[發明專利]X染色體變異對甲亢易感性影響的檢測方法和試劑盒

在審

• 申請號: 201410027237.9
• 申請日: 2014-01-21
• 公開（公告）號: CN104789644A
• 公開（公告）日: 2015-07-22
• 發明（設計）人: 黃薇;褚迅
• 申請（專利權）人: 上海人類基因組研究中心
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 上海專利商標事務所有限公司 31100
• 代理人: 韋東

技術領域

本發明涉及分子生物學和醫學領域，具體涉及X染色體變異對甲亢易感性影響的檢測方法和試劑盒。

背景技術

Graves’病（Graves’disease，GD），又稱毒性彌漫性甲狀腺腫伴甲亢，通常稱為甲亢，是一種甲狀腺激素（TH）分泌增多的、遺傳與環境共同起作用導致的器官特異性自身免疫性疾病，是甲狀腺功能亢進的最常見病因。甲亢臨床上的典型特征包括彌漫性甲狀腺腫、甲狀腺功能亢進的系列表現、眼癥以及脛前黏液水腫和指端粗厚。甲亢在臨床上目前為免疫內分泌主要疾病之一，甲亢所引起的心衰、甲狀腺危象的發生，常危及患者生命，致疾病預后不良。最近的調查顯示中國人群的發病率為0.25～1.09%，估計患者約有1300萬。亞洲人群的發病率較歐美和非洲人群發病率略高。

同胞對研究顯示，同卵雙胞胎患甲亢的一致率達36%，異卵雙胞胎患病率為3%，甲亢發病的所有影響因素中遺傳的比重占79%〔Brix,T.H.,Kyvik,K.O.,Christensen,K.&Hegedus,L.Evidence?for?a?major?role?of?heredity?in?Graves'disease:a?population-based?study?of?two?Danish?twin?cohorts.J?Clin?Endocrinol?Metab86,930-4(2001)〕。遺傳因素在甲亢的發病機制中具有重要的作用。

甲亢的發病率存在著明顯的男女差異。好發于生育年齡的女性，女性發病率大約是男性的5-10倍。在Turner綜合征患者中甲亢的發病率很高，而Turner綜合征是由于X染色體缺失或有其他異常導致的。研究也發現甲亢患者體內X染色體失活偏移發生率顯著高于同年齡段的健康個體。這些現象一致提示X染色對甲亢發病有重要的影響。

近年來，單核苷酸變異(SNP)概念在多基因疾病研究中的廣泛運用，同時，高通量、低成本的SNP檢測手段的不斷出現也為SNP大規模快速分型提供了可能。這為在分子水平上研究甲亢的發生和發展的機制開辟了全新的思路和手段。SNP的存在與否以及等位基因頻率存在人種及地域的差異，這就提示多基因疾病遺傳異質性的存在，即同一疾病或性狀在不同的人群中可能是不同的遺傳因素造成的。另外，不同人群中SNP類型和頻率存在的這種差異也與不同人群對藥物及環境因素的反應性不同密切相關。

甲亢作為一種遺傳因素起較大作用的疾病，尋找易感基因進而闡明其遺傳機制已經成為目前研究的熱點。雖然已有許多關于遺傳變異與甲亢的研究，但沒有證實GPR174基因與甲亢相關性的報道，更沒有證實本發明所述的GPR174基因SNP與甲亢相關性的報道。

綜上所述，為了早期預防和診斷甲亢，本領域迫切需要尋找甲亢易感基因，并開發用于甲亢疾病預警的方法和試劑盒。

發明內容

本發明人運用Plink軟件對X染色體的數據同常染色一樣進行常規的Cochran?Armitage趨勢檢驗，沒有發現X染色體上的易感基因。鑒于Plink軟件常規Cochran?Armitage趨勢檢驗的方法對X染色體分析的缺陷，本發明人進一步用另外的兩種方法（男女分層分析和Clayton的方法）對X染色體進行分析。兩種關聯分析的方法都顯示一組存在著強LD關系的SNPs與GD相關。這些關聯的SNPs位于Xq21.1區域，分布在GPR174基因及其周圍區域。P值最低的SNP是距離GPR174基因約155-kb的rs5912838（P?_logistic?_regression=4.60×10^-8;P_snpMatrix=1.36×10^-9;OR=1.80,95%CI1.48-2.18）。推定填補分析并沒有在Xq21.1區域發現P值更低的SNPs。在這些關聯的SNPs當中，rs3827440是一個導致GPR174發生非同義突變的SNP，它與P值最低的rs3827440之間存在著強的LD關系。雖然rs3827440不是這一區域P值最低的SNP，但是它是非常值得研究的功能變異。