[發明專利]包括3895C>T突變的CYP2D6基因片段、所編碼的蛋白質片段及其應用

有效

• 申請號: 201310407836.9
• 申請日: 2013-09-09
• 公開（公告）號: CN103627715A
• 公開（公告）日: 2014-03-12
• 發明（設計）人: 蔡劍平;胡國新;戴大鵬;耿培武;蔡杰
• 申請（專利權）人: 蔡劍平
• 主分類號: C12N15/53
• 分類號: C12N15/53;C12N15/11;C12Q1/68;C12N9/02
• 代理公司: 北京邦信陽專利商標代理有限公司 11012
• 代理人: 陳悅軍

1.核酸片段，所述核酸片段包含對應于SEQ?ID?NO.1的第3895位的突變位點，且是SEQ?ID?NO.1所示的核苷酸序列中的至少10個連續核苷酸，其中第3895位的核苷酸是T；或者所述核酸片段包含對應于SEQ?ID?NO.2的第1270位的突變位點，且是SEQ?ID?NO.2所示的核苷酸序列中的至少10個連續核苷酸，其中第1270位的核苷酸是T；或者為上述核酸片段的反向互補序列。

2.根據權利要求1所述的核酸片段，其特征在于，所述核酸片段的長度是10-100、101-200、201-500或501-1000個核苷酸；優選地，所述核酸片段的長度是10-20、21-30、31-40、41-50、51-60、61-100或101-300個核苷酸；進一步優選地，所述核酸片段是SEQ?ID?NO.1、2或14-18所示的序列。

3.等位基因特異性寡核苷酸，所述寡核苷酸與含有對應于SEQ?ID?NO.1的第3895位或對應于SEQ?ID?NO.2的第1270位的突變位點的等位基因片段或其反向互補序列全部或部分雜交，其中SEQ?ID?NO.1的第3895位或SEQ?ID?NO.2的第1270位的突變位點的核苷酸是T；所述等位基因片段是SEQ?ID?NO.1或SEQ?ID?NO.2所示的核苷酸序列中的至少10個連續核苷酸或其反向互補序列。

4.根據權利要求3所述的等位基因特異性寡核苷酸，其特征在于，所述寡核苷酸是探針或引物；優選地，當所述寡核苷酸是探針時，所述寡核苷酸的長度是5-100個核苷酸；當所述寡核苷酸是引物時，所述寡核苷酸的長度是15-40個核苷酸；優選地，當所述寡核苷酸是探針時，所述突變位點位于探針序列的中心或大約中心處；當所述寡核苷酸是引物時，所述突變位點位于引物的3’末端。

5.根據權利要求4所述的等位基因特異性寡核苷酸，其特征在于，所述寡核苷酸是如SEQ?ID?NO.19-23所示的序列。

6.一種用于檢測和/或分析單堿基突變的試劑盒，包括根據權利要求1或2所述的核酸片段或根據權利要求3-5任一項所述的等位基因特異性寡核苷酸，或包含能夠作為引物擴增所述單堿基突變但不包含該單堿基的核酸片段；所述單堿基對應于SEQ?ID?NO.1的第3895位或SEQ?ID?NO.2的第1270位；優選地，所述試劑盒包含SEQ?ID?NO.6和/或SEQ?ID?NO.7和/或SEQ?ID?NO.13所示的序列片段。

7.根據權利要求1或2所述的核酸片段或根據權利要求3-5任一項所述的等位基因特異性寡核苷酸在檢測CYP2D6基因突變中的應用，其中所述核酸片段或寡核苷酸用作探針或引物；或者在制備檢測CYP2D6基因突變的藥物中的應用；或者用作檢測CYP2D6基因突變的檢驗標志物的應用。

8.一種用藥指導，包括檢測待測樣品中CYP2D6基因的對應于SEQ?ID?NO.1的第3895位或SEQ?ID?NO.2的第1270位的堿基，當所述位點的堿基是T時，調整經CYP2D6代謝的藥物的給藥量。

9.一種分析核酸的方法，所述方法包括分析待測樣品中的包含對應于SEQ?ID?NO.1的序列的核酸中對應于第3895位的核苷酸或分析待測樣品中的包含對應于SEQ?ID?NO.2的序列的核酸中對應于第1270位的核苷酸；優選地，所述方法是測序法、限制性片段長度多態性分析或探針雜交法。

10.CYP2D6蛋白或其片段或變異體，所述蛋白序列為SEQ?ID?NO.3所示的序列；所述片段或變異體為SEQ?ID?NO.3所示的C末端氨基酸序列的至少10個連續氨基酸。