[發明專利]小眼畸形和無眼畸形相關基因突變、其檢測方法及其用途

有效

• 申請號: 201310442645.6
• 申請日: 2013-09-25
• 公開（公告）號: CN104450871B
• 公開（公告）日: 2019-04-23
• 發明（設計）人: 方明艷;澤伊內普·蒂梅爾;吳斌;張建國
• 申請（專利權）人: 深圳華大基因股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12Q1/32;C12N15/11
• 代理公司: 北京北翔知識產權代理有限公司 11285
• 代理人: 蔡倫;張廣育

本發明涉及遺傳性眼科疾病領域，具體而言涉及小眼畸形領域。本發明提供了小眼畸形和無眼畸形相關基因突變、其檢測方法及其用途，所述基因突變是突變的ALDH1A3基因或ALDH1A3蛋白：c.521G>A、p.Cys174Tyr。

技術領域

本發明涉及遺傳性眼科疾病領域，具體而言涉及小眼畸形領域。

背景技術

小眼畸形（microphthalmia）和無眼畸形（anophthalmia）是一種罕見的眼科類畸形病，表現為明顯的小眼球或無眼球。無眼畸形是指眶內的眼組織缺失，完全沒有眼球、眼瞼、結膜、睫毛和淚器。小眼畸形是指眼眶內的眼球畸形，包括形態、體積和結構的畸形，角膜直徑一般小于10mm，眼球前后軸直徑小于20mm，部分眼附屬器和眼瞼可表現為正常。小眼畸形和無眼畸形通常雙側發病，單獨的小眼畸形也常以單側發病出現。它們可以單一發病也可以是某綜合征的一部分，調查顯示約50%的小眼畸形或無眼畸形患者還伴隨有其他畸形。

無眼畸形發病率為3/100000，而小眼畸形的發病率為14/100000，其綜合發病率在17/100000左右。并且在失明兒童中，由小眼畸形引起的部分高達11%。

小眼畸形和無眼畸形的診斷標準是指眼球的全軸長(total axial length,TAL)小于該年齡段正常均值2個標準差。眼球后部長度(posterior segment length,PSL)是小眼畸形和無眼畸形的診斷的一個重要指標，小眼畸形的嚴重度取決于PSL潛在的畸形程度。該類疾病的精確診斷往往需要將臨床檢查和超聲、CT以及MRI等輔助檢查手段相結合。

小眼畸形和無眼畸形的可能致病原因有很多，包括染色體結構變異、單基因突變和環境因素影響。其中單基因因素中，大部分病例都被報道與SOX2基因上的突變相關，除此之外ALDH1A3、PAX6、OTX2等與眼睛發育相關的基因上的一些突變均被證實會導致小眼畸形和無眼畸形的發生，但已知的致病基因仍然只能解釋<40%的情況，因此對小眼畸形和無眼畸形遺傳機理的研究還有待深入。

介于小眼畸形和無眼畸形復雜的致病機理和嚴重的遺傳異質性，本領域仍需要發現小眼畸形和無眼畸形相關的基因突變，以及檢測小眼畸形和無眼畸形的方法。

發明內容

本發明涉及到的一個患病家系，為近親結婚家系。眼科檢測顯示家系內有三個患有不同程度的小眼畸形或無眼畸形同父異母患者，一個表型正常的兄弟和一個患有色素性視網膜炎的兄弟，父母正常。

本發明人經過不懈的努力，發現了小眼畸形和無眼畸形致病基因的新突變，并由此提供了下述發明：

本發明涉及小眼畸形和無眼畸形致病基因突變，具體為：ALDH1A3基因c.521G>A(p.C174Y)。

在第一方面，本發明涉及小眼畸形和無眼畸形的生物標記物，即突變的ALDH1A3基因或ALDH1A3蛋白，所述生物標記物是具有選自如下的突變基因或蛋白：

ALDH1A3基因c.521G>A(p.C174Y)。

在一個實施方案中，本發明的突變ALDH1A3基因為具有以下突變的SEQ ID NO:1：c.521G>A。

在第二方面，本發明涉及一種小眼畸形和無眼畸形的檢測方法，所述方法包括檢測受試者的ALDH1A3基因或ALDH1A3蛋白中是否存在突變位點，如果有純合突變位點，則所述受試者被鑒定為患有小眼畸形和無眼畸形或易患小眼畸形和無眼畸形，或者其后代會患有小眼畸形和無眼畸形或易患小眼畸形和無眼畸形，所述突變位點為ALDH1A3基因c.521G>A(p.C174Y)。

在一個實施方案中，ALDH1A3基因為SEQ ID NO:1的序列表示。

在一個實施方案中，本發明的檢測小眼畸形和無眼畸形的方法包括如下引物擴增的步驟：