[發明專利]用于治療和診斷結直腸癌的方法和組合物

在審

• 申請號: 201280051848.6
• 申請日: 2012-08-31
• 公開（公告）號: CN103907022A
• 公開（公告）日: 2014-07-02
• 發明（設計）人: 克倫·查普曼;約瑟夫·瓦格納;邁克爾·韋斯特;詹妮弗·洛麗·基德;瑪麗亞·普倫德斯;馬庫斯·拉徹
• 申請（專利權）人: 昂科賽特公司
• 主分類號: G01N33/48
• 分類號: G01N33/48
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 李志東

1.一種檢測樣品中的結直腸癌的方法，包括：a)將所述樣品與檢測由選自SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A、SLC35D_1024、MMP7、MMP12、NMU、WNT10A的基因編碼的標記物中的至少一種的表達的一種或多種試劑接觸；b)將非癌性細胞與得自a)的所述一種或多種試劑接觸；以及c)將所述樣品中由選自SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A、SLC35D_1024、MMP7、MMP12、NMU、WNT10A的基因編碼的標記物中的一種或多種的表達水平與所述非癌性細胞中選自SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A、SLC35D_1024、MMP7、MMP12、NMU、WNT10A的標記物中的一種或多種的表達水平進行比較，其中與所述非癌性細胞相比在所述樣品中由選自SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A、SLC35D_1024、MMP7、MMP12、NMU、WNT10A的基因編碼的標記物中的一種或多種的表達水平更高表明所述樣品具有結直腸癌細胞。

2.根據權利要求1所述的方法，其中所述樣品得自受試者。

3.根據權利要求2所述的方法，其中所述受試者為人。

4.根據權利要求3所述的方法，其中所述樣品為體液。

5.根據權利要求4所述的方法，其中所述體液為血清。

6.根據權利要求1所述的方法，其中所述試劑為蛋白。

7.根據權利要求6所述的方法，其中所述試劑為抗體。

8.根據權利要求1所述的方法，其中所述試劑為核酸。

9.根據權利要求8所述的方法，其中所述核酸為DNA分子。

10.根據權利要求8所述的方法，其中所述核酸分子的長度為約10-500個核苷酸。

11.根據權利要求1所述的方法，其中所述試劑具有連接到其上的可檢測物質。

12.根據權利要求1所述的方法，包括：a)將所述樣品與檢測由基因SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A、SLC35D_1024、MMP7、MMP12、NMU、WNT10A編碼的標記物的表達的一種或多種試劑接觸；b)將非癌性細胞與得自a)的所述一種或多種試劑接觸；以及c)將所述樣品中所述標記物的表達水平與所述非癌性細胞中所述標記物的表達水平進行比較，其中與所述非癌性細胞相比在所述樣品中由基因SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A、SLC35D_1024、MMP7、MMP12、NMU、WNT10A編碼的標記物中的至少一種的表達水平更高表明所述樣品具有癌細胞。

13.一種用于檢測樣品中的癌癥的試劑盒，包含特異性結合到由基因SPINK4、L1TD1、LY6G6D、APOBEC1、LOC729669、COL10A、SLC35D_1024、MMP7、MMP12、NMU、WNT10A編碼的分子的多種試劑。

