[發明專利]檢測遺傳突變的方法

無效

• 申請號: 201410039932.7
• 申請日: 2007-04-10
• 公開（公告）號: CN103789434A
• 公開（公告）日: 2014-05-14
• 發明（設計）人: 高峰;朱軍
• 申請（專利權）人: 杜克大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所 11105
• 代理人: 史悅

本申請是申請日為2007年04月10日，申請號為“200780013086.X”，國際申請號為“PCT/US2007/008857”，名稱為“檢測遺傳突變的方法”的發明專利申請的分案申請。

本申請要求2006年4月10日提交的美國臨時申請No.60/790,535和2007年1月5日提交的美國臨時申請No.60/878,700的優先權，將這兩個申請的全部內容于此通過引用并入。

本發明以美國國立衛生研究院授予的ROI?GM065057受到政府資助。政府擁有本發明的某些權利。

技術領域

本發明涉及一種檢測遺傳性變型的方法，包括與抗藥性、癌、遺傳功能障礙性疾病相關的遺傳性變型的方法。

發明背景

結合藥物治療或高活性抗逆轉錄病毒治療(HAART)是治療人類免疫缺陷病毒(HIV)感染個體的主要方法。由于HAART可以將患者血液中的病毒復制抑制至檢測不到的水平，因此己顯著降低了HIV感染患者的發病率和死亡率(Egger等,BMJ315:1194-9(1997)，Pa1ella等,N?Eng1J?Med338:853-60(1998))。然而，對于HAART的反應經常是易變的。有些患者反應良好，可以成功抑制病毒的復制，而其它患者在HAART之后不久就治療失敗了。來自HAART治療失敗患者的蛋白酶和反轉錄酶(RT)基因序列分析顯示對多種藥物的抗性(Condra等,J?Virol70:8270-6(1996)，Larder?and?Kemp,Science246:1155-8(1989)，Johnson等,Top.HIV?Med.13:125-131(2005))。這些突變株的生物功能已經通過體外分析而證實，即將這些突變株導入感染的分子克隆中并測定這些克隆對藥物的易感性(Kellam?and?Larder,J?Virol69:669-74(1995))。這些數據顯示遺傳改變是產生多種抗藥性(MDR)的基礎。

HIV-l基因組是高度變化的，并且每個感染的個體包含大量在遺傳上相似但又不同的病毒變體(準種)。當治療患者體內發生抗藥性時，己顯示至少某些病毒基因組不包含抗藥性突變。在含有抗性突變的病毒中，每個基因組中這些突變的數目是不同的。因此，抗藥性突變和治療效果之間的相互關系只能通過測定來自感染個體的大量的病毒群體中每個病毒基因組中的抗藥性突變的同一性、性質和數目來充分了解。對于抗藥性機制的理解將推進更有效地開發抗逆轉錄病毒藥物、更好的治療方案以及更準確的療效預測。

目前，兩種方法可用于檢測抗藥性突變的存在并預測對于新的HAART方案產生抗性的可能性(Petropoulos等,Antimicrob?Agents?Chemother44:920-8(2000)，Van?Laethem等,J?Acquir?Immune?Defic?Syndr22:107-18(1999))。然而，這兩種測試方法對檢測較小的抗藥性病毒群體的靈敏度很低，并且不能可靠的檢測野生型病毒中抗藥性病毒所占的百分比。此外，由于抗藥性突變是基于病毒群體進行檢測，因此這兩種測試方法都不適于連鎖分析，而該連鎖分析可以揭示對于理解抗藥性機制和預測治療效果所需的關鍵性信息。最近，開發了多種檢測較小的抗藥性群體的實時PCR方法(Charpentier等,J?Viro178:4234-47(2004)，Hance等,J?Virol75:6410-7(2001)，Metzner等,J?Infect?Dis188:1433-43(2003)，Metzner等,Aids19:1819-25(2005)，Mohey等,J?Clin?Virol34:257-67(2005)，Thelwell等,Nucleic?Acids?Res28:3752-61(2000)，Whitcombe等,Nat?Biotechnol17:804-7(1999))。但是這些測試方法每次僅能檢測一種抗藥性突變，這使得它們對于全部的抗藥性突變的分析的實用性較低。并且，對于HIV-1基因組中的高度遺傳變異性，很難設計能夠用來檢測大多數遺傳性變型的全部抗藥性突變。