[發明專利]檢測刺猬紫檀的專用探針、引物、基因芯片和方法

有效

• 申請號: 201410103717.9
• 申請日: 2014-03-20
• 公開（公告）號: CN103834742A
• 公開（公告）日: 2014-06-04
• 發明（設計）人: 李瑤;周佳海;張穎;壽勇明
• 申請（專利權）人: 中國科學院上海有機化學研究所;上海化學工業區醫療中心
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12M1/34;C12N15/11
• 代理公司: 上海弼興律師事務所 31283
• 代理人: 薛琦;沈利

技術領域

本發明屬于生物技術領域，特別涉及檢測刺猬紫檀的專用探針、引物、基因芯片和方法。

背景技術

紅木是一類外表呈紅色的優質硬木的統稱，多產于熱帶亞熱帶地區，歷來就受到世界各地人民的青睞。尤其是在中國的明清兩代，經傳統工藝制成的紅木家具更是創造了中國古典家具的典范。根據我國的國家標準GB18107-2000《紅木》，“紅木”范圍確定為5屬8類、33個主要品種。目前，傳統的鑒定方法依據心材顏色、氣味、管孔弦向直徑、氣干密度、射線等指標將紅木分為八類，鑒定結果只分辨到“類”，很難再深入到“種”的層面進行鑒定。

基因芯片是DNA識別技術的一種體現，利用芯片高通量的優勢，可以在一張芯片上同時對多種紅木的多個DNA條形碼進行檢測，不僅極大地提高了鑒定的準確性，而且還可以區分紅木種與種之間的微小DNA差異，即基因芯片可以在“種”的水平上對不同紅木進行準確鑒定。

發明內容

本發明要解決的技術問題是，針對目前在“種”的水平上對不同紅木進行準確鑒定的缺陷，提供一種檢測刺猬紫檀的專用探針、引物、基因芯片和方法，該方法能夠在“種”的水平上對刺猬紫檀進行準確鑒定。

本發明解決上述技術問題的技術方案如下：

本發明的技術方案之一為：檢測刺猬紫檀（Pterocarpus?erinaceus?Poir.）的專用探針，其是核苷酸序列如序列表中SEQ?ID?NO.12所示的DNA片段，或者是核苷酸序列如序列表中SEQ?ID?NO.12所示序列的反向互補序列的DNA片段。

上述探針檢測刺猬紫檀的靶序列是核苷酸序列如序列表中SEQ?ID?NO.9所示的DNA片段，或者是核苷酸序列如序列表中SEQ?ID?NO.9所示序列的反向互補序列的DNA片段。

本發明的技術方案之二為：檢測刺猬紫檀的基因芯片，其含有所述的專用探針。本發明所述的基因芯片如本領域常規，而其上的檢測探針則是如上所述的專用探針。

本發明的技術方案之三為：檢測刺猬紫檀的裝置，其包括所述的專用探針或者所述的DNA芯片。本發明所述的裝置如本領域常規，其中，優選的，所述的裝置還包括引物對，所述的引物對中，一條引物的核苷酸序列如序列表中的SEQ?ID?NO.10，另一條引物的核苷酸序列如序列表中的SEQ?ID?NO.11所示。其中，優選的，所述的引物上含有熒光標記。

本發明的技術方案之四為：檢測刺猬紫檀的引物，其是核苷酸序列如序列表中SEQ?ID?NO.10或SEQ?ID?NO.11所示的DNA片段。其中，優選的，所述的引物上含有熒光標記。

本發明的技術方案之五為：一種檢測刺猬紫檀的方法，包括以下步驟：

（1）制備待測樣本的總DNA，作為模板，用含檢測標記的引物對進行PCR擴增，獲得PCR產物，所述的引物對中，一條引物的核苷酸序列如序列表中的SEQ?ID?NO.10，另一條引物的核苷酸序列如序列表中的SEQ?ID?NO.11所示；

（2）將專用探針結合于基因芯片的片基上，洗去未結合的探針，獲得檢測刺猬紫檀的基因芯片，所述的專用探針是核苷酸序列如序列表中SEQ?ID?NO.12所示的DNA片段，或者是核苷酸序列如序列表中SEQ?ID?NO.12所示序列的反向互補序列的DNA片段；

（3）在步驟（2）所得的檢測刺猬紫檀的基因芯片中加入步驟（1）所得的PCR產物，進行雜交，洗去未雜交的PCR產物；

（4）檢測步驟（3）所得的雜交后的基因芯片。

其中，步驟（1）所述的制備待測樣本的總DNA的方法是常規的。所述PCR的擴增方法也是常規的，較佳的PCR擴增程序如下：95℃預熱5min；35個循環：95℃30s，55℃30s，72℃30s；最后72℃延伸5min。

其中，步驟（2）所述的將專用探針結合于基因芯片的片基上的方法是常規的。基因芯片的片基是常規的，優選的，所述的片基是醛基片基，所述的探針是氨基化探針。優選的，在步驟（2）所述的基因芯片的另外的加樣孔中加入花梨木管家基因檢測探針，所述的花梨木管家基因檢測探針是常規的，優選的是序列如序列表中SEQ?ID?NO.16所示序列的核苷酸片段。優選的，在步驟（2）所述的基因芯片的另外的加樣孔中還可以加入其它試劑，如作為各種對照的試劑、檢測其他種花梨木的檢測探針等。

其中，步驟（3）所述的雜交是常規的。