標志物。然而，仍有大量的抗腫瘤藥物未尋找到用來有效指征預測其療效的生物標志物。如能在藥物開發早期體外階段篩選出其生物標志物，可以大大降低整個藥物開發的成本，加速藥物的上市及臨床應用。

目前，篩選生物標志物主要有效手段是基于體外病人來源的腫瘤細胞系，如NCI60（The US National Cancer Institute60）細胞系平臺、CMT1000（Center for MolecularTherapeutics）細胞系平臺，CCLE(Cancer Cell Line Encyclopedia)細胞系平臺等，通過關聯藥物反應與細胞基因組差異表達，分析二者相關性來尋找可特異性預測藥物反應的標志物。而在此類研究開展時，面臨的一大問題是對同一種藥物敏感性不同的細胞中，基因組上往往也存在著大量的差異，這些差異中有些可能與藥物反應相關，然而更多的則是與藥物反應不相關的差異，這些差異給相關性分析帶來了無法消除的噪音，使得標志物分析變得困難。此外，現有商用的細胞系很多都是全世界實驗室相互多次交換使用，基本上不記錄代數，代數不明確。而且也有多篇研究報道這些商用細胞系已有大量相互之間交叉污染。

因此，本領域迫切需要開發一種能夠高效、準確甄別藥物反應相關標志物的方法，從而降低抗腫瘤藥物生物標志物分析的難度和成本。

發明內容

本發明提供了一種來自單個病人的腫瘤細胞系集合，其不同細胞系間基因組差異小，大大降低了噪音的影響，提高了甄別出藥物反應相關標志物的效率和能力。

本發明的第一方面，提供了一種篩選抗腫瘤藥物生物標志物的方法，包括步驟：

(a)提供腫瘤細胞作為起始細胞，其中所述的腫瘤細胞是來自相同對象的相同腫瘤組織；

(b)對所述的起始細胞進行傳代和建系，并對獲得的細胞系進行細胞特征信息檢測，從而獲得至少5株存在細胞特征差異且基因組高度同源的腫瘤細胞系；

(c)對(b)中獲得的腫瘤細胞系，進行抗腫瘤藥物敏感性測試，并基于對所述抗腫瘤藥物的敏感性對所述腫瘤細胞系進行分型；和

(d)基于分型結果，對所述腫瘤細胞系的細胞特征信息進行分析，從而確定與所述抗腫瘤藥物敏感性相關的差異性標志物，所得的差異性標志物即所述抗腫瘤藥物生物標志物。

在一個優選例中，所述的細胞特征信息包括：