[發(fā)明專利]一種檢測11種常見感染性腹瀉病原體的基因芯片及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201410101768.8
• 申請日: 2014-03-18
• 公開（公告）號: CN103911443A
• 公開（公告）日: 2014-07-09
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 孫成銘;欒材富;劉杰;伊茂禮;李少君;吳金英;張守信;段麗君;孫雋;龔磊;張成林
• 申請（專利權(quán)）人: 煙臺毓璜頂醫(yī)院
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12Q1/04
• 代理公司: 北京輕創(chuàng)知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11212
• 代理人: 王澎

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及一種基因芯片，尤其涉及一種用于區(qū)分和檢測11種臨床常見感染性腹瀉致病菌的基因芯片，屬于生物檢測領(lǐng)域。?

背景技術(shù)

腹瀉是一種發(fā)病率高并流行于世界各地的胃腸道傳染病，其發(fā)病率僅次于上呼吸道感染，在我國感染性腹瀉發(fā)病率居所有傳染病首位。感染性腹瀉是我國的常見病和多發(fā)病，病因比較復雜，可由病毒、細菌和原蟲引起，近年來時有暴發(fā)流行，已經(jīng)成為當前世界上不斷增多的公共衛(wèi)生問題之一，因此亟需建立多種常見腹瀉致病菌快速高效的診斷方法。?

目前，腹瀉致病菌的傳統(tǒng)檢測方法主要包括以下幾種：（1）糞便常規(guī)檢查；（2）病原學檢查；（3）血清學檢查；（4）分子生物學——PCR檢測方法；（5）分子生物學——基因芯片法。其中，基因芯片是通過微加工技術(shù)，將數(shù)以萬計、乃至百萬計的特定序列的DNA片段（基因探針），有規(guī)律地排列固定于硅片、玻片等支持物上，構(gòu)成的一個二維DNA探針陣列，利用這類芯片與標記的生物樣品進行雜交，可對樣品的基因表達譜生物信息進行快速定性和定量分析。基因芯片技術(shù)的優(yōu)點在于：1）高通量并行檢測：當一個樣品同時需要檢測多種病原菌時，一次實驗即可得出全部結(jié)果；2）操作簡便快速：整個檢測只需4-8小時基本可以出結(jié)果；但同時基因芯片技術(shù)也存在重復性差，靈敏度較低等問題。?

16s?rRNA在細菌及其他微生物（真菌中為18s?rRNA）的進化過程中高度保守，被稱之為細菌的“分子化石”，同時其序列保守性又是相對的，在保守區(qū)之間又存在著9個高變區(qū)，不同細菌的科、屬、種之間存在著不同程度的差異，故16s?rRNA可以作為細菌分類的標志，又可以作為細菌檢測和鑒定的靶分子。而且，隨著微生物研究的不斷發(fā)展，16s?rRNA的數(shù)量也在不斷的增加，更加完整，采用16s?rRNA分類鑒定微生物也更加可靠。?

16s?rRNA序列對微生物進行分類鑒定存在一定的局限性，16s?rRNA對于親緣關(guān)系較?近的細菌可能分辨率不夠，常不能反映關(guān)系較近的種間關(guān)系。因此，需要采用其他基因進行微生物分類鑒定分析，與16s?rRNA起到相互補充的作用。最近研究發(fā)現(xiàn)，蛋白編碼基因gyrB是用于細菌鑒定和分類的又一理想的靶基因。gyrB基因是編碼DNA解旋酶B亞基的基因，該基因進化速率較快，堿基替換頻率較高，能比16s?rRNA基因更好地區(qū)分相似種。?

由于出血性大腸桿菌O157:H7和志賀氏菌兩種微生物的16s?rRNA與gyrB基因與普通大腸桿菌的基因序列相似度極高，無法根據(jù)這兩種基因序列設(shè)計探針。根據(jù)文獻調(diào)研得知，出血性大腸埃希氏菌O157:H7的wzy基因與志賀氏菌的ipaH基因為兩種微生物所特有的功能基因，可以用來特異性檢測兩種微生物。?

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明針對現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供一種復合基因芯片，用于同時檢測11種臨床上常見的感染性腹瀉病原體。?

本發(fā)明解決上述技術(shù)問題的技術(shù)方案如下：一組針對十一種感染性腹瀉病原體的基因芯片檢測探針，包括副溶血弧菌探針、創(chuàng)傷弧菌探針、霍亂弧菌探針、溶藻弧菌探針、弗尼斯弧菌探針、志賀氏菌屬探針、大腸桿菌探針、氣單胞菌探針、沙門氏菌探針、彎曲菌探針，以及變形桿菌探針；其中，所述副溶血弧菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：1-10中的任意一種或多種，所述創(chuàng)傷弧菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：11-18中的任意一種或多種，所述霍亂弧菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：19-30中的任意一種或多種，所述溶藻弧菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：31-40中的任意一種或多種，所述弗尼斯弧菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：41-51中的任意一種或多種，所述志賀氏菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：52-64中的任意一種或多種，所述大腸桿菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：65-76中的任意一種或多種，所述氣單胞菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：77-86中的任意一種或多種，所述沙門氏菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：87-96中的任意一種或多種，所述彎曲菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：97-107中的任意一種或多種，所述變形桿菌探針的序列選自SEQ?ID?NO：108-117中的任意一種或多種。?

本發(fā)明第二方面公開了一種檢測十一種感染性腹瀉病原體的基因芯片，所述基因芯片上整合了前述基因芯片檢測探針。?

進一步，所述基因芯片還包括芯片基片。?