[發明專利]西瓜抗枯萎病基因Fon-1連鎖的SNP位點及標記

有效

• 申請號: 201310052303.3
• 申請日: 2013-02-18
• 公開（公告）號: CN103146691A
• 公開（公告）日: 2013-06-12
• 發明（設計）人: 許勇;張屹;張海英;郭紹貴;任毅;宮國義;張潔;孫宏賀
• 申請（專利權）人: 北京市農林科學院;北京京研益農科技發展中心
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12N15/10
• 代理公司: 北京國林貿知識產權代理有限公司 11001
• 代理人: 李桂玲;孔祥玲

1.西瓜抗枯萎病基因Fon-1連鎖的SNP位點及標記，其特征在于：該標記具有序列表中的SEQ?ID?NO:1~8的核苷酸堿基序列。

2.西瓜抗枯萎病基因Fon-1連鎖的SNP位點及標記方法的獲取方法，該標記具有序列表中的SEQ?ID?NO:1~8的核苷酸堿基序列，該獲取方法包括如下步驟：

A、供試材料選?。哼x取供試材料；

B、所述的西瓜抗枯萎病基因Fon-1的初步定位：

對所述供試材料進行苗期抗病接種鑒定，得到抗、感池材料；利用集團混合分析法，提取其基因組DNA，構建抗、感DNA池，

對西瓜高密度遺傳圖譜中的SSR/Indel標記以及根據父母本基因組重測序信息中的差異位點自行設計dCAPS標記進行篩選，獲取與目標性狀連鎖的標記；再對所述的與目標性狀連鎖標記進行遺傳連鎖分析，并結合西瓜高密度遺傳圖譜信息，初步定位目標基因Fon-1區間；

C、候選SNP的獲?。豪梦鞴先蛑販y序結果，對西瓜重測序材料在初步定位基因區間內進行基因組序列比對，獲取與西瓜材料表型性狀完全符合的候選SNP位點；

D、獲得與西瓜抗枯萎病基因Fon-1的緊密連鎖的SNP位點，并對所述的候選SNP位點進行驗證：針對所述的候選SNP位點分別設計CAPS/dCAPS標記，在驗證材料中驗證所述的候選SNP位點，獲得與西瓜抗枯萎病基因Fon-1的緊密連鎖的系列標記。

3.根據權利要求2所述的西瓜抗枯萎病基因Fon-1連鎖的SNP位點及標記的獲取方法，其特征在于：

步驟B中，用于所述的SSR/Indel/dCAPS標記的引物為：

SSR引物WMG00291為：

上游引物序列：5’-GAAAGTTGACAAGCGATCTCAAAA-3’,

下游引物序列：5’-CCAGACCTTCAATTTTATGTCCAA-3’；

dCAPS引物197728_fon為：

上游引物序列：5’-TTCTCAATTCTCATCTCATCCCATC-3’,

下游引物序列：5’-AAAAAAAAACTGAAACCCAAGAAAG-3’。

步驟B中，用于所述的SSR/Indel/dCAPS標記的PCR擴增反應程序為：

階段1：94℃預變性5min；階段2：94℃20s，55℃20s，72℃30s，共循環34次；階段3：72℃延伸5min；階段4：4℃保持。

4.根據權利要求2或3所述的西瓜抗枯萎病基因Fon-1連鎖的SNP位點及標記的獲取方法，其特征在于：

步驟B中，所述的限制內切酶為：Alu?I限制內切酶；

步驟B中，所述的標記酶切位點為：AGCT；

步驟B中，所述的酶切反應程序為：

階段1：37℃酶切12~16h；階段2：65℃酶變性20min；階段3：4℃保持。

5.根據權利要求2所述的西瓜枯萎病生理小種1抗性基因緊密連鎖的SNP位點及標記，其特征在于：

步驟D中，所述的系列候選SNP位點所在西瓜基因組上堿基位置為：西瓜基因組1號染色體堿基位置為208089、458344、459624和502124的SNP位點；

步驟D中，所述的系列候選SNP位點的堿基突變為：208089位點堿基突變為C→G、458344位點堿基突變為G→A、459624位點堿基突變為C→T、502124位點堿基突變為A→G。