[發(fā)明專利]異常微陣列特征的識(shí)別

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201210140069.5
• 申請(qǐng)日: 2012-05-03
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN102841986B
• 公開(kāi)（公告）日: 2018-04-13
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 保羅·肯尼斯·沃伯;羅伯特·佩吉
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 安捷倫科技有限公司
• 主分類號(hào): G06F19/20
• 分類號(hào): G06F19/20
• 代理公司: 北京東方億思知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司11258
• 代理人: 肖善強(qiáng)

技術(shù)領(lǐng)域

本公開(kāi)涉及異常微陣列特征的識(shí)別。

背景技術(shù)

在陣列分析中，為了避免微陣列數(shù)據(jù)集合被不良品質(zhì)的數(shù)據(jù)污染，識(shí)別和標(biāo)記異常特征(即展現(xiàn)與眾不同的統(tǒng)計(jì)學(xué)性質(zhì)或形態(tài)性質(zhì)的特征)是重要的。本公開(kāi)涉及識(shí)別異常微陣列特征的方法。

發(fā)明內(nèi)容

本文描述了一種識(shí)別核酸陣列中的異常特征的方法。概括地，本發(fā)明包括：a)提供log變換的歸一化值(log transformed normalized value)，所述log變換的歸一化值表示測(cè)試樣品對(duì)核酸陣列中的第一特征的雜交量；b)利用所述log變換的歸一化值和表示對(duì)照樣品對(duì)多個(gè)參比陣列中的同一特征的雜交量的參比log變換的歸一化值的分布來(lái)計(jì)算所述第一特征的z得分；以及c)如果存在高于或低于規(guī)定的閾值的z得分，那么識(shí)別所述測(cè)試特征是異常的。

附圖說(shuō)明

圖1是表示本發(fā)明方法的一個(gè)實(shí)施方式的一些方面的流程圖。

圖2是表示本發(fā)明方法的另一實(shí)施方式的一些方面的流程圖。

圖3是高％CV載玻片(slide)上的八個(gè)陣列的z得分圖。

圖4是載玻片252665211142的z得分圖。

圖5是載玻片252665211142的二元標(biāo)記圖。

圖6表示在被標(biāo)記為具有低z得分的各個(gè)陣列中各特征分?jǐn)?shù)的柱圖。

定義

本文中使用的術(shù)語(yǔ)“樣品”是指，含有感興趣的一個(gè)或多個(gè)核酸(DNA或RNA)分析物的原料或原料混合物，其通常是液體形式，但并非必然是液體形式。

本文中使用的術(shù)語(yǔ)“以生物學(xué)方式衍生的樣品”是指，由活細(xì)胞制成或衍生得到的核酸樣品。由生物體的組織(例如活體解剖等)或細(xì)胞系(包括其冷凍或貯藏形式)制成的樣品是以生物學(xué)方式衍生的樣品的實(shí)例。

本文中使用的術(shù)語(yǔ)“以非生物學(xué)方式衍生的樣品”是指，由預(yù)定的合成方式制備的寡核苷酸組成的核酸樣品。美國(guó)專利申請(qǐng)公開(kāi)號(hào)US20060121491中描述了以非生物學(xué)方式衍生的樣品的實(shí)例。

本文中使用的術(shù)語(yǔ)“測(cè)試樣品”是指，研究中的樣品。

本文中使用的術(shù)語(yǔ)“對(duì)照樣品”是指，可與測(cè)試樣品比較的樣品。正如以下更詳細(xì)描述地，相對(duì)于測(cè)試樣品，對(duì)照樣品可以是例如同一樣品的不同等分試樣；可以來(lái)自同一組織；或者來(lái)自同一細(xì)胞系。

術(shù)語(yǔ)“核苷酸”意欲包括如下這些片段，這些片段不僅包含已知的嘌呤和嘧啶堿基，還包含已被修飾的其他雜環(huán)堿基的片段。所述修飾包括甲基化的嘌呤或嘧啶、酰基化的嘌呤或嘧啶、烷基化的核糖或其他雜環(huán)。另外，術(shù)語(yǔ)“核苷酸”還包括如下這些片段，這些片段包含半抗原或熒光標(biāo)記，而且還可以包含常規(guī)核糖和脫氧核糖糖類，以及其他糖類。經(jīng)修飾的核苷酸或核苷酸還包括，在糖片段上的修飾，例如在羥基基團(tuán)中的一個(gè)或多個(gè)被鹵原子或脂族基團(tuán)替代時(shí)，被功能化成醚類、胺類等等。核苷酸可以包括，當(dāng)被摻入核酸的伸展鏈中時(shí)能夠繼續(xù)伸展的那些(非鏈終止核苷酸)和抑制隨后伸展的那些(例如鏈終止劑)。

術(shù)語(yǔ)“核酸”和“聚核苷酸”在本文可互換使用，用于描述由諸如脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸的核苷酸構(gòu)成的并且具有例如大于約2個(gè)堿基、大于約10個(gè)堿基、大于約100個(gè)堿基、大于約500個(gè)堿基、大于1000個(gè)堿基、直至約10000或更多個(gè)堿基的任意長(zhǎng)度的聚合物，其可以通過(guò)酶促方式或合成方式(例如在美國(guó)專利號(hào)5,948,902以及其中引用的參考文獻(xiàn)中所描述的PNA)生產(chǎn)，其可以序列特異性方式與天然核酸雜交(類似于兩種天然核酸那樣雜交)，例如可以參與Watson-Crick堿基對(duì)相互作用。天然存在的核苷酸包括鳥(niǎo)嘌呤、胞核嘧啶、腺嘌呤、尿嘧啶和胸腺嘧啶(分別為G、C、A、U和T)。

本文中使用的“寡核苷酸”表示，由約2至5000個(gè)核苷酸(例如2至200個(gè)核苷酸)構(gòu)成的核苷酸的單鏈多聚體。寡核苷酸可以是合成的，或者可以以酶促方式制成，在一些實(shí)施方式中，其具有小于10至50個(gè)核苷酸的長(zhǎng)度。寡核苷酸可以包含核糖核苷酸單體(即可以是寡核糖核苷酸)或脫氧核糖核苷酸單體。寡核苷酸可以具有例如10至20個(gè)、11至30個(gè)、31至40個(gè)、41至50個(gè)、51至60個(gè)、61至70個(gè)、71至80個(gè)、80至100個(gè)、100至150個(gè)、或150至200個(gè)、直至500個(gè)或更多個(gè)核苷酸長(zhǎng)度。