[發明專利]一種檢測11種常見感染性腹瀉病原體的基因芯片及其應用

有效

• 申請號: 201410101768.8
• 申請日: 2014-03-18
• 公開（公告）號: CN103911443A
• 公開（公告）日: 2014-07-09
• 發明（設計）人: 孫成銘;欒材富;劉杰;伊茂禮;李少君;吳金英;張守信;段麗君;孫雋;龔磊;張成林
• 申請（專利權）人: 煙臺毓璜頂醫院
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12Q1/04
• 代理公司: 北京輕創知識產權代理有限公司 11212
• 代理人: 王澎

技術領域

本發明涉及一種基因芯片，尤其涉及一種用于區分和檢測11種臨床常見感染性腹瀉致病菌的基因芯片，屬于生物檢測領域。?

背景技術

腹瀉是一種發病率高并流行于世界各地的胃腸道傳染病，其發病率僅次于上呼吸道感染，在我國感染性腹瀉發病率居所有傳染病首位。感染性腹瀉是我國的常見病和多發病，病因比較復雜，可由病毒、細菌和原蟲引起，近年來時有暴發流行，已經成為當前世界上不斷增多的公共衛生問題之一，因此亟需建立多種常見腹瀉致病菌快速高效的診斷方法。?

目前，腹瀉致病菌的傳統檢測方法主要包括以下幾種：（1）糞便常規檢查；（2）病原學檢查；（3）血清學檢查；（4）分子生物學——PCR檢測方法；（5）分子生物學——基因芯片法。其中，基因芯片是通過微加工技術，將數以萬計、乃至百萬計的特定序列的DNA片段（基因探針），有規律地排列固定于硅片、玻片等支持物上，構成的一個二維DNA探針陣列，利用這類芯片與標記的生物樣品進行雜交，可對樣品的基因表達譜生物信息進行快速定性和定量分析?；蛐酒夹g的優點在于：1）高通量并行檢測：當一個樣品同時需要檢測多種病原菌時，一次實驗即可得出全部結果；2）操作簡便快速：整個檢測只需4-8小時基本可以出結果；但同時基因芯片技術也存在重復性差，靈敏度較低等問題。?

16s?rRNA在細菌及其他微生物（真菌中為18s?rRNA）的進化過程中高度保守，被稱之為細菌的“分子化石”，同時其序列保守性又是相對的，在保守區之間又存在著9個高變區，不同細菌的科、屬、種之間存在著不同程度的差異，故16s?rRNA可以作為細菌分類的標志，又可以作為細菌檢測和鑒定的靶分子。而且，隨著微生物研究的不斷發展，16s?rRNA的數量也在不斷的增加，更加完整，采用16s?rRNA分類鑒定微生物也更加可靠。?

16s?rRNA序列對微生物進行分類鑒定存在一定的局限性，16s?rRNA對于親緣關系較?近的細菌可能分辨率不夠，常不能反映關系較近的種間關系。因此，需要采用其他基因進行微生物分類鑒定分析，與16s?rRNA起到相互補充的作用。最近研究發現，蛋白編碼基因gyrB是用于細菌鑒定和分類的又一理想的靶基因。gyrB基因是編碼DNA解旋酶B亞基的基因，該基因進化速率較快，堿基替換頻率較高，能比16s?rRNA基因更好地區分相似種。?

由于出血性大腸桿菌O157:H7和志賀氏菌兩種微生物的16s?rRNA與gyrB基因與普通大腸桿菌的基因序列相似度極高，無法根據這兩種基因序列設計探針。根據文獻調研得知，出血性大腸埃希氏菌O157:H7的wzy基因與志賀氏菌的ipaH基因為兩種微生物所特有的功能基因，可以用來特異性檢測兩種微生物。?

發明內容

本發明針對現有技術的不足，提供一種復合基因芯片，用于同時檢測11種臨床上常見的感染性腹瀉病原體。?

本發明解決上述技術問題的技術方案如下：一組針對十一種感染性腹瀉病原體的基因芯片檢測探針，包括副溶血弧菌探針、創傷弧菌探針、霍亂弧菌探針、溶藻弧菌探針、弗尼斯弧菌探針、志賀氏菌屬探針、大腸桿菌探針、氣單胞菌探針、沙門氏菌探針、彎曲菌探針，以及變形桿菌探針；其中，所述副溶血弧菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：1-10中的任意一種或多種，所述創傷弧菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：11-18中的任意一種或多種，所述霍亂弧菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：19-30中的任意一種或多種，所述溶藻弧菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：31-40中的任意一種或多種，所述弗尼斯弧菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：41-51中的任意一種或多種，所述志賀氏菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：52-64中的任意一種或多種，所述大腸桿菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：65-76中的任意一種或多種，所述氣單胞菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：77-86中的任意一種或多種，所述沙門氏菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：87-96中的任意一種或多種，所述彎曲菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：97-107中的任意一種或多種，所述變形桿菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：108-117中的任意一種或多種。?

本發明第二方面公開了一種檢測十一種感染性腹瀉病原體的基因芯片，所述基因芯片上整合了前述基因芯片檢測探針。?

進一步，所述基因芯片還包括芯片基片。?