[發明專利]用于監測對抗SMAD7療法的反應性的方法

在審

• 申請號: 201280056296.8
• 申請日: 2012-09-14
• 公開（公告）號: CN104040349A
• 公開（公告）日: 2014-09-10
• 發明（設計）人: 喬瓦尼·蒙泰萊奧內;弗朗西斯卡·維蒂;塞爾瓦托·貝利尼亞
• 申請（專利權）人: 諾格爾制藥有限公司
• 主分類號: G01N33/68
• 分類號: G01N33/68;G01N33/50
• 代理公司: 北京泛誠知識產權代理有限公司 11298
• 代理人: 陳波;吳立

對相關申請的參考

本申請要求2011年9月15日提交的歐洲申請EP?11425234.9的利益和2011年12月16日提交的美國申請61/576,556的利益，所述申請的全部公開內容在此通過引用并入本申請用于所有目的。

背景技術

炎癥性腸病(IBD)是胃腸道的慢性炎性障礙，在美國有大約一百萬人患有此病。IBD的兩種最常見形式是克羅恩病(CD)和潰瘍性結腸炎(UC)。盡管CD能夠影響整個胃腸道，但它主要影響回腸(小腸的遠端或下部)和大腸。UC主要影響結腸和直腸。當前用于CD和UC兩者的治療包括氨基水楊酸酯類(例如5-氨基水楊酸、柳氮磺胺吡啶和美沙拉嗪)、抗生素(例如環丙沙星和甲硝唑)、皮質類固醇(例如布地奈德或潑尼松)、免疫抑制劑(例如硫唑嘌呤或甲氨喋呤)和腫瘤壞死因子(TNF)拮抗劑(例如英夫利昔單抗())?；颊邔@些療法的反應隨疾病嚴重性而變，并且它可以隨活動性炎癥和緩解的循環而變。此外，目前用于IBD的許多療法伴有不良的副作用。

盡管CD和UC的病因未知，但兩者都被認為是腸粘膜的炎性疾病。最近的研究證實，TGF-β1起到能夠控制粘膜性腸炎的強力免疫調節劑的作用。TGF-β1結合含有兩個亞基TGF-β1R1和TGF-β1R2的跨膜絲氨酸/蘇氨酸激酶受體異源二聚體。在配體結合后，TGF-β1R1受體被組成性活化的TGF-β1R2受體磷酸化，并通過屬于SMAD家族的蛋白將信號傳導到細胞核。激活的TGF-β1R1直接磷酸化SMAD2和SMAD3蛋白，然后它們與SMAD4相互作用。SMAD2/SMAD3/SMAD4復合體易位到細胞核，并調節某些基因的轉錄。

其他研究證實，另一種SMAD蛋白SMAD7也在炎癥中發揮作用。SMAD7這種細胞內蛋白已被證明干擾SMAD2/SMAD3與TGF-β1R1的結合，阻止這些蛋白的磷酸化和活化。此外，SMAD7蛋白的表達增加與TGF-β1介導的信號傳導的抑制相關。來自于IBD患者的粘膜樣本具有高水平的SMAD7和低水平的磷酸化SMAD3的特征，表明在這些患者中TGF-β1介導的信號傳導受損。

最近的研究聚焦于將SMAD7作為治療患有IBD的患者的靶點。這樣的療法包括抗SMAD7反義療法。就此而言，需求一種基于預測性生物標志物的方法，能用于鑒定患者可能(或不可能)對使用抗SMAD7療法產生反應(respond)。

發明內容

本發明部分地基于下述發現：在來自于患有炎癥性腸病(IBD)(例如克羅恩病或潰瘍性結腸炎)的患者(例如人類患者)的生物(例如血液或組織)樣本中，某些T細胞群體的調節(例如CCR9+FoxP3+T細胞增加，CCR9+IFN-gamma陽性(IFN-γ+)T細胞減少，CCR9+IL17A+T細胞減少，FoxP3+T細胞減少，IFN-γ+T細胞減少和/或IL17A+T細胞減少)與對使用抗SMAD7療法的治療的敏感性相關。

應該認識到，能夠事先或在開始治療后不久預測IBD患者是否可能對使用抗SMAD7療法的治療具有反應性(responsive)是有益的。本文中所描述的細胞群體的調節，能預測抗SMAD7療法對患有IBD的患者的治療效果。有益的是，本發明的方法將最終幫助醫生選擇有效的療法，并改善患者疾病狀態、更好的醫療護理和患者總成本的降低。

因此，第一方面，本發明提供了一種用于確定患有炎癥性腸病(IBD)的患者對使用至少一種抗SMAD7療法的治療的反應性的方法，所述方法包括：

在從所述患者獲得的至少一個樣本中，測定選自由CCR9+FoxP3+T細胞，CCR9+IFN-γ+T細胞，CCR9+IL17A+T細胞，FoxP3+T細胞，IFN-γ+T細胞和IL17A+T細胞所組成的組的至少一種細胞群體的量，

其中在所述至少一個樣本中，相對于所述至少一個細胞群體的已知對照水平，細胞群體CCR9+FoxP3+T細胞的量的增加和/或細胞群體CCR9+IFN-γ+T細胞、CCR9+IL17A+T細胞、FoxP3+T細胞、IFN-γ+T細胞和IL17A+T細胞中至少一個細胞群體的量的減少，預測所述患有IBD的患者對所述抗SMAD7療法的反應性。

應該認識到，“確定患者的反應性”包括：預測或監測患有IBD的患者對使用至少一種抗SMAD7療法的治療的有效性或反應性。

適合情況下，所述樣本是生物樣本。

在本發明方法的優選實施方式中，鑒定兩種或更多種下列調節，以幫助確定所述患者對所述療法的反應性：