[發明專利]一種鑒定中外豬種的方法

有效

• 申請號: 201210163257.X
• 申請日: 2012-05-23
• 公開（公告）號: CN102816837A
• 公開（公告）日: 2012-12-12
• 發明（設計）人: 方美英;白瑩;陳剛;張吉斌;董新星;徐芹芹
• 申請（專利權）人: 中國農業大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11;A01K67/027
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王朋飛;王加嶺

技術領域

本發明涉及基因工程及分子生物學領域，具體地說，涉及一種利用啟動子區特異單倍型的不同鑒定中外豬種的方法。

背景技術

中國作為世界豬肉生產和消費大國，遼闊的地域承載了豐富的豬種資源；相對于國外豬種，中國豬種表現出生長較慢，瘦肉率較低等特點，但其高繁殖力、優良肉質和耐粗飼等優點也讓國外豬種望塵莫及。中外豬種在肉質方面的差異表現與其體內脂類和類固醇的合成代謝差異具有很大關系。已有研究報道參與生物體脂質和類固醇重要合成代謝反應的電子傳遞蛋白Cyt?b5，在中外豬種中表現出遺傳多態性。因此，對電子傳遞蛋白Cyt?b5編碼基因CYB5在中外豬種的分子遺傳特征研究將有助于深層次地闡釋中外豬種的代謝差異并為豬種改良提供依據。

近幾年，相關報道表明人類的某些疾病是由于CYB5基因發生突變而產生的，如研究發現在先天血紅蛋白血癥的患者中，CYB5基因的內含子1的3’端發生突變A→G，使得cDNA的剪切位點發生變化，導致16bp的cDNA缺失，從而導致了先天血紅蛋白血癥的發生(Giordano等，1994)；CYB5基因W27X突變會導致終止密碼子提前，引起Cytb5?E48和E49氨基酸殘基的丟失，從而使得17，20-裂解酶失活，導致性發育異常癥(Kok等，2005)。在豬CYB5基因的研究中，目前國際上的研究主要集中在CYB5與固醇類激素代謝的關系上，而在其它方面的研究報道不多。研究發現通過PCR-SSCP?CYB5基因5’非翻譯區上游第八個堿基處一個G→T的突變，該突變可以顯著降低CYB5蛋白的表達，進而降低公豬脂肪雄甾醇的水平，但不會引起公豬繁殖力的下降(Lin等，2005，Peacock等，2008)。以上研究及相關文獻數據主要是關于CYB5基因編碼區的遺傳變異分析，并沒有報道CYB5基因上游調控區在不同豬種間的遺傳變異情況，而且迄今為止也未見利用CYB5基因啟動子區特異單倍型組合對中外豬種進行遺傳鑒定的研究報道。

發明內容

本發明的目的是基于對豬CYB5基因序列和診斷性SNP分析，提供一種鑒定中外豬種的方法。

本發明的另一目的是提供用于鑒定中外豬種的遺傳標記及其應用。

本發明的再一目的是提供用于鑒定中外豬種的PCR引物及含有該引物的試劑盒。

為了實現本發明目的，本發明首先提供一種用于鑒定中外豬種的遺傳標記，其位于豬CYB5基因5′啟動子區上，它的核苷酸序列如SEQID?NO.2所示，根據該序列中SNP位點的不同來鑒定中國豬種和國外豬種，所述SNP位點為位于CYB5基因起始密碼子上游-660bp、-380bp或-69bp中的一個或多個。其中，中國豬種CYB5基因啟動子序列中-660bp、-380bp、-69bp處堿基分別為單堿基缺失、C、T，國外豬種CYB5基因啟動子序列中-660bp、-380bp、-69bp處堿基分別為G、T、C。

本發明還提供一種鑒定中外豬種的方法，根據待測豬CYB5基因啟動子的SEQ?ID?No.2所示序列中SNP位點的不同來鑒定中國豬種和國外豬種，所述SNP位點為位于CYB5基因起始密碼子上游-660bp、-380bp或-69bp中的一個或多個。其中，中國豬種CYB5基因啟動子序列中-660bp、-380bp、-69bp處堿基分別為單堿基缺失、C、T，國外豬種CYB5基因啟動子序列中-660bp、-380bp、-69bp處堿基分別為G、T、C。

前述方法包括以下步驟：1)提取待測豬的基因組DNA；2)以待測豬的基因組DNA為模版，利用特異性引物對擴增包括待測豬CYB5基因啟動子序列中不同SNP位點的片段；其中，所述SNP位點為位于CYB5基因起始密碼子上游-660bp、-380bp或-69bp中一個或多個；3)檢測PCR擴增產物。

前述方法中，步驟2)中所述引物對為：

i)上游引物5’-AAGGAGGAGGTAAGCAATG-3’和下游引物5’-GAGATGAGCGGAACAGAGT-3’；或

ii)上游引物5’-TGGGTCAACAGCGAGATA-3’和下游引物5’-CCTCCGTAGAACGAGTGTA-3’；或

iii)上游引物5’-CGCCTGCCACAATGAACC-3’和下游引物5’-GCGCAGAAGGGGATGATG-3’；或

iv)上游引物5’-TGAGCGGAACAGAGTGGG-3’和下游引物5’-AATCATCGGAGGTCGTGC-3’。