[發(fā)明專利]一種菠蘿成熟衰老相關基因的分子標記方法

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201310607475.2
• 申請日: 2013-11-27
• 公開（公告）號: CN103642908A
• 公開（公告）日: 2014-03-19
• 發(fā)明（設計）人: 張魯斌;常金梅;賈志偉;谷會;弓德強;洪克前
• 申請（專利權）人: 中國熱帶農業(yè)科學院南亞熱帶作物研究所
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種菠蘿成熟衰老相關基因的分子標記方法，其特征在于，它包括如下步驟：

(1)提取采后菠蘿衰老過程各階段的RNA；

(2)通過Illumina?Solexa?Hiseq2000對菠蘿成熟衰老過程中的轉錄組進行了測序，組裝得到了81129個unique基因；

(3)在此基礎上使用SSR軟件MicroSAtellite(MISA)進行了SSR掃描，找到了35099個SSR分子標記，供菠蘿多態(tài)性分析；

(4)對所有SSR重復單元在Unigene上前后序列的長度進行篩選。只保留前后序列均不小于150bp的SSR，用其設計引物；

(5)不同物種間，進行PCR擴增并通過PAGE技術進行多態(tài)性檢測。

2.根據權利要求1所述的一種菠蘿成熟衰老相關基因的分子標記方法，所述的步驟(1)中，在此過程植物組織樣品不能解凍，提取的RNA質量要求是28S／18S約2倍。

3.根據權利要求1所述的一種菠蘿成熟衰老相關基因的分子標記方法，其特征在于，所述的步驟(2)中，RNA測序數據量要大于5G以上，質控標準要大于Q20以上。

4.根據權利要求1所述的一種菠蘿成熟衰老相關基因的分子標記方法，其特征在于，所述的步驟(3)中，分別對1-6個核苷酸組成的重復序列進行篩選。

5.根據權利要求1所述的一種菠蘿成熟衰老相關基因的分子標記方法，其特征在于，所述的步驟(4)中，引物篩選條件如下：引物不能存在SSR；將獲得的引物與Unigene序列比對，引物的5′端允許有1-3個堿基的錯配，3′端允許有1個堿基的錯配，末端堿基除外；去掉與Unigene序列不匹配的引物，選擇唯一匹配的引物；使用SSR_finder校驗SSR，使用產物序列來尋找SSR，檢驗結果是否與MISA結果相同，并篩選出相同的SSR產物。

6.根據權利要求1所述的一種菠蘿成熟衰老相關基因的分子標記方法，其特征在于，所述的步驟(5)中，優(yōu)化擴增體系，控制PCR擴增飽和度，避免非特異擴增；PAGE電泳上樣量3-5μL。