[發(fā)明專利]與黃瓜苦味性狀相關的SNP標記及其應用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201210559855.9
• 申請日: 2012-12-20
• 公開（公告）號: CN103013966A
• 公開（公告）日: 2013-04-03
• 發(fā)明（設計）人: 黃三文;尚軼;張忠華;李穎;馬永碩;齊建建;王深浩;王曄
• 申請（專利權）人: 中國農業(yè)科學院蔬菜花卉研究所
• 主分類號: C12N9/90
• 分類號: C12N9/90;C12N15/61;C12N15/63;C12N1/21;C12N1/19;C12N5/10;C12P33/00;C12N15/11;C12Q1/68;A01H1/04
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王朋飛;張慶敏

技術領域

本發(fā)明涉及基因工程及分子生物學領域，具體地說，涉及一種與黃瓜苦味性狀相關的SNP標記及其應用。?

背景技術

黃瓜的苦味是由一類稱為葫蘆素C的三萜化合物導致的。黃瓜果實中積累葫蘆素C會嚴重影響黃瓜的商品品質。早期的經典遺傳試驗發(fā)現黃瓜的苦味有Bi和Bt兩個基因控制。Bi基因主要控制葉片苦味，Bt基因主要控制黃瓜果實苦味。其中隱性bi基因對Bt基因具有上位效應。但到目前為止，Bi和Bt基因均未被克隆出來。育種學家們?yōu)榱吮苊饪辔秾S瓜品質的干擾，在育種過程中往往依靠品嘗或是經驗等主觀評價方式來鑒定黃瓜品種的苦味。此外，黃瓜葉片或果實的葫蘆素C含量也可以用HPLC進行準確測量，據此判斷黃瓜是否具有苦味。?

依靠經驗或品嘗等主觀評價方式來判斷黃瓜是否具有苦味非常不科學，受個體差異影響較大，不同個體對苦味的反應不盡相同，難以確保結果準確。而利用HPLC測量葫蘆素C的方法結果雖然準確，但測量費用高且樣品準備繁瑣。育種學家們在選育不苦育種材料時需對成千上萬的材料進行鑒定，沒有可操作性，因此該方法一直沒有被采用，僅用于小規(guī)模的科學研究。?

隨著分子數量遺傳學、分子生物學技術的飛速發(fā)展，有關分子遺傳標記和標記輔助選擇的研究被廣泛開展，并在植物育種中應用，產生了巨大的影響。dCAPS（衍生的酶切擴增多態(tài)性序列，derived?cleaved?amplified?polymorphic?sequences）是在PCR技術基礎上發(fā)展起來的，其基本原理是用PCR擴增目的DNA片段，通過在擴增引物中引入錯配堿基，結合SNP位點引入新的限制性內切酶作用位點，用特異?性限制性內切酶消化切割成不同大小片段，直接利用凝膠電泳圖進行分析。用dCAPS法可以將幾乎所有的SNP位點轉化成以PCR為基礎的分子標記。?

分子育種，即分子標記輔助選擇育種，是指利用DNA分子標記對育種材料進行選擇，綜合改良作物的重要經濟性狀，是傳統(tǒng)遺傳育種與現代分子生物學有機結合的育種方法。分子育種為農作物育種開辟了一條新的途徑，隨著現代生物技術的發(fā)展，分子標記在農作物育種中的作用將日益突出。在黃瓜育種中，人們希望選擇與黃瓜苦味性狀密切相關的DNA標記，以實現早期選種和提高育種準確性的目標，從而加快遺傳育種進程。?

發(fā)明內容

本發(fā)明的目的是提供一種與黃瓜苦味性狀相關的SNP標記及其應用。?

本發(fā)明的另一目的是提供用于檢測所述與黃瓜苦味性狀相關的SNP標記的引物對及含有該引物對的試劑盒。?

為了實現本發(fā)明目的，本發(fā)明首先提供一種黃瓜Csa6G088690蛋白，其氨基酸序列如SEQ?ID?No.1所示，或該序列經替換、缺失或添加一個或幾個氨基酸形成的具有同等功能的氨基酸序列。?

本發(fā)明還提供編碼所述Csa6G088690蛋白的基因，其核苷酸序列如SEQ?ID?No.2所示。?

本發(fā)明還提供含有編碼所述Csa6G088690蛋白的基因的載體。?

本發(fā)明還提供含有編碼所述Csa6G088690蛋白的基因的轉基因細胞系。?

本發(fā)明還提供含有編碼所述Csa6G088690蛋白的基因的工程菌。?

本發(fā)明還提供含有編碼所述Csa6G088690蛋白的基因的轉化植物細胞。?

本發(fā)明還提供編碼所述Csa6G088690蛋白的基因在葫蘆素合成?中的應用。?

本發(fā)明還提供編碼所述Csa6G088690蛋白的基因在調控黃瓜苦味性狀中的應用。?

進一步地，本發(fā)明提供一種與黃瓜苦味性狀相關的SNP標記，其位于黃瓜Csa6G088690基因序列第1178bp處，此處堿基為G的黃瓜苦味，此處堿基為A的黃瓜不苦。?

本發(fā)明還提供用于檢測上述與黃瓜苦味性狀相關的SNP標記的引物對，包括正向引物F5’-GAAGATGAAAATAGTCGATATAGAT-3’和反向引物R5’-ATGATATGAATTGCTAGCTAGTTCT-3’。?

本發(fā)明還提供上述與黃瓜苦味性狀相關的SNP標記在鑒定苦味黃瓜品種中的應用，其包括步驟：?

1）提取待測黃瓜的基因組DNA；?

2）以待測黃瓜的基因組DNA為模板，利用上述引物對F和R，進行PCR擴增反應；?

3）檢測PCR擴增產物。?