14.根據權利要求14所述的試劑盒，其中所述試劑為核酸分子。

15.根據權利要求15所述的試劑盒，其中所述核酸分子為DNA分子。

16.根據權利要求14所述的試劑盒，其中所述試劑為蛋白。

17.根據權利要求17所述的試劑盒，其中所述蛋白為抗體。

18.根據權利要求14所述的試劑盒，其中所述試劑用可檢測物質標記。

19.一種檢測受試者中的結直腸癌的方法，包括：a)從受試者中獲得樣品；b)將得自所述受試者的所述樣品與檢測由選自以下的基因編碼的標記物中的一種或多種的表達的一種或多種試劑接觸：人絲氨酸蛋白酶抑制劑Kazal4型(SPINK4)、人含LINE-1型轉座酶域1(L1TD1)、人溶質運載蛋白家族35成員D3(SLC35D3)、人淋巴細胞抗原6復合物基因座G6D(LY6G6D)、人基質金屬肽酶12(巨噬細胞彈性蛋白酶)(MMP12)、人基質金屬肽酶12(巨噬細胞彈性蛋白酶)(MMP12)、人載脂蛋白B?mRNA編輯酶催化多肽1(APOBEC1)、人dickkopf同源物4(非洲爪蟾)(DKK4)、人NADPH氧化酶1(NOX1)、人基質金屬肽酶11(溶基質素3)(MMP11)、人環指蛋白43(RNF43)、AGENCOURT_10229596NIH_MGC_141人cDNA克隆IMAGE：6563923?5(BU536065)、人KIAA1199(KIAA1199)、人癌胚抗原相關細胞粘附分子5(CEACAM5)、人無剛毛鱗甲復合體同源物2(果蠅屬)(ASCL2)、人絨毛蛋白1(VIL1)、人裸角質膜同源物1(果蠅屬)(NKD1)、預測的：人假想LOC729669(LOC729669)、細胞表面關聯的人粘蛋白17(MUC17)、人背板膠質乙酰酯酶同源物(果蠅屬)(NOTUM)、人膠原XI型α1(COL11A1)、人潘氏細胞特異性防御素α5(DEFA5)、人背板膠質乙酰酯酶同源物(果蠅屬)(NOTUM)、人磷脂酶抑制劑(LOC646627)、人NADPH氧化酶組織者1(NOXO1)、人脂質運載蛋白15(LCN15)、人趨化因子(C-C基序)配體24(CCL24)、人胃泌素釋放肽(GRP)、人妊娠特異性β1糖蛋白1(PSG1)、人封閉蛋白2(CLDN2)、人潘氏細胞特異性防御素α6(DEFA6)、人神經肽S受體1(NPSR1)、人胱抑素SN(CST1)、人角蛋白23(組蛋白脫乙酰酶誘導)(KRT23)、人基質金屬肽酶7(基質溶解素，子宮)(MMP7)、人跨膜結構域4亞家族A成員12(MS4A12)、人角蛋白20(KRT20)或其補體；c)將非癌性細胞與得自b)的所述一種或多種試劑接觸；以及d)比較所述非癌性細胞中由選自以下的基因編碼的標記物中的一種或多種的表達水平：人絲氨酸蛋白酶抑制劑Kazal4型(SPINK4)、人含LINE-1型轉座酶域1(L1TD1)、人溶質運載蛋白家族35成員D3(SLC35D3)、人淋巴細胞抗原6復合物基因座G6D(LY6G6D)、人基質金屬肽酶12(巨噬細胞彈性蛋白酶)(MMP12)、人基質金屬肽酶12(巨噬細胞彈性蛋白酶)(MMP12)、人載脂蛋白B?mRNA編輯酶催化多肽1(APOBEC1)、人dickkopf同源物4(非洲爪蟾)(DKK4)、人NADPH氧化酶1(NOX1)、人基質金屬肽酶11(溶基質素3)(MMP11)、人環指蛋白43(RNF43)、AGENCOURT_10229596NIH_MGC_141人cDNA克隆IMAGE：6563923?5(BU536065)、人KIAA1199(KIAA1199)、人癌胚抗原相關細胞粘附分子5(CEACAM5)、人無剛毛鱗甲復合體同源物2(果蠅屬)(ASCL2)、人絨毛蛋白1(VIL1)、人裸角質膜同源物1(果蠅屬)(NKD1)、預測的：人假想LOC729669(LOC729669)、細胞表面關聯的人粘蛋白17(MUC17)、人背板膠質乙酰酯酶同源物(果蠅屬)(NOTUM)、人膠原XI型α1(COL11A1)、人潘氏細胞特異性防御素α5(DEFA5)、人背板膠質乙酰酯酶同源物(果蠅屬)(NOTUM)、人磷脂酶抑制劑(LOC646627)、人NADPH氧化酶組織者1(NOXO1)、人脂質運載蛋白15(LCN15)、人趨化因子(C-C基序)配體24(CCL24)、人胃泌素釋放肽(GRP)、人妊娠特異性β1糖蛋白1(PSG1)、人封閉蛋白2(CLDN2)、人潘氏細胞特異性防御素α6(DEFA6)、人神經肽S受體1(NPSR1)、人胱抑素SN(CST1)、人角蛋白23(組蛋白脫乙酰酶誘導)(KRT23)、人基質金屬肽酶7(基質溶解素，子宮)(MMP7)、人跨膜結構域4亞家族A成員12(MS4A12)、人角蛋白20(KRT20)或其補體，其中與所述非癌性細胞相比在得自所述受試者的所述樣品中由選自以下的基因編碼的標記物中的一種或多種的表達水平更高表明所述受試者患有結直腸癌：人絲氨酸蛋白酶抑制劑Kazal4型(SPINK4)、人含LINE-1型轉座酶域1(L1TD1)、人溶質運載蛋白家族35成員D3(SLC35D3)、人淋巴細胞抗原6復合物基因座G6D(LY6G6D)、人基質金屬肽酶12(巨噬細胞彈性蛋白酶)(MMP12)、人基質金屬肽酶12(巨噬細胞彈性蛋白酶)(MMP12)、人載脂蛋白B?mRNA編輯酶催化多肽1(APOBEC1)、人dickkopf同源物4(非洲爪蟾)(DKK4)、人NADPH氧化酶1(NOX1)、人基質金屬肽酶11(溶基質素3)(MMP11)、人環指蛋白43(RNF43)、AGENCOURT_10229596NIH_MGC_141人cDNA克隆IMAGE：6563923?5(BU536065)、人KIAA1199(KIAA1199)、人癌胚抗原相關細胞粘附分子5(CEACAM5)、人無剛毛鱗甲復合體同源物2(果蠅屬)(ASCL2)、人絨毛蛋白1(VIL1)、人裸角質膜同源物1(果蠅屬)(NKD1)、預測的：人假想LOC729669(LOC729669)、細胞表面關聯的人粘蛋白17(MUC17)、人背板膠質乙酰酯酶同源物(果蠅屬)(NOTUM)、人膠原XI型α1(COL11A1)、人潘氏細胞特異性防御素α5(DEFA5)、人背板膠質乙酰酯酶同源物(果蠅屬)(NOTUM)、人磷脂酶抑制劑(LOC646627)、人NADPH氧化酶組織者1(NOXO1)、人脂質運載蛋白15(LCN15)、人趨化因子(C-C基序)配體24(CCL24)、人胃泌素釋放肽(GRP)、人妊娠特異性β1糖蛋白1(PSG1)、人封閉蛋白2(CLDN2)、人潘氏細胞特異性防御素α6(DEFA6)、人神經肽S受體1(NPSR1)、人胱抑素SN(CST1)、人角蛋白23(組蛋白脫乙酰酶誘導)(KRT23)、人基質金屬肽酶7(基質溶解素，子宮)(MMP7)、人跨膜結構域4亞家族A成員12(MS4A12)、人角蛋白20(KRT20)或其補體。