[發明專利]檢測CDH23基因c.403C>T突變的試劑盒

無效

• 申請號: 201210171754.4
• 申請日: 2012-05-29
• 公開（公告）號: CN102732616A
• 公開（公告）日: 2012-10-17
• 發明（設計）人: 王秋菊
• 申請（專利權）人: 王秋菊;中國人民解放軍總醫院
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京律誠同業知識產權代理有限公司 11006
• 代理人: 黃韌敏

技術領域

本發明涉及基因檢測領域，具體涉及用于檢測CDH23基因突變的試劑盒，本發明還涉及CDH23突變基因及其在診斷和/或治療遺傳性耳聾和/或Usher?1D綜合征的應用。

背景技術

耳聾是人口與健康領域中常見、高發的致殘性疾病，是全球關注的重大公共衛生問題。據WHO2005年估計全球聽力殘疾人口達2.78億，占世界總人口的4.6%，我國因聾致殘者高達2780萬，占我國殘疾人總數的33.52%。聾病不但影響個人及家庭，而且給全社會帶來沉重的負擔。耳聾是由遺傳或/和環境因素引起的聽覺傳導通路障礙所致的常見聽覺疾病，目前研究表明，約60%的是遺傳因素造成的。

CDH23基因與Usher1D綜合征及DFNB12表型相關，在不同地區的遺傳性耳聾和/或Usher?1D綜合征人群中突變頻率和突變熱點具有差異性。CDH23基因DNA序列全長約419,014bp，包含70個外顯子，定位于常染色體10q21-q22。該基因的編碼區序列如SEQ?ID?NO.1所示，該基因編碼的蛋白質cadherin23鈣黏蛋白（如SEQ?ID?NO.2所示）含有3354個氨基酸，擁有27個胞外重復區域，1個跨膜區和1個胞內區域，是耳蝸毛細胞的靜纖毛間的連接蛋白。CDH23基因產物主要表達在纖毛頂端連接（tip?link）、動纖毛，在聽覺傳導纖毛運動中發揮至關重要的作用，介導纖毛間機械能向電能的傳遞。同時，該基因對于維持毛細胞在長期對抗聲壓強度中的穩定性不可或缺，該基因缺失表達后，sputnik斑馬魚模型中，表現為動物耳蝸的形態學異常，毛細胞束斷裂且殘存的發生方向異常而在基因敲除小鼠waltzer模型中，也表現為聽泡毛細胞發育障礙。而在錯義突變的salsa小鼠模型中，則表現為耳蝸毛細胞纖毛的頂端連接（tip?link）非常脆弱，在承受聲壓時更易斷裂而不易修復，從而導致毛細胞崩解。

迄今為止，已發現了該基因的150余種突變，但少見我國耳聾患者該基因的突變報道。申請人所在課題組針對108名中國遺傳性耳聾和/或Usher?1D綜合征患者開展了該基因的篩查，并發現CDH23基因的c.403C>T(p.Q135X)新突變，該突變位點位于基因產物鈣粘素蛋白23的胞外功能域，其27個重復序列的第一個和第二個重復區域之間，將導致其后26個胞外重復序列不能表達，對蛋白質功能影響重大。同時該段序列在多物種間保守性很高，提示該序列功能的重要性，如果發生截斷突變，則產生蛋白質的很大影響。同時，經過眼科學隨診檢查，發現攜帶該突變的患者伴有嚴重的視網膜色素變性，符合Usher?1D的臨床診斷。這樣，從遺傳學和臨床診斷角度，均證實該突變可導致Usher?1D遺傳性耳聾綜合征。申請人課題組進而研發了檢測該基因c.403C>T突變的試劑盒。該成果有助于快速、高效地在更大范圍的耳聾人群中進行突變位點的檢測，進而對耳聾患者病因學的深入研究具有重要的意義。

發明內容

本發明的目的在于提供用于檢測CDH23基因c.403C>T突變的試劑盒，其技術方案為：

一種用于檢測與遺傳性耳聾和/或Usher?1D綜合征相關的位于CDH23基因的c.403C>T突變的試劑盒，所述試劑盒包括：

從待測樣品中提取DNA的試劑；

用于擴增樣本DNA的PCR反應試劑；

對PCR擴增產物進行測序的試劑；

其中，所述擴增樣本DNA的PCR反應試劑包括PCR引物，所述PCR引物擴增的目標片段包含CDH23基因403位堿基。

具體地，上述的PCR引物為選自：

CDH23-6F-1（SEQ?ID?NO.3）:5′-TGGGGTCACAGGATTTCT-3′，

CDH23-6R-1（SEQ?ID?NO.4）:5′-GCTCTCCCCACCTGACTCT-3′；

CDH23-6F-2（SEQ?ID?NO.5）:5′-AGGGTGGAAGAGGCCAGAGT-3′，

CDH23-6R-2（SEQ?ID?NO.6）:5′-TTCGCCAACCTGCTCAGAGT-3′；

CDH23-6F-3（SEQ?ID?NO.7）:5′-CCGCCTTTCTCTTGCCAGGT-3′，

CDH23-6R-3（SEQ?ID?NO.8）:5′-GAAAGCCCCTTCCTAGAACTGCAT-3′；