[發(fā)明專利]用于預(yù)測肽的免疫原性的系統(tǒng)和方法

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201380039722.1
• 申請(qǐng)日: 2013-03-14
• 公開（公告）號(hào): CN104487979A
• 公開（公告）日: 2015-04-01
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: P·帕斯;F·J·阿斯瓦德
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 拜爾健康護(hù)理有限責(zé)任公司
• 主分類號(hào): G06F19/10
• 分類號(hào): G06F19/10
• 代理公司: 北京北翔知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11285
• 代理人: 張廣育;姜建成

1.一種包含存儲(chǔ)器的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，所述存儲(chǔ)器包含：

a)肽的模型、MHCII蛋白的模型和T細(xì)胞受體的模型；和

b)用于以下的可執(zhí)行程序：

(i)評(píng)估包含所述肽、所述MHCII蛋白和所述T細(xì)胞受體的復(fù)合物的分子間相互作用的強(qiáng)度以提供預(yù)測所述肽的免疫原性的得分；和

(ii)輸出所述得分。

2.權(quán)利要求1的系統(tǒng)，其還包含用于顯示所述復(fù)合物圖像的指令。

3.權(quán)利要求1或2的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中所述存儲(chǔ)器包含多種不同的肽的模型、所述MHCII蛋白的模型和所述T細(xì)胞受體的模型；并且所述存儲(chǔ)器包含用于以下的可執(zhí)行程序：

評(píng)估包含所述不同的肽的復(fù)合物的分子間相互作用的強(qiáng)度以提供預(yù)測所述肽的免疫原性的得分；

通過所述不同的肽的得分將它們排序；和

輸出根據(jù)它們的得分排序的所述不同肽的列表，其中所述輸出提供了所述肽的經(jīng)排序的免疫學(xué)特征。

4.一種包含免疫原性預(yù)測程序的計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)，所述免疫原性預(yù)測程序包含：

a)評(píng)估包含肽、MHCII蛋白和T細(xì)胞受體的復(fù)合物的分子間相互作用的強(qiáng)度以提供預(yù)測所述肽的免疫原性的得分；和

b)輸出所述得分。

5.權(quán)利要求4的計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)，其中所述評(píng)估是通過對(duì)所述復(fù)合物進(jìn)行三維建模而完成。

6.權(quán)利要求4或5的計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)，其中所述免疫原性預(yù)測程序包含用于以下的指令：

a)評(píng)估每種均包含肽、MHCII蛋白和T細(xì)胞受體的多種復(fù)合物的分子間相互作用的強(qiáng)度，其中所述復(fù)合物包含不同的肽并且所述評(píng)估產(chǎn)生每一種復(fù)合物的得分；

b)通過所述不同的肽的得分將它們排序；和

c)輸出根據(jù)它們的得分排序的所述不同肽的列表，從而提供了所述肽的免疫學(xué)特征。

7.權(quán)利要求6的計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)，其中所述程序還包含用于輸入蛋白質(zhì)序列的指令和用于沿著蛋白質(zhì)的氨基酸序列移動(dòng)具有確定尺寸的滑動(dòng)窗口以提供所述不同的肽的指令。

8.權(quán)利要求7的計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)，其中所述確定尺寸的范圍為9到30個(gè)氨基酸。

9.權(quán)利要求6到8的任一項(xiàng)的計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)，其中所述程序還包含鑒定具有免疫刺激性的肽的指令。

10.權(quán)利要求6到9的任一項(xiàng)的計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)，其中所述復(fù)合物不同于彼此之處還在于所述MHCII蛋白的一種或多種氨基酸序列以及所述T細(xì)胞受體的氨基酸序列。

11.權(quán)利要求6到9的任一項(xiàng)的計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)，其中所述復(fù)合物包含不同的T細(xì)胞受體，其中所述不同的T細(xì)胞受體代表個(gè)體的T細(xì)胞受體庫中的至少一部分。

12.一種預(yù)測肽的免疫原性的方法，所述方法包含：

a)將所述肽的序列信息輸入到包含免疫原性預(yù)測程序的系統(tǒng)中，所述免疫原性預(yù)測程序包含用于以下的指令：

(i)評(píng)估包含所述肽、MHCII蛋白和T細(xì)胞受體的復(fù)合物的分子間相互作用的強(qiáng)度，以提供預(yù)測所述肽的免疫原性的得分；和

(ii)輸出所述得分；

b)執(zhí)行所述免疫原性預(yù)測程序；和

c)從所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)接收得分。

13.權(quán)利要求12的方法，其中所述方法包含將兩個(gè)或多個(gè)不同的肽的序列信息輸入到所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)中；并接收通過它們的得分所排序的不同的肽的列表。

14.權(quán)利要求13的方法，其中所述兩種或多種不同的肽代表同一蛋白的不同的片段。

15.權(quán)利要求14的方法，還包含檢查所述不同的肽的列表以鑒定所述蛋白的免疫刺激片段。

16.權(quán)利要求15的方法，還包含改變所述免疫刺激片段的氨基酸序列以在將所述蛋白給予哺乳動(dòng)物時(shí)降低其免疫原性。

17.權(quán)利要求15的方法，還包含改變所述免疫刺激片段的翻譯后修飾以在將所述蛋白給予哺乳動(dòng)物時(shí)降低其免疫原性。

18.權(quán)利要求14的方法，，還包含檢查所述不同的肽的列表以鑒定所述蛋白的免疫惰性片段。

19.權(quán)利要求18的方法，還包含改變所述免疫惰性片段以在將所述蛋白給予哺乳動(dòng)物時(shí)增強(qiáng)其免疫原性。