[發明專利]基于生物芯片的檢測核酸降解組mRNA的通用探針方法

無效

• 申請號: 201210371574.0
• 申請日: 2012-09-27
• 公開（公告）號: CN103074419A
• 公開（公告）日: 2013-05-01
• 發明（設計）人: 李炯;沈葉;鄭克孝;趙轉
• 申請（專利權）人: 中國科學院蘇州納米技術與納米仿生研究所
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京華夏博通專利事務所(普通合伙) 11264
• 代理人: 王鋒;孫東風

1.一種基于生物芯片的檢測核酸降解組mRNA的通用探針方法，其特征在于，它包括如下步驟：

1）采用生物信息學方法，預測可能被小分子RNA降解的目標核酸降解組mRNA；

2）提供檢測探針，所述檢測探針的一部分核酸序列與通用報告探針互補，另一部分核酸序列至少與所述目標核酸降解組mRNA斷裂處的核酸序列互補；

3）將所述檢測探針固定在生物芯片基質上，形成生物芯片；

4）將待檢測樣本的RNA和通用報告探針一起混入雜交液中與所述生物芯片雜交；

5）洗滌雜交后的生物芯片，檢測雜交結果。

2.根據權利要求1所述的基于生物芯片的檢測核酸降解組mRNA的通用探針方法，其特征在于，所述檢測探針長度為18-42mer，其中與通用報告探針互補部分的核酸序列長度為3-12mer，與核酸降解組mRNA的斷裂處互補部分的核酸序列長度為15-30mer。

3.根據權利要求1所述的基于生物芯片的檢測核酸降解組mRNA的通用探針方法，其特征在于，所述檢測探針中與通用報告探針互補的一部分核酸序列緊鄰與所述目標核酸降解組mRNA的斷裂處互補的另一部分核酸序列。

4.根據權利要求1所述的基于生物芯片的檢測核酸降解組mRNA的通用探針方法，其特征在于，該方法中對應于每一目標核酸降解組mRNA設計有一組探針池，每一組探針池包括數個檢測探針，其中每個檢測探針對應每一目標核酸降解組mRNA的一個可能的斷裂位點。

5.根據權利要求4所述的基于生物芯片的檢測核酸降解組mRNA的通用探針方法，其特征在于，每一組探針池包括20個以上檢測探針。

6.根據權利要求1所述的基于生物芯片的檢測核酸降解組mRNA的通用探針方法，其特征在于，所述檢測探針通過原位合成和/或化學鍵連接方式固定在生物芯片基質上，所述化學鍵連接方式至少選自氨基-醛基反應、靜電吸附、共價交聯中的任意一種。

7.根據權利要求1-6中任一項所述的基于生物芯片的檢測核酸降解組mRNA的通用探針方法，其特征在于，所述檢測探針與生物芯片基質連接的一端修飾有氨基、巰基、羧基或生物素。

8.根據權利要求1-2中任一項所述的基于生物芯片的檢測核酸降解組mRNA的通用探針方法，其特征在于，所述通用報告探針至少選自DNA、RNA、PNA和LNA中的任意一種。

9.根據權利要求1-2中任一項所述的基于生物芯片的檢測核酸降解組mRNA的通用探針方法，其特征在于，所述通用報告探針遠離與檢測探針互補一端修飾有用于指示通用報告探針與檢測探針反應與否的標記分子。

10.根據權利要求1所述的基于生物芯片的檢測核酸降解組mRNA的通用探針方法，其特征在于，所述待檢測樣本RNA至少選自總RNA樣品和富集小RNA樣品中的任意一種。