[發明專利]一種核酸測序信息處理系統及方法

有效

• 申請號: 201210112811.1
• 申請日: 2012-04-18
• 公開（公告）號: CN102682226A
• 公開（公告）日: 2012-09-19
• 發明（設計）人: 盛司潼
• 申請（專利權）人: 盛司潼
• 主分類號: G06F19/22
• 分類號: G06F19/22
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種核酸測序信息的處理系統，其特征在于，所述系統包括：短片段建立單元、數據庫建立單元和序列匹配單元；

所述短片段建立單元，用于將每條核酸序列片段進行分段建立短片段，并將每條核酸序列片段分段所得的短片段發給數據庫建立單元和序列匹配單元；

所述數據庫建立單元，用于根據短片段的長度建立并存儲參考序列索引，得數據庫；

所述序列匹配單元，用于將每條核酸序列片段分段建立的短片段分別單獨在數據庫中進行匹配，得匹配結果。

2.根據權利要求1所述的核酸測序信息的處理系統，其特征在于，所述短片段建立單元包括第一決策模塊和第一分段模塊；

所述第一決策模塊，用于獲取最短的一條核酸序列片段，并將該核酸序列片段和該核酸序列片段的堿基個數發給第一分段模塊；

所述第一分段模塊，用于對最短的一條核酸序列片段進行分段得多條短片段，并完成其他核酸序列片段的分段建立短片段；所述其他核酸序列的分段方式與最短的一條核酸序列片段分段方式相同。

3.根據權利要求2所述的核酸測序信息的處理系統，其特征在于，所述數據庫建立單元包括第一索引模塊和第一標引模塊；

所述第一索引模塊，用于建立長度與短片段等長的參考序列索引，并將參考序列索引發給第一標引模塊；

所述第一標引模塊，用于對參考序列索引按順序進行標記，得數據庫；

所述數據庫中參考序列索引中任意相鄰的兩個索引，前一個索引的第2到最后一位的堿基和后一索引的第1到倒數第二位的堿基相同。

4.根據權利要求1所述的核酸測序信息的處理系統，其特征在于，所述短片段建立單元包括第二決策模塊和第二分段模塊；

所述第二決策模塊，用于按長度對核酸序列片段進行分類，得多類核酸序列片段，并將結果發給第二分段模塊；

所述第二分段模塊，用于對每類核酸序列片段中最短的一條核酸序列片段進行分段得多條短片段，并完成該類其他核酸序列片段的分段建立短片段；所述其他核酸序列的分段方式與每類核酸序列片段中最短的一條核酸序列片段分段方式相同。

5.根據權利要求4所述的核酸測序信息的處理系統，其特征在于，所述數據庫建立單元包括第二索引模塊和第二標引模塊；

所述第二索引模塊，用于根據每類核酸序列片段建立的短片段的長度建立參考序列索引，并將結果發給第二標引模塊；

所述第二標引模塊，用于對所述每類參考序列索引分別按順序進行標記，得每類核酸序列片段對應的數據庫。

6.根據權利要求1至5中任一項所述的核酸測序信息的處理系統，其特征在于，所述系統還包括堿基識別單元或核酸測序單元中的一個，和/或數據輸出單元；

所述堿基識別單元，用于識別堿基，得核酸序列片段，并將識別的核酸序列片段發送給短片段建立單元；

所述核酸測序單元，用于對核酸進行測序，得核酸序列片段，并將核酸序列片段發給短片段建立單元；

所述數據輸出單元，用于輸出匹配結果。

7.一種核酸測序信息的處理方法，其特征在于，包括以下步驟：

A、將每條核酸序列片段進行分段，建立短片段；

B、根據短片段的長度建立并存儲參考序列索引，得數據庫；

C、把每條核酸序列片段分段建立的短片段分別單獨在數據庫中進行匹配，得匹配結果。

8.根據權利要求7所述的核酸測序信息的處理方法，其特征在于，在所述步驟A中，允許每條核酸序列片段中不匹配的堿基個數為N，則每條核酸序列片段至少分成N+1段，得每條核酸序列片段的至少N+1條短片段；其中，N為自然數。

9.根據權利要求8所述的核酸測序信息的處理方法，其特征在于，所述步驟A包括：

A1、獲取核酸序列片段中最短的一條核酸序列片段，長度為x；

A2、對最短的一條核酸序列片段進行分段，x/（N+φ）=y……m；

A3、將每條核酸序列片段依次分成長度為y的短片段，若核酸序列片段有剩余且剩余長度小于y，則將剩余的部分單獨作為一條短片段；

所述x為最短的一條核酸序列片段的堿基個數；x，y，φ均為正整數，m為小于y的自然數。