[發(fā)明專利]一種鑒定外來入侵物種互花米草種群的DNA分子標(biāo)記方法

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201310046894.3
• 申請日: 2013-02-05
• 公開（公告）號: CN103146816A
• 公開（公告）日: 2013-06-12
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 陳建群;許穎;王強(qiáng);丁靜;吳娟子
• 申請（專利權(quán)）人: 南京大學(xué)
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 南京瑞弘專利商標(biāo)事務(wù)所(普通合伙) 32249
• 代理人: 陳建和

1.一種鑒定外來入侵物種互花米草種群的DNA分子標(biāo)記方法，其特征在于，

步驟如下：

1)種群調(diào)查及取樣；

2)DNA提取；

3)測序；

4)篩選種群的目標(biāo)基因R52；

5)根據(jù)目標(biāo)基因R52設(shè)計(jì)引物，正向引物如序列表中SEQ?ID?NO：1所示；反向引物如序列表中SEQ?ID?NO：2所示；

6)PCR擴(kuò)增；

7)測序；

8)序列拼接、比對，鑒定記錄單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的鑒定外來入侵物種互花米草種群的DNA分子標(biāo)記方法，其特征在于，所述目標(biāo)基因R52是通過高通量轉(zhuǎn)錄組測序后篩選得到。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的鑒定外來入侵物種互花米草種群的DNA分子標(biāo)記方法，其特征在于，所述PCR擴(kuò)增的反應(yīng)條件為：94℃預(yù)變性3min，94℃30s、54℃30s、72℃1.5min，37個(gè)循環(huán)，72℃延伸10min。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的鑒定外來入侵物種互花米草種群的DNA分子標(biāo)記方法，其特征在于，所述目標(biāo)基因R52在互花米草種群中有8個(gè)SNP位點(diǎn)，目標(biāo)基因R52基因片段如序列表中SEQ?ID?NO：3所示，其中8個(gè)SNP位點(diǎn)分別位于118、212、251、305、578、869、934、962。

5.根據(jù)權(quán)利要求2所述的鑒定外來入侵物種互花米草種群的DNA分子標(biāo)記方法，其特征在于，高通量轉(zhuǎn)錄組測序的方法：提取樣本總RNA，用Oligo(dT)的磁珠富集分離mRNA，合成雙鏈cDNA，構(gòu)建轉(zhuǎn)錄組測序文庫，插入片段長度約為500bp,在illumina?HiSeq2000測序儀上進(jìn)行高通量測序，使用Trinity軟件對測序片段進(jìn)行拼接，從而得到基因序列。