[發明專利]通過新一代測序進行基因分型

在審

• 申請號: 201380013610.9
• 申請日: 2013-01-11
• 公開（公告）號: CN104334739A
• 公開（公告）日: 2015-02-04
• 發明（設計）人: 帕特里克·S·施納布爾;劉三震;吳薇
• 申請（專利權）人: DATA生物有限公司
• 主分類號: C12P19/34
• 分類號: C12P19/34
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司 72001
• 代理人: 杜艷玲;梁謀

1.一種通過測序進行基因分型的方法，所述方法包括：

1)用限制性內切酶消化核酸以產生片段；

2)將單鏈條形碼寡核苷酸連接至所述片段以產生模板；

3)將所述模板擴增以產生擴增子；以及

4)對所述擴增子測序以產生序列讀段。

2.如權利要求1所述的方法，其中通過混合多個模板來產生模板池。

3.如權利要求1所述的方法，其中通過混合來自多名個體的多個模板來產生模板池。

4.如權利要求1所述的方法，其進一步包括解析所述序列讀段，定位所述序列讀段，以及指定基因型。

5.如權利要求1所述的方法，其中用兩種不同的限制性內切酶消化所述核酸。

6.如權利要求1所述的方法，其中用NspI和BfuCI消化所述核酸。

7.如權利要求1所述的方法，其中所述單鏈條形碼寡核苷酸鑒定作為所述核酸的來源的受試者。

8.如權利要求1所述的方法，其中所述擴增包括使用靶標特異性引物。

9.如權利要求1所述的方法，其中所述擴增選擇擴增子用于測序。

10.一種通過測序進行基因分型的方法，所述方法包括：

1)提供來自第一受試者的第一組多個核酸；

2)提供來自第二受試者的第二組多個核酸；

3)用限制性內切酶消化所述第一組多個核酸以產生第一組多個片段；

4)用所述限制性內切酶消化所述第二組多個核酸以產生第二組多個片段；

5)將第一單鏈條形碼寡核苷酸連接至所述第一組多個片段的每個片段以產生第一組多個模板；

6)將第二單鏈條形碼寡核苷酸連接至所述第二組多個片段的每個片段以產生第二組多個模板；

7)將所述第一組多個模板與所述第二組多個模板混合以產生模板池；

8)使用靶標特異性引物擴增所述模板池的子集以產生多個擴增子；以及

9)對所述多個擴增子測序以產生多個序列讀段；

10)使用所述第一條形碼寡核苷酸的第一序列和所述第二條形碼寡核苷酸的第二序列對所述序列讀段進行解卷積。

11.一種組合物，其包含單鏈條形碼寡核苷酸，其中所述單鏈條形碼寡核苷酸包含選自由SEQ?ID?NO：1-23組成的群組的序列。

12.如權利要求11所述的組合物，其進一步包含第二單鏈寡核苷酸。

13.一種組合物，其包含核酸，其中所述核酸序列包含單鏈條形碼寡核苷酸的序列、靶標位點的序列，和第二單鏈寡核苷酸的序列。

14.如權利要求13所述的組合物，其進一步包含與所述單鏈條形碼寡核苷酸互補的第一擴增引物和與所述第二單鏈寡核苷酸互補的靶標特異性擴增引物。

15.根據權利要求11-14所述的組合物的用途，其用于對一種或多種受試者進行基因分型。

16.一種試劑盒，其包含根據權利要求11-14所述的組合物。