[發明專利]用于治療和診斷結直腸癌的方法和組合物

在審

• 申請號: 201280051848.6
• 申請日: 2012-08-31
• 公開（公告）號: CN103907022A
• 公開（公告）日: 2014-07-02
• 發明（設計）人: 克倫·查普曼;約瑟夫·瓦格納;邁克爾·韋斯特;詹妮弗·洛麗·基德;瑪麗亞·普倫德斯;馬庫斯·拉徹
• 申請（專利權）人: 昂科賽特公司
• 主分類號: G01N33/48
• 分類號: G01N33/48
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 李志東

本申請要求2011年8月31日提交的美國臨時申請61/529,525的優先權，該臨時申請的整個內容據此以引用方式并入。

技術領域

技術領域涉及癌癥以及癌癥的診斷和治療。

發明背景

癌癥的早期檢測可影響治療結果和疾病進展。通常，癌癥檢測依賴于得自活組織檢查、x光、CAT掃描、NMR等的診斷信息。這些程序可能是侵入性、耗時而又昂貴的。此外，它們就靈敏性和特異性而言存在局限。在癌癥診斷領域存在對高特異性、高靈敏性、快速、低成本和相對非侵入性的癌癥診斷方法的需要。在下文所述的本發明的各種實施方案滿足此需要以及在癌癥診斷和治療領域存在的其他需要。

發明概要

本公開的實施方案提供例如結直腸癌的癌癥的診斷、預后和治療方法。其他實施方案提供與諸如結直腸癌的癌癥的診斷、預后和治療相關的組合物。

在某些實施方案中，本發明提供檢測受試者中的結直腸癌的方法，其包括：a)從受試者獲得樣品；b)將得自受試者的樣品與檢測由結直腸癌細胞表達的一種或多種標記物的一種或多種試劑接觸；c)將非癌性細胞與得自b)的所述一種或多種試劑接觸；以及d)將得自受試者的樣品中的標記物表達水平與非癌性細胞中的表達水平進行比較，其中與非癌性細胞相比樣品中標記物的表達水平更高表明受試者患有結直腸癌。

在某些實施方案中，本發明提供檢測受試者中的結直腸癌的方法，其包括：a)從受試者獲得樣品；b)將得自受試者的樣品與檢測表1中所列標記物中的至少一種的表達的一種或多種試劑接觸；c)將非癌性細胞與得自b)的所述一種或多種試劑接觸；以及d)將得自受試者的樣品中表1所列標記物中的一種或多種的表達水平與非癌性細胞中表1所列標記物中的一種或多種的表達水平進行比較，其中與非癌性細胞相比得自受試者的樣品中表1所列標記物中的一種或多種的表達水平更高表明受試者患有結直腸癌。

