[發明專利]利用高通量測序精確測定線粒體DNA高頻和低頻突變的方法

有效

• 申請號: 201310544351.4
• 申請日: 2013-11-06
• 公開（公告）號: CN103602735A
• 公開（公告）日: 2014-02-26
• 發明（設計）人: 倪挺;朱鈞;魏剛;諶婷
• 申請（專利權）人: 復旦大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 上海正旦專利代理有限公司 31200
• 代理人: 陸飛;盛志范

1.?一種利用高通量測序精確測定線粒體DNA高頻和低頻突變的方法，其特征在于具體步驟如下：

（1）設計線粒體DNA特異性引物SEQ?ID?NO.1?-?SEQ?ID?NO.38；利用高保真的滾環復制從總DNA中直接擴增線粒體DNA；

（2）通過特定的限制性內切酶，進一步將擴增的線粒體DNA酶切成2條特異條帶，以進一步富集線粒體DNA，這2條條帶的長度加在一起為線粒體DNA的全長；

（3）回收此2條條帶并片段化；連接接頭后進行低循環PCR或無PCR文庫構建；構建的文庫可以單端測序，也可以雙端測序；

（4）該文庫經過高通量測序獲得高質量數據，再經過生物信息學分析獲得真核生物線粒體DNA所有位點的點突變頻率和其它類型的結構變異；

其最低可檢測頻率低至0.3%的突變位點。

2.?根據權利要求1所述的方法，其特征在于總RNA來源于人、猩猩、獼猴、大鼠、小鼠、果蠅、斑馬魚、線蟲、擬南芥、水稻、棉花、油菜、酵母或瘧原蟲。

3.?根據權利要求1所述的方法，其特征在于構建的文庫進行高通量測序的平臺為Illumina?GAIIx平臺、Illumina?HiSeq2000、Illumina?HiSeq2500、Illumina?MySeq平臺、454測序平臺、ABI?SOLiD4、ABI?5500系列測序平臺及ABI?Ion?Torrent。