[發明專利]一種檢測牛FANCI基因缺失的方法及試劑盒

有效

• 申請號: 201310381613.X
• 申請日: 2013-08-28
• 公開（公告）號: CN104419752A
• 公開（公告）日: 2015-03-18
• 發明（設計）人: 李艷華;朱玉林;喬綠;張勝利;房靈昭;劉林;杜欣悅;王海浪;薛建華;呂小青;吳瑞杰;劉振君
• 申請（專利權）人: 北京奶牛中心
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 關暢

技術領域

本發明屬于生物技術領域，涉及一種用于檢測牛FANCI基因缺失的方法及試劑盒，特別涉及一種用于檢測與牛短脊椎綜合征相關的FANCI基因是否缺失的診斷試劑盒。

背景技術

隨著基因組學研究的深入，人們逐漸認識到幾乎每一個動物都會攜帶一些隱性有害基因，當它們純合時，表現出不同類型的患病癥狀。在奶牛育種中，由于后裔測定、基因組選擇等現代育種技術的應用，在極大地提高了選擇準確性的同時，也潛在地提高了選擇強度；同時又因為人工授精（AI）等繁殖生物技術的應用，使個別優秀種公牛得到廣泛使用，增加了群體的近交系數，降低了有效群體含量。2010年，加拿大奶牛網站（CDN）報道加拿大荷斯坦牛平均近交系數已達到5.87%，娟姍牛為5.92%。在這種情況下，隱性有害基因純合的概率增大，遺傳缺陷也隨之發生，因此每隔幾年就會有一種新的遺傳缺陷出現在某些牛品種中。如在荷斯坦群體中，1990年以來就相繼報道了瓜氨酸血癥（CN）、牛尿苷酸合酶缺乏癥（DUMPS）牛白細胞粘附缺陷癥（BLAD）、牛脊柱畸形綜合征（CVM）等奶牛遺傳缺陷。

2006年，牛短脊柱綜合征（Brachyspina?syndrome，BS）在丹麥荷斯坦牛群中被首次報道，患病牛臨床表現為胚胎早期流產、發育遲緩、四肢細長、頸椎和胸椎嚴重縮短、內臟異常等綜合癥狀，并被初步推斷BS可能是新出現的一種隱性遺傳缺陷。該遺傳缺陷基因的發現引起了各國奶牛育種協會和工作者的廣泛關注，隨后，2008年意大利、2010年德國、2010年加拿大又相繼報道了2、1、1頭BS患病死胎。對歐洲共發現的7個BS患病死胎進行系譜分析，發現均可追溯到一頭共同祖先Sweat?Haven?Tradition（USAM1682485），也進一步證明了BS不僅存在于歐洲荷斯坦牛群體中，同樣存在于北美群體中，另外考慮到BS患病個體涉及到的主要育種家系，可以推斷出BS擴散范圍和影響程度很大。直到2012年，BS遺傳缺陷才被成功的定位在BTA21的FANCI基因上。

BS的分子遺傳機制是牛21號染色體（BTA21）上FANCI（Fanconi?anemia?complementation-group?I）基因上的一段3329bp的缺失突變，導致25、26、27外顯子的丟失，在877位氨基酸位點處發生了結構變化：原本C末端的451個氨基酸的肽鏈被僅含26個氨基酸的殘肽所取代。目前，BS致病基因可以追溯到一頭著名的美國種公牛Sweet?Haven?Tradition（USAM1682485），出生于1974年，但主要通過其兩個兒子Bis-May?Tradition?Cleitus（USAM1879085）和Rothrock?Tradition?Leadman（USAM1983348）進行了擴散。

發明內容

本發明的目的是提供一種用于檢測牛短脊椎綜合征的引物對組。

本發明所提供的用于檢測牛短脊椎綜合征的引物對組，具體由引物對A和引物對B組成，所述引物對A由序列表中序列1和序列2所示的兩條單鏈DNA組成，所述引物對B由序列表中的序列3和序列4所示的兩條單鏈DNA組成。

在本發明中，所述檢測牛短脊椎綜合征具體為：檢測待測牛的基因組中FANCI基因（GenBank：AC_000178.1的第9701-74362位，具體網址如下：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AC_000178.1?report=genbank&from=21124257&to=21208316）是否存在3329bp的大片段缺失。若采用所述引物對A擴增所得產物的核苷酸序列如序列表中序列6所示，則所述待測牛的基因組中FANCI基因存在3329bp的大片段缺失，這說明所述待測牛為牛短脊椎綜合征隱性攜帶者或牛短脊椎綜合征純合子。牛短脊椎綜合征純合子在胚胎早期多數致死，在牛群中很少出現，而且BS純合子表型存在畸形，不需任何檢測手段即可進行識別。本發明的目的就是篩查牛群中短脊椎綜合征隱性攜帶者。

所述引物對組中的四條單鏈DNA在PCR反應體系中的摩爾比為1：1：1：1。

在本發明的一個實施例中，所述引物對組中的每條單鏈DNA在多重PCR反應體系中的終濃度均為240pM。

其中，序列1由25個核苷酸組成；序列2由27個核苷酸組成；序列3為20個核苷酸組成；序列4由20個核苷酸組成；序列5由3738個核苷酸組成；序列6由409個核苷酸組成。