[發明專利]用于預測肽的免疫原性的系統和方法

在審

• 申請號: 201380039722.1
• 申請日: 2013-03-14
• 公開（公告）號: CN104487979A
• 公開（公告）日: 2015-04-01
• 發明（設計）人: P·帕斯;F·J·阿斯瓦德
• 申請（專利權）人: 拜爾健康護理有限責任公司
• 主分類號: G06F19/10
• 分類號: G06F19/10
• 代理公司: 北京北翔知識產權代理有限公司 11285
• 代理人: 張廣育;姜建成

相關申請的交叉引用

本申請要求于2012年5月25日提交的美國臨時申請61/652,076的優先權，所述臨時申請以引用的方式全文納入本文。

背景技術

從天然來源分離的或通過重組方法合成的人治療性蛋白質(生物制劑)在被給予人類患者時能誘導免疫應答。這些免疫應答可導致的作用范圍為從輕微的皮膚刺激到治療藥物的效力下降，并且在一些情況下可造成器官衰竭或死亡。減輕潛在的免疫原性是蛋白質工程的主要挑戰之一。因此，使得能夠對蛋白質的免疫原性進行臨床前評估的工具和測定法可能是重要的。

附圖說明

技術人員會理解下面描述的附圖僅是為了說明的目的。所述附圖并不意欲以任何方式限制本教導的范圍。

圖1示出了可用于實施圖2所示的方法的計算機系統的一個示例性的實施方案。

圖2示出了用于預測肽的免疫原性的方法的一個示例性的實施方案的一些特征。

圖3示出了可以用來實施圖2中所示的方法的方式。

發明內容

提供了一種計算機系統。在某些實施方案中，所述計算機系統包含存儲器，所述存儲器包含：a)肽的模型、MHCII的模型和T細胞受體的模型；和b)用于以下的可執行程序：(i)評估包含所述肽、所述MHCII蛋白和所述T細胞受體的復合物的分子間相互作用的強度以提供預測所述肽的免疫原性的得分；和(ii)輸出所述得分。所述存儲器還可包含用于在所述計算機系統的顯示器上顯示所述復合物的圖像的指令。

還提供了包含免疫原性預測程序的計算機可讀存儲介質。在這些實施方案中，如上所述，所述介質可包含用于以下的指令：a)評估包含肽、MHCII蛋白和T細胞受體的復合物的分子間相互作用的強度以提供預測所述肽的免疫原性的得分；和b)輸出所述得分。在某些實施方案中，所述免疫原性預測程序包含用于以下的指令：a)評估每一種均包含肽、MHCII蛋白和T細胞受體的多種復合物的分子間相互作用的強度，其中所述復合物包含不同的肽并且所述指令產生每一種復合物的得分；b)通過所述不同的肽的得分將它們排序(rank)；和c)輸出根據它們的得分排序的所述不同的肽的列表，從而提供了所述肽的免疫學特征(immunological?profile)。

還提供了預測肽的免疫原性的方法。在某些實施方案中，所述方法包含：a)將所述肽的序列信息輸入到包含免疫原性預測程序的系統中，所述免疫原性預測程序包含用于以下的指令：(i)評估包含所述肽、MHCII蛋白和T細胞受體的復合物的分子間相互作用的強度，以提供預測所述肽的免疫原性的得分；和(ii)輸出所述得分；b)執行所述免疫原性預測程序；和c)從所述系統接收所述得分。在某些實施方案中，所述方法還包括：d)將所述得分排序。

本文列出了本教導的這些和其他特征。

定義

在更詳細地描述示例性的實施方案之前，列出下面的定義以闡明和定義在本說明書中使用的術語的含義和范圍。

本文中的“免疫原性”和語法上的同義詞意指免疫應答的程度，所述免疫應答，包括但不限于，中和抗體和非中和抗體的產生、免疫復合物的形成、補體激活、肥大細胞激活、炎癥和過敏反應。免疫原性具有物種特異性。在一些實施方案中，免疫原性是指在人類中的免疫原性。在一些實施方案中，免疫原性是指在嚙齒動物(包括但不限于，大鼠、小鼠、倉鼠、豚鼠等)、靈長類動物、農場動物(包括但不限于，綿羊、山羊、豬、牛、馬等)和家畜(包括但不限于，貓、狗、兔等)中的免疫原性。

本文中的“免疫應答”和“免疫學應答”以及語法上的同義詞意指

免疫系統對分子的應答，包括體液免疫應答或細胞免疫應答。非限制性的免疫應答包括中和抗體和非中和抗體的產生、免疫復合物的形成、補體激活、肥大細胞激活、炎癥和過敏反應。

本文中的“預測”意指在沒有真正給藥的情況下，系統或測定法在脊椎動物中充當體內免疫原性的替代物并概括或模擬治療性給藥的免疫原性結果或應答的能力。即，如果系統能夠合理精確地證明——如果蛋白質抗原已被給藥，其會引起或不會引起免疫原性應答，則該系統或測定法可預測脊椎動物免疫原性。