[發明專利]靶DNA富集和測序

在審

• 申請號: 201380022651.4
• 申請日: 2013-04-29
• 公開（公告）號: CN104271770A
• 公開（公告）日: 2015-01-07
• 發明（設計）人: H·韋德勒;E·韋德勒;D·勞弗特;D·奧尼爾
• 申請（專利權）人: 奇亞根有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京北翔知識產權代理有限公司 11285
• 代理人: 張廣育;姜建成

1.用于富集組合物中一種或多種脫氧核酸(DNA)靶序列的方法，所述方法包括以下步驟：

(a)提供包含一種或多種脫氧核酸(DNA)分子的組合物，

(b)將所述一種或多種DNA分子與一種或多種靶特異性的核糖核酸(RNA)雜交探針雜交，從而形成一種或多種RNA/DNA的雜交體，

(c)用特異性針對這類RNA/DNA的雜交體的一種或多種抗體捕獲所述RNA/DNA的雜交體，從而形成一種或多種RNA/DNA/抗體的雜交體，

(d)分離所述一種或多種RNA/DNA/抗體的雜交體。

(e)如果需要的話，擴增所述一種或多種RNA/DNA/抗體的雜交體的一種或多種DNA分子，和

(f)測序所述RNA/DNA/抗體的雜交體的DNA分子或者所述擴增產物，其中優選地所述測序是通過下一代測序進行。

2.權利要求1的方法，其中所述靶序列選自編碼區(外顯子)。

3.權利要求2的方法，其中所述編碼區選自代謝基因、調節基因和致癌基因。

4.前述權利要求中任一項的方法，其中所述組合物中的DNA分子是用于下一代測序的DNA片段文庫，和任選地，所述文庫中的DNA片段包含末端通用接頭序列。

5.前述權利要求中任一項的方法，其中所述DNA分子由DNA片段文庫組成，其中:

(a)將文庫中的DNA片段化并進行大小篩選，如果需要的話接著進行末端修復，以分別產生雙鏈平末端片段或帶有A-突出的末端，和其中，

(b)將所述片段連接到雙鏈或部分雙鏈接頭寡核苷酸上，以產生帶有相同側翼序列的片段文庫。

6.前述權利要求中任一項的方法，其中所述RNA探針是未經修飾的和未標記的。

7.前述權利要求中任一項的方法，其中所述RNA探針是合成的RNA探針、轉錄的DNA探針，或者是從生物樣品中分離和純化的。

8.前述權利要求中任一項的方法，其中所述抗體被結合到固體表面上，優選被結合到磁性顆粒上。

9.前述權利要求中任一項的方法，其中如果所述抗體被結合到磁性顆粒上，則所述分離步驟是使用磁場進行，而且所述分離步驟任選地包括洗滌所述分離的RNA/DNA抗體的雜交體。

10.前述權利要求中任一項的方法，其中可直接在所述分離的RNA/DNA/抗體的雜交體上擴增所述DNA分子。

11.前述權利要求中任一項的方法，其中所述擴增步驟是使用結合所述通用接頭序列的引物進行。

12.前述權利要求中任一項的方法，其中在測序前對RNA進行酶法消化。

13.一種試劑盒，所述試劑盒包含特異性震對DNA/RNA的雜交分子的抗體并且額外包含一種或多種靶特異性的RNA雜交探針，其中任選地，所述抗體被結合到磁性顆粒上。

14.權利要求13的試劑盒，其中所述RNA雜交探針是特異性針對選自編碼區(外顯子)的靶序列。

15.權利要求14的試劑盒，其中所述編碼區選自代謝基因、調節基因和致癌基因。