[發明專利]檢測α珠蛋白基因拷貝數的方法和系統

有效

• 申請號: 201210277141.9
• 申請日: 2012-08-06
• 公開（公告）號: CN102952877A
• 公開（公告）日: 2013-03-06
• 發明（設計）人: 陳仕平;李劍;張現東;甄賀富;陳彩粉;張濤;王俊
• 申請（專利權）人: 深圳華大基因研究院
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11;C12M1/34
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 李志東

技術領域

本發明涉及生物醫學領域，具體而言，涉及α-珠蛋白基因拷貝數的方法、引物組合物、標簽組合物和系統。

背景技術

地中海貧血（以下簡稱地貧）是一種常見的溶血性單基因遺傳病，多發于中東、中亞、非洲、東南亞和中國南方等地區。導致地貧的分子機理是：珠蛋白基因發生缺陷使其編碼的肽鏈一種或幾種合成減少或缺失，致使血紅蛋白的組成成分比例失衡，進而導致血紅蛋白不穩定。根據缺陷的珠蛋白基因種類不同，地貧主要分為α地貧和β地貧。α地貧大部分是由于α珠蛋白基因發生缺失，部分是由突變所致，其中缺失型占90%以上；β地貧大部分由于β珠蛋白基因發生突變、小的插入或缺失，部分是由大片段缺失或α珠蛋白基因發生重復所致。其中α珠蛋白基因包含2個HBA1基因和2個HBA2基因，其基因拷貝數變異（缺失和重復）不僅會導致α地貧也會導致β地貧，因此檢測α珠蛋白基因拷貝數對地貧診斷具有重要意義。

發明內容

本發明旨在至少解決現有技術中存在的技術問題之一。為此，本發明的一個方面提出了一種能夠確定核酸樣本中α-珠蛋白基因拷貝數的方法。另一方面提供了一種能夠有效實施該方法的確定核酸樣本中α-珠蛋白基因拷貝數的系統。

根據本發明的實施例，確定α-珠蛋白基因拷貝數的方法包括以下步驟：對核酸樣本進行擴增，以便得到擴增產物；針對擴增產物，構建測序文庫；對測序文庫進行測序，以便得到測序結果，該測序結果由多個測序數據構成；確定測序結果中來自于α-珠蛋白基因的測序數據；基于α-珠蛋白基因的測序數據的數目，確定核酸樣本中α-珠蛋白基因的拷貝數。

根據本發明的一些實施例，上述確定α-珠蛋白基因拷貝數的方法還可以具有下列附加技術特征：

根據本發明的一個實施例，所述核酸樣本是從對象的血漿、血清、全血和口腔脫落細胞的至少一種分離的。其中，所述對象為人。由此，可以方便地從生物體獲取這些樣本，并且能夠具體地針對某些疾病采取不同的樣本，從而針對某些特殊疾病采取特定的分析手段。

根據本發明的一個實施例，所述α-珠蛋白基因為選自HBA1基因和HBA2基因的至少一種。

根據本發明的一個實施例，使用特異性引物組對所述核酸樣本進行擴增，其中，所述特異性引物組包含第一引物和第二引物，所述第一引物具有SEQ?ID?NO:1所示的核苷酸序列，所述第二引物具有如SEQ?ID?NO:2所示的核苷酸序列。

根據本發明的一個實施例，所述第一引物和第二引物的至少之一的5’端進一步含有標簽序列，所述標簽序列為選自SEQ?ID?NO:5-100的至少之一所示的核苷酸序列。

根據本發明的一個實施例，利用選自Hiseq2000、SOLID、454和單分子測序裝置的至少一種進行所述測序。

根據本發明的一個實施例，所述特異性引物組進一步包括第三引物和第四引物，其中，所述第三引物和第四引物對于內參基因是特異性的，并且進一步包括：確定所述測序結果中來自所述內參基因的測序數據。

根據本發明的一個實施例，所述內參基因是FLNB，所述第三引物具有如SEQ?ID?NO：3所示的核苷酸序列，所述第四引物具有如SEQ?ID?NO：4所示的核苷酸序列。

根據本發明的一個實施例，所述第三引物和第四引物的至少之一的5’端進一步含有標簽序列，所述標簽序列為選自SEQ?ID?NO：5-100的至少之一所示的核苷酸序列。

根據本發明的一個實施例，確定所述測序結果中來自于所述α-珠蛋白基因的測序數據是通過將所述測序結果與參照序列進行比對而得到的。

根據本發明的一個實施例，基于所述α-珠蛋白基因的測序數據的數目，確定所述核酸樣本中α-珠蛋白基因的拷貝數進一步包括：對測序結果中來自于α-珠蛋白基因的測序數據進行計數，得到數值H；對測序結果中來自于內參基因的測序數據進行計數，得到數值C；計算所述數值H和C的比值，得到第一參數H/C，并將所述第一參數與第一參照值進行比較；以及基于所述第一參數與所述第一參照值的比例，確定所述核酸樣本中α-珠蛋白基因的拷貝數。

根據本發明的一個實施例，所述第一參照值是針對來自已知α-珠蛋白基因拷貝數的個體的核酸樣本進行平行實驗而得到的第一參數。

根據本發明的一個實施例，所述第一參照值是針對來自正常個體的核酸樣本進行平行實驗而得到的第一參數。