[發明專利]互花米草種群的SNP標記的分型方法

無效

• 申請號: 201310046929.3
• 申請日: 2013-02-05
• 公開（公告）號: CN103146817A
• 公開（公告）日: 2013-06-12
• 發明（設計）人: 陳建群;丁靜;王強;許穎;吳娟子
• 申請（專利權）人: 南京大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 南京瑞弘專利商標事務所(普通合伙) 32249
• 代理人: 陳建和

1.一種互花米草種群的SNP標記的分型方法，其特征在于，

步驟如下：

1)種群調查及取樣；

2)DNA提取；

3)測序；

4)篩選種群的目標基因R71；

5)根據目標基因R71設計引物，正向引物如序列表中SEQ?ID?NO：1所示；反向引物如序列表中SEQ?IDNO：2所示；

6)PCR擴增；

7)測序；

8)序列拼接、比對，鑒定記錄單核苷酸多態性位點。

2.根據權利要求1所述的鑒定外來入侵物種互花米草種群的DNA分子標記方法，其特征在于，所述目標基因R71是通過高通量轉錄組測序后篩選得到。

3.根據權利要求1所述的鑒定外來入侵物種互花米草種群的DNA分子標記方法，其特征在于，所述PCR擴增的反應條件為：94℃預變性3min，94℃30s、54℃30s、72℃1.5min，39個循環，72℃延伸10min。

4.根據權利要求1所述的鑒定外來入侵物種互花米草種群的DNA分子標記方法，其特征在于，所述目標基因R71在互花米草種群中有8個SNP位點，目標基因R71基因片段如序列表中SEQ?ID?NO：3所示，其中8個SNP位點分別位于73、117、135、179、224、230、254、616。

5.根據權利要求2所述的鑒定外來入侵物種互花米草種群的DNA分子標記方法，其特征在于，高通量轉錄組測序的方法：提取樣本總RNA，用Oligo(dT)的磁珠富集分離mRNA，合成雙鏈cDNA，構建轉錄組測序文庫，插入片段長度約為500bp,在illumina?HiSeq2000測序儀上進行高通量測序，使用Trinity軟件對測序片段進行拼接，從而得到基因序列。