[發明專利]使用全基因組序列的生物細胞評估以及使用所述全基因組序列的腫瘤學治療規劃

在審

• 申請號: 201280069231.7
• 申請日: 2012-11-29
• 公開（公告）號: CN104106072A
• 公開（公告）日: 2014-10-15
• 發明（設計）人: B·查克拉巴蒂;R·辛格;S·庫馬爾
• 申請（專利權）人: 皇家飛利浦有限公司
• 主分類號: G06F19/18
• 分類號: G06F19/18
• 代理公司: 永新專利商標代理有限公司 72002
• 代理人: 李光穎;王英

技術領域

以下涉及醫療領域、腫瘤學領域、基因組領域以及有關領域。具體參考腫瘤學的腫瘤勾勒應用描述了本發明；然而，以下更普遍地可應用于醫學或獸醫的研究和開發、篩選、診斷、轉移的臨床監測或其他狀況、介入規劃以及針對腫瘤學狀況和其他不利狀況的其他醫學或獸醫的應用。

背景技術

當正常的身體細胞突變或以其他方式轉變成以不受控制的方式分裂并且繁殖的癌細胞時，出現癌癥。在一些癌癥中，癌細胞至少初始時保持受位置限制，以便形成惡性腫瘤，其常常利用微滲透侵入周圍的組織。此時，有時能夠通過移除腫瘤來處置癌癥；然而，這樣的移除應當是完全的，否則剩余的癌細胞能夠繼續繁殖并且導致癌癥的復發。除了手術移除之外，還可以應用輔助治療和/或新輔助治療，諸如，輻射治療、化學治療等，這可以解決惡性組織移除的任何不完全性。當癌癥變得不受位置限制并且通過血流或通過淋巴系統擴散到身體的大部分時，它就發生了轉移。通常通過給予藥物(化學治療)或以輻射性植入物形式的輻射(近距離放射治療)或者直接施加電離輻射(輻射治療)來處置轉移癌癥。也可以在轉移之前使用這些技術，在手術移除惡性腫瘤禁忌的情況下替代手術腫瘤移除，或者作為手術腫瘤移除的補充，以剔除腫瘤移除之后剩余的任何癌細胞。

用于癌癥識別的已知工具是基因分析。通常，這必需執行基因分型，以識別可疑細胞是否包括臨床研究中已表明與癌癥的類型相關的具體基因變異體或變異體的組合。正在進行的腫瘤學研究在持續擴展這樣的基因簽名的數據庫，以識別癌癥的各種類型。

這些基因途徑的有效性根據如下條件而定：對于調查中的對象(例如，人類腫瘤學患者或獸醫腫瘤學對象)的具體癌癥狀況，存在已知的基因簽名。可能并非始終都是這種情況。實際與癌癥有關的一些變異體可以是新的(例如，對具體對象具有特異性，并且在患有該癌癥的患者池中通常不被觀察到)，或者可以具有群體特異性(例如，對具體種族、性別、地理區域等具有特異性)。

盡管在腫瘤學文獻中識別的變異體-癌癥相關性的數量一直在擴展，在原則上，這應當會提高用于癌癥診斷的基因分析的有效性，但是在實踐上有局限性。采用新公布的變異體以進行臨床診斷和監測能夠由于驗證的憂慮和/或由于政府監管滯后而被推遲。此外，由于必須采集和測試越來越多的變異體，越大的變異體數據庫轉化為越長的處理時間。使用先進的測序技術通過采集全基因組序列(WGS)能夠減少采集延遲。然而，通過WGS采集沒有減少下游處理延遲。

此外，變異體數據庫不能夠涵蓋發生在癌癥池中太小以至于在臨床研究中統計上不可檢測的部分中的唯一(或接近唯一)的變異體。較大的變異體數據庫還增大了引起歧義或不可調和的數據的可能性，諸如研究對具體變異體與具體癌癥之間的相關性(或缺乏相關性)得出矛盾的結論。在這種情況下，現有的基因分析不太可能得出臨床上有用的結果。

下文預期了克服前述局限性和其他局限性的改進的裝置和方法。

發明內容

根據一個方面，一種方法包括：處理從對象采集的可疑組織樣本，以生成可疑全基因組序列；處理從對象采集的正常組織樣本，以生成正常全基因組序列；計算對可疑全基因組序列與正常全基因組序列進行比較的全基因組序列比較度量(comparison?metric)；以及，基于計算出的全基因組序列比較度量來識別可疑組織樣本是否包括癌癥組織。

根據另一方面，一種存儲指令的非暫態存儲介質，所述指令可由電子數據處理設備執行，以執行在前一段中闡述的方法。根據另一方面，一種裝置包括電子數據處理設備，所述電子數據處理設備被配置為執行在前一段中闡述的方法。根據另一方面，前一段中闡述的方法還包括：在腫瘤中或腫瘤附近的多個采樣位置處采集來自對象的組織樣本；記錄采樣位置；針對每個組織樣本執行處理、計算和識別；以及，基于所述識別和所記錄的采樣位置來勾勒腫瘤的邊界。

根據另一方面，一種方法包括：基于組織樣本的基因測試對在對應于癌癥的腫瘤中或腫瘤附近的采樣位置處從對象采集的組織樣本進行分類；以及，基于分類和對樣本被采集的采樣位置的了解來勾勒腫瘤的邊界。

根據另一方面，一種方法包括：在腫瘤中或腫瘤附近從對象采集多個檢驗組織樣本；記錄檢驗組織樣本的采樣位置；基于檢驗組織樣本的基因測試將對應于癌癥的每個檢驗組織樣本進行分類；以及，基于檢驗組織樣本的分類和所記錄的采樣位置來勾勒腫瘤的邊界。

一個優點在于提供了基于具有足夠快的用于時間要求苛刻的臨床應用(諸如，為介入腫瘤學過程做準備的腫瘤勾勒)的WGS數據的癌細胞識別。