[發(fā)明專利]開發(fā)用于評估法醫(yī)樣品中DNA降解和質(zhì)量的高靈敏度定量系統(tǒng)

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201380052972.9
• 申請日: 2013-08-13
• 公開（公告）號: CN104718300A
• 公開（公告）日: 2015-06-17
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 素德赫·辛哈
• 申請（專利權(quán)）人: 素德赫·辛哈
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C07H21/02;C12P19/34
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11204
• 代理人: 王達(dá)佐;洪欣

優(yōu)先權(quán)聲明

本申請引用于2012年8月13日根據(jù)35U.S.C.§111(b)作為臨時(shí)申請向美國專利與商標(biāo)局在先提交并且按期分配序列號61/682,507號的申請DEVELOPMENT?OF?A?HIGHLY?SENSITIVE?QUANTIFICATION?SYSTEM?FOR?ASSESSING?DNA?DEGRADATION?AND?QUALITY?IN?FORENSIC?SAMPLES(開發(fā)用于評估法醫(yī)樣品中DNA降解和質(zhì)量的高靈敏度定量系統(tǒng))，于2013年2月21日根據(jù)35U.S.C.§111(b)作為臨時(shí)申請向美國專利與商標(biāo)局在先提交并且按期分配序列號61/767,668號的相同標(biāo)題的另一申請，和于2013年3月15日根據(jù)35U.S.C.§111(b)作為臨時(shí)申請向美國專利與商標(biāo)局在先提交并且按期分配序列號61/793,595號的相同標(biāo)題的第三申請，將它們并入本文，并且要求根據(jù)35U.S.C.§119(e)獲得的所有權(quán)益。

發(fā)明背景

發(fā)明領(lǐng)域

公開了在實(shí)時(shí)聚合酶鏈反應(yīng)系統(tǒng)中通過使用新鑒定的靶標(biāo)元件來確定人DNA樣品的環(huán)境降解的程度的方法。

相關(guān)領(lǐng)域描述

最近幾年，實(shí)時(shí)聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)化學(xué)已成為對法醫(yī)樣品中基因組的和可擴(kuò)增的DNA的量進(jìn)行可靠地定量的標(biāo)準(zhǔn)。通用系統(tǒng)包括評定總?cè)薉NA和男性DNA。實(shí)例為來自生命科技公司的來自普洛麥格公司的和來自凱杰的目前有幾種用于基于熒光定量測定的不同方法，包括綠色，和

使用實(shí)時(shí)PCR方法以評價(jià)DNA樣品的降解程度的興趣漸增。使用兩個(gè)核DNA靶標(biāo)進(jìn)行這一方法：短的多拷貝序列和長的多拷貝序列。因?yàn)殡S著樣品受損，長的靶標(biāo)序列比短的靶標(biāo)序列降解得更迅速，短的靶標(biāo)與長的靶標(biāo)的量的比率將提供樣品中降解程度的評價(jià)。已發(fā)表了使用Alu或微衛(wèi)星靶標(biāo)對法醫(yī)樣品中降解的DNA的評價(jià)研究。然而，以前研究的測定或缺少靈敏度或不顯示高的PCR效率。法醫(yī)樣品在數(shù)量和質(zhì)量方面變化很大，使得出于對這些樣品中的DNA進(jìn)行定量和確定它們的降解程度的目的開發(fā)和驗(yàn)證實(shí)時(shí)PCR系統(tǒng)的目標(biāo)變成挑戰(zhàn)。

目前在微型短串聯(lián)重復(fù)(STR)分析系統(tǒng)方面的研究進(jìn)展已使得分析高度受損的樣品成為可能。發(fā)明者在開發(fā)STR擴(kuò)增子方面突飛猛進(jìn)，與傳統(tǒng)的STR擴(kuò)增子比較，開發(fā)的STR擴(kuò)增子尺寸減小并且可以對已經(jīng)顯著降解的DNA樣品有效(例如見，J.M.Butler等,J.Forensic?Sci.48(5):1054-1064(2003)；T.J.Parsons等,Forensic?Science?International:Genetics?1:175-179(2007))。

Alu為短散步元件(SINE)，約300bp的插入物，其以大拷貝數(shù)分布遍及人基因組。隨著時(shí)間，Alu元件在人基因組中的進(jìn)化使得Alu元件非常適合區(qū)分人DNA和非人DNA的任務(wù)，并且適用于進(jìn)行希望對人DNA特異的測試。最近的研究報(bào)道了使用Ya5系A(chǔ)lu遺傳元件評價(jià)降解的DNA樣品的質(zhì)量評估(J.A.Nicklas等,J.Forensic?Sci.57(2):466-471(2012))。用于在證據(jù)樣品中對人特異性DNA進(jìn)行定量的基于多拷貝內(nèi)Alu的方法已成功地用于獲得高靈敏度的DNA定量(J.A.Walker等,Anal.Bi℃hem.337:89-97(2005))。

Yb系亞家族元件的平均年齡估計(jì)為239萬年。據(jù)估計(jì)人基因組包含超過1800個(gè)Alu?Yb家族元件，并且，這些中約50％來自于Yb8亞家族。已知Alu?Yb8系統(tǒng)以大量固定的插入物存在。已報(bào)道只有20％Yb系A(chǔ)lu元件為多形態(tài)的插入存在或不存在人基因組中(A.B.Carter等,Human?Genomics?1(3):1-13(2004))。因?yàn)榇罅窟@些固定的元件存在于每個(gè)人基因組，當(dāng)使用多拷貝靶標(biāo)定量系統(tǒng)時(shí)使個(gè)別特異的變化可能性最小化。

1994年，Shen等在研究RP基因的結(jié)構(gòu)時(shí)鑒定了新的復(fù)合反轉(zhuǎn)錄子(Shen等,J.Biol.Chem.269(11):8466-8476(1994))。這種新的反轉(zhuǎn)錄子由SINE-R元件以及一系列與Alu序列共享序列相似性的序列組成。因此，在主要組分短散布元件(SINE)，可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)(VNTR)和Alu之后，將其命名為“SVA”。SVA元件包含反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的標(biāo)志，因?yàn)樗鼈儌?cè)翼是靶位點(diǎn)重復(fù)序列(TSD)，以多聚(A)尾結(jié)尾，并且在它們整合到基因組期間偶爾為截短的和反向的。

發(fā)明概述