[發(fā)明專利]用于多態(tài)性的高通量鑒定和檢測的策略

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201210390998.1
• 申請日: 2006-06-23
• 公開（公告）號: CN102925561A
• 公開（公告）日: 2013-02-13
• 發(fā)明（設計）人: M·J·T·范艾克;H·J·A·范德珀爾
• 申請（專利權）人: 科因股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 中國國際貿易促進委員會專利商標事務所 11038
• 代理人: 李英

1.具有3’-T突出端的接頭在減少擴增的DNA樣品的混合加標簽、在減少或者防止DNA樣品的DNA片段的串聯(lián)體形成，和/或在鑒定核酸樣品的多態(tài)性的方法中的用途。

2.權利要求1的用途，其中用于減少擴增的DNA中的混合加標簽的方法包括下述步驟：

-提供DNA樣品，

-用加標簽的擴增引物擴增DNA樣品來生成加標簽的擴增子，

-任選地，提供3’-A突出端到加標簽的擴增子的末端，

-將具有3’-T突出端的接頭與加標簽的擴增子連接。

3.權利要求1的用途，其中用于減少或者防止來自DNA樣品的DNA片段的串聯(lián)體形成的方法包括下述步驟：

-提供來自DNA樣品的DNA片段，

-任選地，平滑化DNA片段來提供平末端的DNA片段，

-任選地，提供3’-A突出端到平末端的DNA片段的末端，

-連接接頭到DNA片段，其中的接頭在與片段連接端含有3’-T突出端。

4.權利要求2或3的用途，其中DNA樣品是復雜度降低的DNA樣品和/或DNA片段是復雜度降低的DNA片段。

5.權利要求3或4的用途，其中片段用（加標簽的）擴增引物擴增而生成擴增子。

6.權利要求2-5中任一項的用途，其中接頭連接的片段或擴增子在固相支持物上接受測序。

7.權利要求1的用途，其中用于鑒定核酸樣品中的一種或多種多態(tài)性的方法包括下述步驟：

a)提供多個目的核酸樣品，

b)對每個樣品實施復雜度降低，提供核酸樣品的多個文庫，

c)將接頭連接到文庫中復雜度降低的核酸樣品，使用的接頭具有3’-T突出端，

d)對所述文庫的至少一部分進行測序，

e)比對獲自步驟d)的每個樣品的序列，

f)測定步驟e)的多個核酸樣品間的一個或多個多態(tài)性，

g)任選地，使用檢測探針篩選目的檢測樣品核酸以鑒定在步驟f）中測定的一個或者多個多態(tài)性的存在、不存在或者量。

8.權利要求7的用途，其中檢測核酸樣品是獲自步驟b）的復雜度降低的復雜度被降低的核酸樣品。

9.權利要求7或8的用途，其中步驟b）進一步包括對文庫加標簽來獲得經標簽的文庫的步驟。

10.權利要求9的用途，其中的標簽由接頭和/或引物提供。

11.權利要求10的用途，其中的標簽是標識子序列。

12.權利要求10的用途，其中至少一個引物是被磷酸化的。

13.權利要求7的用途，其中測序包括在固相支持物上測序。

14.權利要求7-13中任一項的用途，其中通過將權利要求7的步驟g）設計的探針固定于陣列，之后通過在雜交條件下將包含探針的陣列與檢測文庫接觸進行篩選。

15.用于篩選富集的微衛(wèi)星文庫的權利要求14的方法的用途，進行轉錄作譜cDNA-AFLP(數(shù)字化Northern),復雜基因的測序,表達序列標簽文庫測序(對完整的cDNA或cDNA-AFLP),危微小RNA發(fā)現(xiàn)(小的插入文庫的測序),細菌人造染色體(重疊群)測序,批量分離分析法與AFLP/cDNA-AFLP組合,AFLP片段的常規(guī)檢測(標記輔助回交)。