[發明專利]開發用于評估法醫樣品中DNA降解和質量的高靈敏度定量系統

在審

• 申請號: 201380052972.9
• 申請日: 2013-08-13
• 公開（公告）號: CN104718300A
• 公開（公告）日: 2015-06-17
• 發明（設計）人: 素德赫·辛哈
• 申請（專利權）人: 素德赫·辛哈
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C07H21/02;C12P19/34
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識產權代理有限責任公司 11204
• 代理人: 王達佐;洪欣

1.對樣品中人DNA進行定量從而評價其中DNA降解程度的方法，所述方法包括以下步驟：

提供待分析的樣品；

使用實時聚合酶鏈反應系統對樣品中第一反轉錄轉座子散布元件和第二反轉錄轉座子散布元件分別進行定量，所述第一反轉錄轉座子散布元件為Alu元件，所述第二反轉錄轉座子散布元件為RP基因的SVA元件；和

計算樣品中所述第一反轉錄轉座子散布元件的出現率與所述第二反轉錄轉座子散布元件的出現率的比率。

2.如權利要求1所述的方法，同時進行所述第一反轉錄轉座子散布元件和所述第二反轉錄轉座子散布元件的定量。

3.如權利要求2所述的方法，還包括使用所述比率來確定所述樣品中DNA的降解程度的步驟。

4.如權利要求1所述的方法，所述第二反轉錄轉座子散布元件包含的堿基對是所述第一反轉錄轉座子散布元件包含的堿基對的至少三倍。

5.如權利要求2所述的方法，還包括以下步驟：

提供第一探針，其包含能夠在第一診斷波長處發熒光的第一部分和能夠淬滅第一部分熒光的第一淬滅劑，所述第一探針靶向于第一反轉錄轉座子散布元件；

提供第二探針，其包含能夠在第二診斷波長處發熒光的第二部分和能夠淬滅第二部分熒光的第二淬滅劑，所述第二探針靶向于第二反轉錄轉座子散布元件；

提供在實時聚合酶鏈反應系統中有用的至少一種引物，所述系統能夠擴增DNA樣品；

提供Taq聚合酶，其能夠催化形成與樣品中存在的核酸序列互補的核酸序列，所述聚合酶能夠切割第一探針從而使第一熒光部分與第一淬滅劑分離并且能夠切割第二探針從而使第二熒光部分與第二淬滅劑分離；

用所述第一探針和第二探針處理樣品；

使用所述至少一種引物和Taq聚合酶借助于實時聚合酶鏈反應系統擴增樣品，所述實時聚合酶鏈反應系統包括多個聚合酶鏈反應循環；

使用能夠在所述第一部分和所述第二部分誘導熒光的激發源在每一實時聚合酶鏈反應循環期間照射樣品；

在每一實時聚合酶鏈反應循環中測量從第一部分發出的熒光和從第二部分發出的熒光；

確定第一反轉錄轉座子散布元件和第二反轉錄轉座子散布元件的閾值循環數；以及

將所確定的閾值循環數與第一反轉錄轉座子散布元件和第二反轉錄轉座子散布元件各自的標準曲線比較，從而確定樣品中第一反轉錄轉座子散布元件和第二反轉錄轉座子散布元件各自的濃度。

6.如權利要求5所述的方法，其中所述提供至少一種引物的步驟包括：

提供選自以下的至少一種引物：標為SEQ?ID?NO:5的正向引物和標為SEQ?ID?NO:6的反向引物；以及

提供選自以下的至少一種引物：標為SEQ?ID?NO:8的正向引物，標為SEQ?ID?NO:11的正向引物，標為SEQ?ID?NO:14的正向引物，標為SEQ?ID?NO:9的反向引物，標為SEQ?ID?NO:12的反向引物，標為SEQ?ID?NO:13的反向引物和標為SEQ?ID?NO:15的反向引物：

5’GGAAGCGGAGCTTGCAGTGA?3’(SEQ?ID?NO:5)

5’AGACGGAGTCTCGCTCTGTCGC?3’(SEQ?ID?NO:6)

5’TGGGATCCTGTTGATCTGTGACCT?3’(SEQ?ID?NO:8)

5’GATTTGGCAGGGTCATGGGACAAT?3’(SEQ?ID?NO:9)

5’ATGTGCTGTGTCCACTCAGGGTTA?3’(SEQ?ID?NO:11)

5’TTCTTGGGTGTTTCTCACAGAGGG?3’(SEQ?ID?NO:12)

5’ATTCTTGGGTGTTTCTCACAGAGG?3’(SEQ?ID?NO:13)

5’CCAACCCTGTGCTCTCTGAAAC?3’(SEQ?ID?NO:14)

5’TTTGGCAGGGTCATGGGACAA?3’(SEQ?ID?NO:15)。