[發明專利]胃癌的生物標志物

有效

• 申請號: 201210337178.6
• 申請日: 2012-09-12
• 公開（公告）號: CN102998459A
• 公開（公告）日: 2013-03-27
• 發明（設計）人: 于君;沈祖堯;李曉星;許麗霞
• 申請（專利權）人: 香港中文大學
• 主分類號: G01N33/68
• 分類號: G01N33/68;C12Q1/68;A61K38/17;A61K48/00;A61P35/00;C12N15/11
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識產權代理有限責任公司 11204
• 代理人: 王達佐;洪欣

發明背景

胃癌(gastric?cancer)，也稱為胃癌(stomach?cancer)，是世界范圍內第四常見的癌癥，每年診斷出約1,000,000個病例。胃癌是一種具有高死亡率的疾病(每年約有800,000人死亡)，這使得它成為繼肺癌之后世界范圍內癌癥死亡的第二常見的原因。在男性中和在發展中國家(包括很多亞洲國家)中胃癌的發生明顯更高。

在胃癌早期，通常沒有臨床癥狀或僅表現出非特異性的癥狀，因而在疾病到達晚期之前在很多病例中無法作出診斷。這通常導致較差的預后：在診斷為胃癌的個體的80-90%中發生轉移，早期診斷出的那些個體中的65%具有6個月的存活率，而晚期診斷出的那些個體中僅有少于15%具有6個月的存活率。

由于胃癌的普遍性及其對患者預期壽命的嚴重影響，因此需要診斷、監測和治療胃癌的新方法。本發明滿足該需求和其它相關的需求。

發明概述

一方面，本發明提供了檢測個體胃癌的方法。所述方法包括以下步驟：(a)測量取自所述個體的樣品中BCL6B的表達水平；以及(b)將在步驟(a)中所獲得的表達水平與標準對照進行比較。當與標準對照比較時，檢測到BCL6B表達水平的下降指示個體可能患有胃癌。通常，本方法中所用的樣品是胃粘膜樣品，例如包括胃上皮細胞的胃粘膜樣品。

在一些實施方案中，BCL6B的表達水平是BCL6B蛋白水平。在其它實施方案中，BCL6B的表達水平是BCL6B?mRNA水平。當測量BCL6B蛋白水平時，步驟(a)可以包括利用能特異性結合BCL6B蛋白的抗體進行免疫測定。例如可以使用Western印跡分析。在其它情況下，步驟(a)可以包括質譜測量或基于雜交的測定，例如與微陣列、熒光探針或分子信標的雜交。

在一些實施方案中，步驟(a)可以包括擴增反應，諸如聚合酶鏈式反應(PCR)，尤其是逆轉錄酶-PCR(RT-PCR)。在一些情況下，檢測步驟包括多核苷酸雜交測定，例如Southern印跡分析、Northern印跡分析或原位雜交測定。在一些情況下，在多核苷酸雜交測定中使用多核苷酸探針，使其與SEQ?ID?NO:9、10、11、12、18、19或20或以上的互補物雜交。任選地，多核苷酸探針包括或具有與其連接的可檢測的部分。

在某些實施方案中，當測試胃癌的個體最初被指示患有胃癌時，所述方法還可以包括在一段時間之后利用來自所述個體的相同類型樣品(即，通過相同或相似的方式從胃的任何組織類型或解剖學位置收集的樣品)重復步驟(a)。當與最初的步驟(a)的BCL6B(蛋白或mRNA)的表達水平的量相比，在所述一段時間之后時觀察到BCL6B表達水平增加時，指示胃癌的改善，而降低指示胃癌的惡化。

在第二方面，本發明提供了檢測個體胃癌的方法。所述方法包括以下步驟：(a)用能差異性地修飾甲基化DNA和非甲基化DNA的試劑處理取自所述個體的樣品；以及(b)在步驟(a)的處理之后，分析(諸如測序)含CpG的基因組序列以確定至少一個CpG是甲基化的還是非甲基化的，所述含CpG的基因組序列是SEQ?ID?NO:9、18、19或20的至少一個區段(達到SEQ?ID?NO:9、18、19或20的全長以及包括SEQ?ID?NO:9、18、19或20的全長)并且包含至少一個CpG二核苷酸對。含CpG的基因組序列中一個甲基化CpG的存在指示個體可能患有胃癌。

在一些實施方案中，含CpG的基因組序列含有兩個或更多個CpG，例如，至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個CpG對，并且當所有CpG中的至少50%為甲基化的時，指示個體可能患有胃癌。含CpG的基因組序列的長度可以變化，但是其長度應當足以包括至少一個CpG。通常，含CpG的基因組序列是SEQ?ID?NO:9、18、19或20的至少15個連續核苷酸的區段，并且可以是SEQ?ID?NO:9、18、19或20的至少20、30、50、100、200或更多個連續核苷酸的區段，或者甚至是SEQ?ID?NO:9、18、19或20的全長。在一個實例中，含CpG的基因組序列是BCL6B啟動子序列-95至+95bp(相對于轉錄起始位點)(SEQ?ID?NO:18)的區段。在另一實例中，含CpG的基因組序列是SEQ?ID?NO:19，其含有9個CpG位點。當所有CpG中的至少5個是甲基化的時，指示個體患有胃癌。