[發明專利]用于HPV誘導的浸潤性癌癥及其高度前期病變的分子診斷標志物PRDM14和FAM19A4

在審

• 申請號: 201380065250.7
• 申請日: 2013-10-14
• 公開（公告）號: CN104870653A
• 公開（公告）日: 2015-08-26
• 發明（設計）人: 克里斯托福魯斯·約安內斯·蘭伯特斯·馬里亞·梅熱爾;彼特魯斯·約瑟夫斯·費迪南杜斯·斯尼德斯;倫斯克·達妮埃拉·馬里亞·施滕貝爾根
• 申請（專利權）人: 塞爾夫斯庫林有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京德琦知識產權代理有限公司 11018
• 代理人: 康泉;王珍仙

技術領域

本發明涉及癌癥預防和醫療診斷領域；并且是關于用于人乳頭瘤病毒(HPV)誘導的浸潤性癌癥及其高度前期病變(例如浸潤性宮頸癌和宮頸癌前病變)的分子診斷標志物。尤其是，本發明涉及PRDM14和FAM19A4基因組序列和調控序列作為用于具有浸潤潛力的hrHPV誘導的癌前病變和hrHPV誘導的浸潤性癌癥的標志物的用途。

背景技術

子宮頸的癌癥是世界范圍內女性中第三常見的癌癥并且每年造成大約250,000例癌癥死亡。

宮頸鱗狀細胞癌發展的特征在于順序發生的癌前病變、所謂的宮頸上皮內瘤樣病變(CIN)，所述CIN被分為1至3級，分別被稱為輕度不典型增生(CIN?1)、中度不典型增生(CIN?2)和重度不典型增生/原位癌(CIN?3)。CIN?1也被稱作低度鱗狀上皮內病變(LSIL)而CIN?2和CIN?3被并稱為高度鱗狀上皮內病變(HSIL)。對于宮頸腺癌而言，原位腺癌(ACIS)是確定的前期病變。原則上，這些癌前病變是可逆的，但該病變越嚴重，自然消退的機會就越低。宮頸癌被認為是可預防的疾病，因為癌前階段在有必要時能夠通過脫落細胞學檢測并且相對容易治療，且僅有最小的副作用。宮頸篩查的目的在于高度癌前(即，CIN?2/3和原位腺癌)和可治療的癌性病變的早期診斷，從而降低浸潤性宮頸癌的死亡率。一般的醫療實踐包括對患有經形態學證實的CIN?2、CIN?3和原位腺癌的所有女性進行治療，以防止宮頸癌的發展。

在過去數十年中，已經確定了宮頸癌是由于感染了高風險人乳頭瘤病毒(hrHPV)引發的。病毒致癌基因E6和E7的表達分別妨礙p53和Rb腫瘤抑制通路，其已顯示出對于腫瘤形成的發病和惡性表型的保持是必不可少的。因此，hrHPV測試似乎是有吸引力的原代篩查工具的。然而，與致癌作用的多步驟過程一樣，使感染hrHPV的細胞發展成浸潤性癌細胞要求宿主細胞基因組中的其他改變。只有較小比例的感染了高風險HPV的女性會發展出高度宮頸癌前病變(CIN?2/3)和(如果不經處理的話)宮頸癌。在大多數具有宮頸癌前病變的女性中，該病變能夠自愈。在參加群體性篩查的女性中，約有5-6％具有陽性hrHPV測試。然而，她們之中最多只有20％(參與女性的1％)患有≥CIN?2/3。因此，除非標志物能適用于允許對hrHPV陽性的女性進行關于≥CIN?2/3和≥原位腺癌風險的分類的宮頸涂片，否則通過hrHPV測試進行的原代篩查就會伴有相當數量的多余跟蹤程序以及在女性中造成不必要的焦慮。

主要的挑戰在于降低HPV測試中陽性女性與患有臨床上有意義的病變的女性的百分比。一種方式是使用細胞學作為針對hrHPV陽性女性的第二(所謂的分流)測試。但這仍會留下相當數量的具有正常細胞學的hrHPV陽性女性(篩查人群中3.5％的女性)，其中仍有10％具有或獲得≥CIN?3。此外，細胞學并適用于能夠在家取得的自采樣宮頸-陰道樣本，因為這些樣本對于宮頸的細胞學狀態并不具有代表性。另一種方式是使用HPV16/18基因分型。然而，這會留下具有非HPV16/18型的女性，盡管程度較低，但她們仍具有≥CIN?2/3和≥原位腺癌的風險。因此，需要補充的或替代性的分流工具以將hrHPV陽性女性區分為具有或不具有≥CIN?2/3和≥原位腺癌。

發明內容

現在，本發明人發現了用于檢測HPV誘導的高度癌前病變和HPV誘導的浸潤性癌癥的方法，其中所述方法包括檢測細胞中PRDM14和/或FAM19A4基因中的超甲基化，而這樣的超甲基化表明存在具有浸潤潛力的HPV誘導的前期病變和HPV誘導的浸潤性癌癥。優選地，在所述方法中，所述HPV誘導的高度癌前病變或HPV誘導的浸潤性癌為高度宮頸癌前病變或浸潤性宮頸癌，更優選為高風險HPV誘導的浸潤性癌癥。

在本發明的優選實施方式中，如圖1和圖2所示檢測富CpG的序列中的超甲基化。

本發明還涉及如上文所定義的方法，其中所述超甲基化是與相當的正常細胞相比，測試細胞中PRDM14和/或FAM19A4富CpG的啟動子和/或基因組序列的甲基化增加。

在本發明的優選實施方式中，通過利用選自由BssHII、MspI、NotI和HpaII組成的組中的甲基化敏感的限制性內切酶來進行(超)甲基化的檢測。在本發明的另一個優選實施方式中，經由甲基化特異性PCR(基于DNA的亞硫酸氫鹽修飾)、之后進行靶向富CpG序列的特異性PCR反應來進行(超)甲基化的檢測。優選地，在該方法中使用結合于圖1或圖2中所示的核酸的核酸探針或引物，并且更優選所述核酸探針或引物具有可檢測標簽。