[發明專利]檢測α珠蛋白基因拷貝數的方法和系統

有效

• 申請號: 201210277141.9
• 申請日: 2012-08-06
• 公開（公告）號: CN102952877A
• 公開（公告）日: 2013-03-06
• 發明（設計）人: 陳仕平;李劍;張現東;甄賀富;陳彩粉;張濤;王俊
• 申請（專利權）人: 深圳華大基因研究院
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11;C12M1/34
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 李志東

1.一種確定核酸樣本中α-珠蛋白基因拷貝數的方法，其特征在于，包括：

對所述核酸樣本進行擴增，以便得到擴增產物；

針對所述擴增產物，構建測序文庫；

對所述測序文庫進行測序，以便得到測序結果，所述測序結果由多個測序數據構成；

確定所述測序結果中來自于所述α-珠蛋白基因的測序數據；以及

基于所述α-珠蛋白基因的測序數據的數目，確定所述核酸樣本中α-珠蛋白基因的拷貝數。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述核酸樣本是從對象的血漿、血清、全血和口腔脫落細胞的至少一種分離的，

任選地，所述對象為哺乳動物，優選人，

任選地，所述α-珠蛋白基因為選自HBA1基因和HBA2基因的至少一種，

任選地，使用特異性引物組對所述核酸樣本進行擴增，其中，所述特異性引物組包含第一引物和第二引物，所述第一引物具有SEQ?ID?NO:1所示的核苷酸序列，所述第二引物具有如SEQ?ID?NO:2所示的核苷酸序列，

任選地，所述第一引物和第二引物的至少之一的5’端進一步含有標簽序列，所述標簽序列為選自SEQ?ID?NO:5-100的至少之一所示的核苷酸序列，

任選地，利用選自Hiseq2000、SOLID、454和單分子測序裝置的至少一種進行所述測序。

3.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，所述特異性引物組進一步包括第三引物和第四引物，

其中，所述第三引物和第四引物對于內參基因是特異性的，

并且進一步包括：確定所述測序結果中來自所述內參基因的測序數據，

任選地，所述內參基因是FLNB，所述第三引物具有如SEQ?ID?NO：3所示的核苷酸序列，所述第四引物具有如SEQ?ID?NO：4所示的核苷酸序列，

任選地，所述第三引物和第四引物的至少之一的5’端進一步含有標簽序列，所述標簽序列為選自SEQ?ID?NO：5-100的至少之一所示的核苷酸序列，

任選地，確定所述測序結果中來自于所述α-珠蛋白基因的測序數據是通過將所述測序結果與參照序列進行比對而得到的。

4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，基于所述α-珠蛋白基因的測序數據的數目，確定所述核酸樣本中α-珠蛋白基因的拷貝數進一步包括：

對測序結果中來自于α-珠蛋白基因的測序數據進行計數，得到數值H；

對測序結果中來自于內參基因的測序數據進行計數，得到數值C；

計算所述數值H和C的比值，得到第一參數H/C，并將所述第一參數與第一參照值進行比較；以及

基于所述第一參數與所述第一參照值的比例，確定所述核酸樣本中α-珠蛋白基因的拷貝數，

任選地，所述第一參照值是針對來自已知α-珠蛋白基因拷貝數的個體的核酸樣本進行平行實驗而得到的第一參數，

任選地，所述第一參照值是針對來自正常個體的核酸樣本進行平行實驗而得到的第一參數，

任選地，所述α-珠蛋白基因為HBA1和HBA2，所述測序結果中來自于所述HBA1的測序數據數目為H1，所述測序結果中來自于所述HBA2的測序數據數目為H2，

其中，基于所述α-珠蛋白基因的測序數據的數目，確定所述核酸樣本中α-珠蛋白基因的拷貝數進一步包括：

計算所述數值H2和H1的比值，得到第二參數H2/H1，并將所述第二參數與第二參照值進行比較；以及

基于所述第二參數與所述第二參照值的比例，確定所述核酸樣本中α-珠蛋白基因的拷貝數，

任選地，所述第二參照值是針對來自已知α-珠蛋白基因拷貝數的個體的核酸樣本進行平行實驗而得到的第二參數。