[發明專利]一種鑒定外來入侵物種互花米草種群的DNA分子標記方法無效

申請號：	201310046894.3	申請日：	2013-02-05
公開（公告）號：	CN103146816A	公開（公告）日：	2013-06-12
發明（設計）人：	陳建群;許穎;王強;丁靜;吳娟子	申請（專利權）人：	南京大學
主分類號：	C12Q1/68	分類號：	C12Q1/68
代理公司：	南京瑞弘專利商標事務所(普通合伙) 32249	代理人：	陳建和
地址：	210093 江***	國省代碼：	江蘇;32
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摘要：
搜索關鍵詞：	一種鑒定外來入侵物種互花米草種群 dna 分子標記方法
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【說明書】：

技術領域

本發明屬于生態工程技術領域，涉及一種鑒定外來入侵物種互花米草種群的DNA分子標記方法。

背景技術

外來生物入侵已成為當今環境保護中最為迫切的問題之一，其對世界各國的經濟、生態、社會安全以及國際貿易都有著十分重要的影響。美國每年直接或間接用于入侵物種管理的費用就高達1370億美元。中國同樣也已成為全球遭受外來物種入侵危害最嚴重的國家之一，已發現外來入侵物種488種，其中50余種位列世界自然保護聯盟公布的全球100種最具威脅外來物種，每年造成的直接經濟損失達1200億元，治理投入更是難以估算。近年來入侵我國的外來生物更是呈現出傳入數量增多、傳入頻率加快、蔓延范圍擴大、發生危害加劇、經濟損失加重等趨勢。因此，生物入侵問題越來越受到世人的關注，包括其成因、危害及控制技術等諸多方面。但目前，大部分的研究主要集中在競爭性排斥、生態位替代、生物學特性、化感、捕食、寄生等生態過程，缺乏對其種群動態、快速適應與進化模式、快速入侵與擴張動力等入侵機制方面的理解。

DNA分子標記（DNA?molecular?markers）本質上是指能反映生物個體或種群間基因組中某種差異特征的DNA片段，也即基因型在DNA水平上的表現形式。這種DNA片段是基因組DNA經限制性內切酶切割，或分子雜交后在電泳凝膠上檢測得到的。目前DNA分子標記技術主要包括三類：（1）以分子雜交為基礎的，如RFLP、VNTR等；（2）以PCR技術為基礎的，如RAPD、AFLP、DAF、STS、SSR、SCAR等；（3）利用DNA芯片、直接測序等方法檢測單核苷酸多態性（SNP）。單核苷酸多態性是指同一位點的不同等位基因之間僅有個別核苷酸的差異或只有小的插入、缺失等。從分子水平上對單個核苷酸的差異進行檢測，單核苷酸多態性標記可幫助區分個體間遺傳物質的差異。

隨著分子標記技術的成熟及其在分子生態學中的廣泛應用，外來物種入侵機理日益成為國際上研究的重點。大量的研究表明外來入侵種能在如此短的時間內迅速地做出適應性的進化，可能與其自身的遺傳結構密切相關。因而，在外來入侵物種上，亟需一種能夠有效揭示外來入侵物種遺傳本質的方法。

互花米草（Spartina?alterniflora）是一種原產北美大西洋沿岸的多年生草本植物。因其促淤造陸和消浪護堤作用顯著而被許多國家引種。1979年，南京大學從美國東南部的北卡羅萊納、喬治亞和佛羅里達引種了3種不同生態型互花米草至福建羅源灣，隨后擴大分布至我國海岸潮間帶遼寧丹東以南的廣大區域，并取得了一定的生態和經濟效益。但作為外來物種，其強大的繁殖能力和高大密集的種群特征，對我國沿海灘涂地區的生態系統、生物多樣性和水產養殖產生了較大的負面影響，2003年被環保總局列入我國第一批16種外來入侵物種名單。因此，對其入侵過程和擴張機制的研究已刻不容緩。本發明以列入中國首批外來入侵物種的互花米草為對象，在整個基因組內批量尋找多態性位點，全面評估外來入侵物種的多樣性，并揭示其遺傳本質和入侵機制，為進一步研究和控制外來入侵物種提供有力的技術支持。

發明內容

本發明的目的是提供一種鑒定外來入侵物種互花米草的分子標記方法，能夠在基因組序列信息較少的情況下，獲得大量的核苷酸多態性標記，發現引入的不同種群之間存在的遺傳變異，為揭示其遺傳本質和入侵機制，進一步研究和控制外來入侵物種提供有力的技術支持。

本發明的目的是通過以下技術方案實現的：

一種鑒定外來入侵物種互花米草種群的DNA分子標記方法，步驟如下：

1)種群調查及取樣；

2)DNA提取；

3)測序；

4)篩選目標基因R52；

5)根據目標基因R52設計引物，正向引物如序列表中SEQ?ID?NO：1所示；反向引物如序列表中SEQ?ID?NO：2所示；

6)PCR擴增；

7)測序；

8)序列拼接、比對，鑒定記錄單核苷酸多態性位點。