[發明專利]對多個混合DNA或RNA序列進行基因測序的方法及裝置

有效

• 申請號: 201210472293.4
• 申請日: 2012-11-20
• 公開（公告）號: CN103045726A
• 公開（公告）日: 2013-04-17
• 發明（設計）人: 李周芳;賀建奎;施國寧
• 申請（專利權）人: 南方科技大學;深圳市瀚海基因生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12M1/34
• 代理公司: 深圳市威世博知識產權代理事務所(普通合伙) 44280
• 代理人: 何青瓦

1.一種對多個混合的DNA序列進行基因測序的方法，其特征在于，包括：

將M對第一上游引物序列與第一下游引物序列和免疫細胞群中T淋巴細胞受體TCR和/或B淋巴細胞受體BCR的N個DNA序列的溶液混合，并進行兩個循環的PCR反應，獲得第一PCR產物，其中，所述M和N是自然數，M大于或等于一百倍的N，所述第一上游引物序列或第一下游引物序列從5’端到3’端依次包含接頭序列、標簽序列以及第一上游基礎引物序列或第一下游基礎引物序列，每對第一上游引物序列與第一下游引物序列的標簽序列使得每個DNA序列經過PCR反應后具有不同于其它DNA序列的標簽序列，所述接頭序列是使每個DNA序列同等地進行PCR反應的序列，所述第一上游基礎引物序列與第一下游基礎引物序列分別與所述DNA序列兩條單鏈的3’末端互補；

對所述第一PCR產物進行分離純化，獲得第一DNA產物，所述第一DNA產物的每條單鏈的兩端均包含所述第一上游引物序列與第一下游引物序列的互補序列，或包含所述第一上游引物序列的互補序列與第一下游引物序列；

將所述獲得的第一DNA產物與第二上游引物序列和第二下游引物序列的溶液混合，并進行二十五至四十個循環的PCR反應，獲得第二PCR產物，其中，所述第二上游引物序列包含所述第一上游引物序列中的接頭序列，所述第二下游引物序列包含所述第一下游引物序列中的接頭序列；

對所述第二PCR產物進行分離純化，獲得第二DNA產物；

對所述第二DNA產物進行基因測序，并分析測序結果，獲得每個DNA序列的測序結果。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述接頭序列包括測序引物序列、測序公司標識序列以及測序公司接頭序列，所述測序引物序列、測序公司標識序列以及測序公司接頭序列順序連接，所述測序引物序列連接所述第一上游引物序列或第一下游引物序列的標簽序列，所述測序公司標識序列用于區別來自不同樣本的多個DNA序列。

3.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，所述第二上游引物序列包含所述第一上游引物序列中的測序公司接頭序列，所述第二下游引物序列包含所述第一下游引物序列中的測序公司接頭序列。

4.根據權利要求1至3任一項所述的方法，其特征在于，所述標簽序列的堿基個數是八個，或者七個，或者六個。

5.根據權利要求1至3任一項所述的方法，其特征在于，所述對第二DNA產物進行基因測序，并分析測序結果，獲得每個DNA序列的測序結果的步驟，包括：

對所述第二DNA產物進行基因測序，獲得DNA測序結果；

將所述DNA測序結果按照標簽序列進行分類整理，獲得屬于同一個DNA序列的所有的DNA測序結果；

比較所述屬于同一個DNA序列的所有的DNA測序結果，并統計所述所有的DNA測序結果中每個位置出現相同堿基的頻次；

判斷所述每個位置出現相同堿基的頻次是否達到預定的閾值；

若達到預定的閾值，則確定所述屬于同一個DNA序列的所述位置的堿基，按照所述方法，即可確定所述屬于同一個DNA序列的所有位置的堿基。