[發(fā)明專利]CYP450基因型別數(shù)據(jù)庫及基因分型、酶活性鑒定方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201210002976.3
• 申請日: 2012-01-06
• 公開（公告）號: CN103198236B
• 公開（公告）日: 2017-02-15
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 劉曉;徐懷前;張偉;蘇政;王冠
• 申請（專利權(quán)）人: 深圳華大基因股份有限公司
• 主分類號: G06F19/22
• 分類號: G06F19/22;C12N15/10;C12Q1/68;C12Q1/26
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司44281
• 代理人: 羅瑤

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及基因檢測領(lǐng)域，特別涉及一種CYP450的標(biāo)準(zhǔn)基因型別數(shù)據(jù)庫，以及CYP450基因分型方法、酶活性鑒定方法。

背景技術(shù)

細(xì)胞色素P450簡稱CYP450，目前已經(jīng)從人體中鑒定出了57種CYP450氧化酶，其中參與藥物代謝主要集中于CYP1、CYP2及CYP3家族，參與代謝目前90％以上的藥物。CYP450在藥物代謝中的重要作用導(dǎo)致CYP450基因多態(tài)性成為影響藥物個體差異的最重要因素之一，其多態(tài)性包括點(diǎn)突變、插入或缺失、整個基因的缺失或復(fù)制，最終導(dǎo)致酶的活性增強(qiáng)、減弱或完全缺失。CYP450多態(tài)性可導(dǎo)致在標(biāo)準(zhǔn)的藥物劑量下可能產(chǎn)生個體嚴(yán)重的副反應(yīng)或不起作用。比如，華法林(warfarin)作為目前的一線口服抗凝藥，其預(yù)防和治療血栓栓塞的作用效果和口服給藥的便利性和經(jīng)濟(jì)性是顯而易見的，但是華法林治療窗口很窄，且給藥各個體差異和種族差異很大，要達(dá)到同樣的作用效果，高低劑量可相差10倍以上。研究表明，這與個體間的CYP2C9的基因多態(tài)性密切相關(guān)。再如，廣泛用于治療乳腺癌和卵巢癌的他莫昔芬(tamoxifen)需要經(jīng)過一系列的CYP450酶類代謝，才最終形成有活性的產(chǎn)物發(fā)揮治療效果，其中CYP2D6的基因型是影響他莫昔芬療效的主要限制因素，其缺陷型可導(dǎo)致無病生存期變短，而CYP2D6強(qiáng)代謝型只需要較小劑量的他莫昔芬即可達(dá)到同樣的效果。

越來越多的研究顯示，CYP450基因除了影響藥物代謝外，其基因多態(tài)性與許多疾病的發(fā)生緊密相關(guān)。在先天性腎上腺皮質(zhì)增生癥中，CYP21B基因缺陷占病因90％-95％左右，CYP11B1基因突變約占5％，CYP17A1、CYP11A1的缺陷型突變也可導(dǎo)致此疾病的發(fā)生。

CYP450在代謝以及疾病發(fā)生中的重要作用，使得CYP450基因多態(tài)性的檢測具有非常重要的社會意義和研究價值。

但是，目前對于CYP450突變檢測的技術(shù)主要集中于單個或幾個P450基因的已知突變；并且，各研究中的突變位點(diǎn)都是相對各自特定的序列而言的，彼此之間缺乏統(tǒng)一衡量比較的標(biāo)準(zhǔn)。另外，現(xiàn)有的CYP450檢測方法對CYP450基因中仍然存在的未知突變位點(diǎn)檢測效率不高；需要對大量樣本進(jìn)行檢測時，耗時長，不能很好的滿足研究和實(shí)踐應(yīng)用的需要。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的是提供一種CYP450基因型別的標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫及其構(gòu)建方法，以及基于該數(shù)據(jù)庫的快速檢測CYP450基因型的方法和CYP450酶活性鑒定方法。

為實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明采用了以下技術(shù)方案：

本發(fā)明公開了一種構(gòu)建CYP450基因標(biāo)準(zhǔn)型別數(shù)據(jù)庫的方法，包括以下步驟：將CYP450基因型別的突變信息對應(yīng)的特定序列與人類全基因組標(biāo)準(zhǔn)序列進(jìn)行比對，獲得CYP450特定序列與人類全基因組標(biāo)準(zhǔn)序列在每個堿基位置上的對應(yīng)關(guān)系；根據(jù)所獲得的對應(yīng)關(guān)系，將CYP450基因型轉(zhuǎn)換成以人類全基因組標(biāo)準(zhǔn)序列為參考序列的基因型，獲得CYP450基因的標(biāo)準(zhǔn)化基因型別。

優(yōu)選的，CYP450基因包括選自CYP11A1、CYP11B1、CYP11B2、CYP17A1、CYP1A1、CYP1A2、CYP1B1、CYP20A1、CYP21A2、CYP24A1、CYP26A1、CYP26B1、CYP26C1、CYP27A1、CYP27B1、CYP27C1、CYP2A13、CYP2A6、CYP2A7、CYP2B6、CYP2C18、CYP2C19、CYP2C8、CYP2C9、CYP2D6、CYP2E1、CYP2F1、CYP2J2、CYP2R1、CYP2S1、CYP2U1、CYP2W1、CYP39A1、CYP3A4、CYP3A43、CYP3A5、CYP3A7、CYP46A1、CYP4A11、CYP4A22、CYP4B1、CYP4F11、CYP4F12、CYP4F2、CYP4F22、CYP4F3、CYP4F8、CYP4V2、CYP4X1、CYP4Z1、CYP51A1、CYP5A1、CYP7A1、CYP7B1、CYP8A1、CYP8B1、POR等58個人類CYP450基因的至少一種；

進(jìn)一步的，還包括步驟，將CYP450基因定位于人類全基因組標(biāo)準(zhǔn)序列上，確定CYP450基因編碼序列的起始位置和終止位置，獲得CYP450基因型別突變信息對應(yīng)的特定序列；

優(yōu)選的，所述CYP450基因型別突變信息對應(yīng)的特定序列包含CYP450基因編碼序列的起始位置上游5000bp至編碼序列終止位置下游500bp區(qū)域的DNA片段；

優(yōu)選的，所述人類全基因組標(biāo)準(zhǔn)序列為hg19。