在一些實施方案中，本發明提供檢測受試者中的結直腸癌的方法，其包括：a)從受試者中獲得樣品；b)將得自受試者的樣品與檢測由選自以下的基因編碼的標記物中的一種或多種的表達的一種或多種試劑接觸：人絲氨酸蛋白酶抑制劑Kazal4型(SPINK4)、人含LINE-1型轉座酶域1(L1TD1)、人溶質運載蛋白家族35成員D3(SLC35D3)、人淋巴細胞抗原6復合物基因座G6D(LY6G6D)、人基質金屬肽酶12(巨噬細胞彈性蛋白酶)(MMP12)、人基質金屬肽酶12(巨噬細胞彈性蛋白酶)(MMP12)、人載脂蛋白B?mRNA編輯酶催化多肽1(APOBEC1)、人dickkopf同源物4(非洲爪蟾)(DKK4)、人NADPH氧化酶1(NOX1)、人基質金屬肽酶11(溶基質素3)(MMP11)、人環指蛋白43(RNF43)、AGENCOURT_10229596NIH_MGC_141人cDNA克隆IMAGE：6563923?5(BU536065)、人KIAA1199(KIAA1199)、人癌胚抗原相關細胞粘附分子5(CEACAM5)、人無剛毛鱗甲復合體同源物2(果蠅屬)(ASCL2)、人絨毛蛋白1(VIL1)、人裸角質膜同源物1(果蠅屬)(NKD1)、預測的：人假想LOC729669(LOC729669)、細胞表面關聯的人粘蛋白17(MUC17)、人背板膠質乙酰酯酶同源物(果蠅屬)(NOTUM)、人膠原XI型α1(COL11A1)、人潘氏細胞特異性防御素α5(DEFA5)、人背板膠質乙酰酯酶同源物(果蠅屬)(NOTUM)、人磷脂酶抑制劑(LOC646627)、人NADPH氧化酶組織者1(NOXO1)、人脂質運載蛋白15(LCN15)、人趨化因子(C-C基序)配體24(CCL24)、人胃泌素釋放肽(GRP)、人妊娠特異性β1糖蛋白1(PSG1)、人封閉蛋白2(CLDN2)、人潘氏細胞特異性防御素α6(DEFA6)、人神經肽S受體1(NPSR1)、人胱抑素SN(CST1)、人角蛋白23(組蛋白脫乙酰酶誘導)(KRT23)、人基質金屬肽酶7(基質溶解素，子宮)(MMP7)、人跨膜結構域4亞家族A成員12(MS4A12)、人角蛋白20(KRT20)或其補體；c)將非癌性細胞與得自b)的所述一種或多種試劑接觸；以及d)比較非癌性細胞中由選自以下的基因編碼的標記物中的一種或多種的表達水平：人絲氨酸蛋白酶抑制劑Kazal4型(SPINK4)、人含LINE-1型轉座酶域1(L1TD1)、人溶質運載蛋白家族35成員D3(SLC35D3)、人淋巴細胞抗原6復合物基因座G6D(LY6G6D)、人基質金屬肽酶12(巨噬細胞彈性蛋白酶)(MMP12)、人基質金屬肽酶12(巨噬細胞彈性蛋白酶)(MMP12)、人載脂蛋白B?mRNA編輯酶催化多肽1(APOBEC1)、人dickkopf同源物4(非洲爪蟾)(DKK4)、人NADPH氧化酶1(NOX1)、人基質金屬肽酶11(溶基質素3)(MMP11)、人環指蛋白43(RNF43)、AGENCOURT_10229596NIH_MGC_141人cDNA克隆IMAGE：6563923?5(BU536065)、人KIAA1199(KIAA1199)、人癌胚抗原相關細胞粘附分子5(CEACAM5)、人無剛毛鱗甲復合體同源物2(果蠅屬)(ASCL2)、人絨毛蛋白1(VIL1)、人裸角質膜同源物1(果蠅屬)(NKD1)、預測的：人假想LOC729669(LOC729669)、細胞表面關聯的人粘蛋白17(MUC17)、人背板膠質乙酰酯酶同源物(果蠅屬)(NOTUM)、人膠原XI型α1(COL11A1)、人潘氏細胞特異性防御素α5(DEFA5)、人背板膠質乙酰酯酶同源物(果蠅屬)(NOTUM)、人磷脂酶抑制劑(LOC646627)、人NADPH氧化酶組織者1(NOXO1)、人脂質運載蛋白15(LCN15)、人趨化因子(C-C基序)配體24(CCL24)、人胃泌素釋放肽(GRP)、人妊娠特異性β1糖蛋白1(PSG1)、人封閉蛋白2(CLDN2)、人潘氏細胞特異性防御素α6(DEFA6)、人神經肽S受體1(NPSR1)、人胱抑素SN(CST1)、人角蛋白23(組蛋白脫乙酰酶誘導的)(KRT23)、人基質金屬肽酶7(基質溶解素，子宮)(MMP7)、人跨膜結構域4亞家族A成員12(MS4A12)、人角蛋白20(KRT20)或其補體，其中與非癌性細胞相比在得自受試者的樣品中由選自以下的基因編碼的標記物中的一種或多種的表達水平更高表明受試者患有結直腸癌：人絲氨酸蛋白酶抑制劑Kazal4型(SPINK4)、人含LINE-1型轉座酶域1(L1TD1)、人溶質運載蛋白家族35成員D3(SLC35D3)、人淋巴細胞抗原6復合物基因座G6D(LY6G6D)、人基質金屬肽酶12(巨噬細胞彈性蛋白酶)(MMP12)、人基質金屬肽酶12(巨噬細胞彈性蛋白酶)(MMP12)、人載脂蛋白B?mRNA編輯酶催化多肽1(APOBEC1)、人dickkopf同源物4(非洲爪蟾)(DKK4)、人NADPH氧化酶1(NOX1)、人基質金屬肽酶11(溶基質素3)(MMP11)、人環指蛋白43(RNF43)、AGENCOURT_10229596NIH_MGC_141人cDNA克隆IMAGE：6563923?5(BU536065)、人KIAA1199(KIAA1199)、人癌胚抗原相關細胞粘附分子5(CEACAM5)、人無剛毛鱗甲復合體同源物2(果蠅屬)(ASCL2)、人絨毛蛋白1(VIL1)、人裸角質膜同源物1(果蠅屬)(NKD1)、預測的：人假想LOC729669(LOC729669)、細胞表面關聯的人粘蛋白17(MUC17)、人背板膠質乙酰酯酶同源物(果蠅屬)(NOTUM)、人膠原XI型α1(COL11A1)、人潘氏細胞特異性防御素α5(DEFA5)、人背板膠質乙酰酯酶同源物(果蠅屬)(NOTUM)、人磷脂酶抑制劑(LOC646627)、人NADPH氧化酶組織者1(NOXO1)、人脂質運載蛋白15(LCN15)、人趨化因子(C-C基序)配體24(CCL24)、人胃泌素釋放肽(GRP)、人妊娠特異性β1糖蛋白1(PSG1)、人封閉蛋白2(CLDN2)、人潘氏細胞特異性防御素α6(DEFA6)、人神經肽S受體1(NPSR1)、人胱抑素SN(CST1)、人角蛋白23(組蛋白脫乙酰酶誘導)(KRT23)、人基質金屬肽酶7(基質溶解素，子宮)(MMP7)、人跨膜結構域4亞家族A成員12(MS4A12)、人角蛋白20(KRT20)或其補體。