[發明專利]異常微陣列特征的識別有效
| 申請號： | 201210140069.5 | 申請日： | 2012-05-03 |
| 公開（公告）號： | CN102841986B | 公開（公告）日： | 2018-04-13 |
| 發明（設計）人： | 保羅·肯尼斯·沃伯;羅伯特·佩吉 | 申請（專利權）人： | 安捷倫科技有限公司 |
| 主分類號： | G06F19/20 | 分類號： | G06F19/20 |
| 代理公司： | 北京東方億思知識產權代理有限責任公司11258 | 代理人： | 肖善強 |
| 地址： | 美國加利*** | 國省代碼： | 暫無信息 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 異常 陣列 特征 識別 | ||
1.一種識別核酸陣列中的異常特征的方法，其包括：
a)提供log變換的歸一化值，所述log變換的歸一化值表示測試樣品對核酸陣列中的第一特征的雜交量；
b)利用：i所述log變換的歸一化值和ii表示對照樣品對多個參比陣列中的相應特征的雜交量的參比log變換的歸一化值的分布來計算所述第一特征的z得分；以及
c)如果測試特征具有高于或低于規定的閾值的z得分，那么識別所述測試特征是異常的。
2.根據權利要求1所述的方法，其中，所述z得分表示所述第一特征的所述log變換的歸一化值高于或低于所述參比log變換的歸一化值的均值或中值多少個標準偏差，其根據如下公式計算：
其中：x是所述第一特征的所述log變換的歸一化值；
μ是所述參比log變換的歸一化值的均值或中值；以及
σ是所述參比log變換的歸一化值的標準偏差。
3.根據權利要求1所述的方法，其中，所述z得分表示所述第一特征的所述log變換的歸一化值高于或低于所述參比log變換的歸一化值的均值或中值多少個按比例縮放的四分間距，其根據如下公式計算：
其中：x是所述第一特征的所述log變換的歸一化值；
μ是所述參比log變換的歸一化值的均值或中值；以及
σ是所述參比log變換的歸一化值的按比例縮放的四分間距。
4.根據權利要求1所述的方法，其中，所述參比log變換的歸一化值通過如下得到：使至少六個對照樣品與包含所述相應特征的參比陣列雜交。
5.根據權利要求1所述的方法，其中，所述對照樣品與所述測試樣品相同。
6.根據權利要求1所述的方法，其中，所述對照樣品和所述測試樣品是以生物學方式衍生得到的樣品。
7.根據權利要求1所述的方法，其中，所述方法包括：
a)提供多個log變換的歸一化值，所述log變換的歸一化值表示測試樣品對核酸陣列中的多個特征的雜交量；
b)利用：i所述log變換的歸一化值和ii表示對照樣品對多個參比陣列中的相應特征的雜交量的參比log變換的歸一化值的分布來計算所述多個特征中每一個的z得分；以及
c)如果所述多個測試特征中的任意測試特征具有高于或低于規定的閾值的z得分，那么識別它們是異常的。
8.根據權利要求7所述的方法，還包括：提供所述核酸陣列中的異常特征圖，結果可以通過眼睛識別所述核酸陣列中包含異常特征簇的區域。
9.根據權利要求7所述的方法，進一步包括，在所述多個特征上進行最近鄰分析，從而識別所述核酸陣列中鄰近異常特征的簇。
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G06F19-14 ..用于發展或進化的，例如：進化的保存區域決定或進化樹結構
G06F19-16 ..用于分子結構的，例如：結構排序，結構或功能關系，蛋白質折疊，結構域拓撲，用結構數據的藥靶，涉及二維或三維結構的
G06F19-18 ..用于功能性基因組學或蛋白質組學的，例如：基因型–表型關聯，不均衡連接，種群遺傳學，結合位置鑒定，變異發生，基因型或染色體組的注釋，蛋白質相互作用或蛋白質核酸的相互作用
