[發明專利]一種梨果實果梗長度主效QTL位點的SNP分子標記方法及其應用

有效

• 申請號: 201410014478.X
• 申請日: 2014-01-14
• 公開（公告）號: CN103740828A
• 公開（公告）日: 2014-04-23
• 發明（設計）人: 吳俊;張紹鈴;李雷廷;齊開杰;劉倫;謝智華;陳惠
• 申請（專利權）人: 南京農業大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 南京經緯專利商標代理有限公司 32200
• 代理人: 張素卿

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一、技術領域

本發明屬于分子遺傳育種領域，提供了梨果實果梗長度的主效QTL位點及其SNP標記方法，可用于梨果實果梗長度性狀的早期分子輔助選擇，以提高育種效率。

二、背景技術

我國是世界梨屬（Pyrus?L.）植物最主要的起源地之一，遺傳多樣性豐富。梨的栽培種分布廣泛，除了海南省和臺灣省，都有栽培。梨果實的營養價值高，香甜多汁，而深受消費者喜愛。果梗長度是影響梨果實發育和品質的重要因素之一，果柄是水分和碳水化合物運輸到果實內的必經之路,?其長短與粗細也直接影響到物質的運轉。梨低序位果果柄粗且短，有利于營養和水分的運輸，因此一般留果都選擇留低序位的果。碳水化合物的運輸可能因果柄的限制而運輸速率降低，導致高序位果果實發育狀況較差或滯后,采收時果實較小。果梗長短在梨果實發育中起到重要作用，同時也是梨采后分級的重要標準，果梗的完好通常是水果新鮮度的表征,?果梗缺損會導致其內部水分流失,?加上其干枯和腐爛,?會進一步影響到果實的品質。因此，果梗長度是梨新品種選育時的重要評價指標之一。

由于絕大多數梨品種是自交不親和的，梨的遺傳組成表現高度雜合性；同時，由于多年生果樹的農藝性狀多數表現為數量性狀遺傳特征，有關梨的重要性狀遺傳規律研究相對滯后，也難以開展目標性狀的遺傳改良。近年來，隨著分子標記技術的迅速發展、高密度的分子遺傳圖譜的出現，以及數量性狀作圖方法的不斷完善，使得數量性狀基因座(QTL)定位變成了現實，也為提高目標數量性狀優良基因型選擇的可能性、準確性及預見性奠定了基礎。利用分子標記定位數量性狀QTL，其實質就是分析分子標記與目標性狀QTL之間的連鎖關系，即利用已知座位的分子標記來定位未知座位的QTL，通過計算分子標記與QTL之間的交換率，來確定QTL的具體位置?；讷@得的標記基因型分離與數量性狀表型之間的關系，可直接確定控制數量性狀位點，開發可應用于分子標記輔助選擇育種的技術，這已在許多重要農作物上取得了成功應用。

目前有關梨數量性狀的QTL定位研究仍屬起步階段，已有的研究主要是針對一些病害或生長性狀，對梨果梗長度性狀的QTL定位及檢測QTL位點上的多態性表達果梗長度大小差異的SNP分子標記的開發應用研究尚未有報道。因此，開展梨果梗長度性狀的QTL定位，基于相應序列信息開發SNP分子標記，并建立雜交后代早期輔助選擇技術體系，對于提高梨果實品質，提高育種效率，節約生產成本顯得尤為重要。

三、發明內容

技術要求

本發明的目的是定位梨果實果梗長度主效QTL，根據貢獻位點Pyb07_095序列信息開發基于高分辨率溶解曲線鑒定梨果實果梗長度的SNP特異標記，檢測QTL位點Pyb07_095上的多態性表達果梗長度大小的差異。通過該分子標記可以預測梨果梗長度的大小，為實現果梗長度性狀的早期鑒定和篩選提供分子輔助選擇技術支持。

技術方案

一種與梨果實果實果梗長度主效QTL位點緊密連鎖的SNP標記引物，其特征在于：

正向引物LFP-F??5’-?TTGCACCGTATAGTTTTACAACCTG-3’

反向引物LFP-R??5’-?GCAAGAAGGGATAAAAGAGCTAGA-3’

該引物用來檢測梨基因組序列scaffold278.0（登錄號為AJSU00000000）的第502462個堿基處是否存在一個與梨果實果梗長度相關的QTL位點Pyb07_095，同時檢測QTL位點Pyb07_095上的多態性表達果梗長度大小的差異，該SNP位點位于第7連鎖群的33.5?cM處，其解釋了遺傳變異的25.68%，LOD值為9.19。

所述引物用于檢測梨果實果梗長度主效QTL位點的SNP標記方法，其特征在于：

HRM?反應體系按照?LightCycler^??480?High?Resolution?Melting?Master?試劑盒中的說明書進行，HRM?分析是在LightCycler^??480?II?熒光定量PCR?儀上進行；

10?μL反應體系：含有2?ng?·?μL^-1?梨基因組DNA?模板，1?×?Master?Mix，2.0?mmol?·?L^-1?MgCl₂，0.2?mmol?·?L^-1?權利要求1所述的引物；