[發明專利]一種腫瘤易感基因的篩查方法

無效

• 申請號: 201310257790.7
• 申請日: 2013-06-26
• 公開（公告）號: CN103290137A
• 公開（公告）日: 2013-09-11
• 發明（設計）人: 伍建
• 申請（專利權）人: 北京邁基諾基因科技有限責任公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種腫瘤易感基因的篩查方法，包括制作腫瘤高頻突變基因掃描試劑盒的方法和遺傳代謝疾病基因的篩查方法：

所述制作腫瘤高頻突變基因掃描試劑盒的方法包括如下步驟：

(1)根據人類基因組HG19，調取如下基因的外顯子序列，即腫瘤高頻突變掃描基因列表：

ABL1ATRXCDKN2ADNMT3AFLT3HRASKDRMLH1NCOA2PAX5PTCH1RUNX1STK11ARID2BAP1CEBPAEGFRFOXL2IDH1KITMLL2NF1PDE4DIPPTENSETD2TET2ARID1ABRAFCICEP300GATA1IDH2KRASMLL3NF2PDGFRAPTPN11SF3B1TGFBR2AKT1BRCA1CREBBPERBB2GATA3IKZF1MAP2K1MPLNOTCH1PHOX2BPTPRCSMAD2TNFAIP3AKAP9BRCA2CSF1RFAM123BGNA11ITKMAP2K2MSH2NOTCH2PIK3CARB1SMAD4TOP1ALKCBLCTNNA1FBXW7GNAQJAK2MAP2K4MSH6NPM1PIK3R1RETSMARCA4TP53APCCDC73CTNNB1FUBP1GNASJAK3MED12MYD88NRASPOLR3ARNF213SMARCB1TSHRASXL1CDH1CYLDFGFR2GRIN2AKDM6AMEN1MYH11NSD1PPP2R1ARNF43SMOUTXATMCDK12DAXXFGFR3HMF1AKDM5CMETMYST4NTRK1PRKAR1AROS1SOCS1VHL

(2)對每個區域中非重復區域設計60bp的探針序列，每個序列沿著基因位置挪動設計，探針之問的挪動大小3bp；

(3)采用原位合成技術，在芯片上大量合成設計的探針，并利用多聚酶鏈式反應或轉錄的方法擴增出大量的帶有生物術標記的探針，并制作腫瘤高頻突變基因掃描試劑盒；

所述腫瘤突變基因的篩查方法包括如下步驟：

從病人血液中提取3-5ug?DNA，并將其打斷，擴增，從而構建病人的全基因組文庫，然后利用所述腫瘤高頻突變基因掃描試劑盒將目的基因捕獲出來，再采用測序儀進行高通量測序，進而分析，找出這些疾病相關基因的所有突變信息，從而得到找到個體腫瘤高頻突變基因的變異情況，以達到準確基因診斷的目的。

2.根據權利要求1所述的一種腫瘤易感基因的篩查方法，其特征在于：采用測序儀進行高通量測序，分析的過程包括SNP分析過程、InDel分析流程和大片段擴增確實分析流程；

所述單核苷酸多態性分析過程包括如下步驟：

(1)測序儀獲取原始短序列；

(2)去除測序數據中的接頭和低質量數據；

(3)把短序列定位到人類基因組數據相應的位置上；

(4)統計測序結果信息，短序列數量、目標區域覆蓋大小、平均測序深度等；

(5)過濾低質量值和低覆蓋度的單核苷酸；

(6)利用CCDS、人類基因組數據庫、dbSNP信息對單核苷酸進行注釋，確定突變位點發生的基因、坐標、mRNA位點、氨基酸改變、單核苷酸功能、SIFT預測單核苷酸影響蛋白功能預測；

(7)根據疾病樣品和正常樣品信息，選出疾病樣品所共有的而在正常組中不存在的單核苷酸作為候選的單核苷酸，在候選的單核苷酸中去除掉在dbSNP、HAPMAP、1000人類基因組、其他外顯子測序項目中出現的單核苷酸。同時，過濾掉SIFT預測對蛋白功能無影響的單核苷酸作為最后疾病相關的候選單核苷酸；

所述插入缺失標記分析流程包括如下步驟

(1)把去除接頭序列和低質量的測序數據比對到人類基因組上；

(2)找出序列中所含有的插入/缺失的信息；

(3)利用CCDS、人類基因組數據庫、dbSNP信息對InDel進行注釋，確定突變位點發生的基因、坐標、mRNA位點、編碼區域序列的改變、對氨基酸的影響、InDel功能；

(4)根據疾病樣品和正常樣品信息，選出疾病樣品所共有的而在正常組中不存在的InDel作為候選的InDels，在候選的InDels中去除掉在dbSNP、其他外顯子測序項目中出現的InDel，最后篩選出疾病相關的候選InDels；

所述大片段擴增確實分析流程包括如下步驟：

(1)測序儀獲取原始短序列；

(2)去除測序數據中的接頭和低質量數據；

(3)把短序列定位到人類基因組數據相應的位置上；

(4)統計目標區域覆蓋大小，然后根據每個目標區域位點的位置信息為橫坐標，每個位置相應的覆蓋度為縱坐標作圖，得出擴增和缺失的分析圖。